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标题: 构建Gromacs的top文件出错 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-14 23:55
标题: 构建Gromacs的top文件出错
本帖最后由风飞于 2020-7-15 08:59 编辑

老师，您好
      1. 我首先从ATB下载了C7H8的itp文件和pdb文件
      2. 生成gro文件：gmx editconf -f T.pdb -o T.gro
      3.构建盒子：gmx editconf -f T.gro -o T_box.gro -d 1.0 -bt cubic
      4. 添加溶剂：gmx solvate -cp T_box.gro -o T_SOL.gro -p topol.top
      在这一步开始报错，说找不到topol.top文件
      (, 下载次数 Times of downloads: 28)
   于是我自己建了一个空白的topol.top 文件，再执行命令：gmx solvate -cp T_box.gro -o T_SOL.gro -p topol.top
   得到的popol.top文件如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 25)
于是我对该top文件进行如下修改
(, 下载次数 Times of downloads: 26)
然后输入命令：gmx grompp -f em.mdp -c T_SOL.gro -p topol.top-o em.tpr
得到的错误提示
(, 下载次数 Times of downloads: 35)
请问我的top文件怎么修改呢？
   我下载的itp文件如下：

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-15 08:31
上传T.itp。以后提问的时候把文件作为附件上传，不要贴内容

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-15 09:00

sobereva 发表于 2020-7-15 08:31
上传T.itp。以后提问的时候把文件作为附件上传，不要贴内容

已修改，下次我会注意的，谢谢老师，

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-16 08:07
怀疑你自己编辑过spce.itp或力场目录下的文件内容，否则不至于提示字段顺序问题

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-16 22:48

sobereva 发表于 2020-7-16 08:07
怀疑你自己编辑过spce.itp或力场目录下的文件内容，否则不至于提示字段顺序问题

老师，我这个里面的错误已经解决了，我这里主要犯了三个错误
第一是：我是从ATB中下载的toluene.itp 文件，该itp属于gromos54a7 力场，而我top文件写的是gromos53a6.ff
第二是：在Toluene.itp7 文件中，甲苯的名称是_I0L ，而我写的是TOL
第三是：Gromacs自带的gromos54a7 不能用于新的.itp文件，所以需要重新下载ATB网站上的gromos54a7力场包 (, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: 随风 时间: 2020-10-16 13:40
您好想请问一下，您如何应用力场安装包的？

作者
Author: 风飞 时间: 2020-10-16 15:50

随风发表于 2020-10-16 13:40
您好想请问一下，您如何应用力场安装包的？

这个54a7，我下载下来，解压就好了，没有安装
因为在top文件中会指定力场文件的位置

作者
Author: 随风 时间: 2020-10-19 16:24
谢谢了，我也是直接把文件传上去就好了。

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