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标题: 求助由于对称性原因，晶体结构数据转化为输入文件只有一半 [打印本页]

作者
Author: xuling 时间: 2020-7-15 10:05
标题: 求助由于对称性原因，晶体结构数据转化为输入文件只有一半
老师您好！我想以晶体数据为初始结构进行优化，但由于分子内存在对称性，分子只显示出一半。转为com文件也只有一半原子的坐标，请问如何制作出含有所有原子坐标的com文件？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-15 13:00
用avogadro或者MS把晶胞复制，然后扣出分子，如果是cif，直接用diamond把分子抠出来保存.mol，方法多的很。

作者
Author: xuling 时间: 2020-7-15 19:44

喵星大佬发表于 2020-7-15 13:00
用avogadro或者MS把晶胞复制，然后扣出分子，如果是cif，直接用diamond把分子抠出来保存.mol，方法多的很。

好的，谢谢!我试试。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-15 20:19
多数情况下，拖入chem3D直接就能给你弄出个完整分子

亦可用下文的做法
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

作者
Author: granvia 时间: 2020-7-16 00:15
Mercury甚至Gaussview都能做到

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