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标题: 求助：分子动力学模拟后五元环平面结构改变 [打印本页]

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-7-15 17:56
标题: 求助：分子动力学模拟后五元环平面结构改变
各位老师及sob老师好：
本人模拟了一个含有咪唑环的低聚合物，能量最小化后进行了2ns的NVT，但是发现五元环发生了一些改变，不再满足完美的平面结构。下面是一些侧视图
（蓝色的是氮原子，灰色的是碳原子），另外模拟中有些C-C键由1.532变成了1.633埃，某些180的键角在175左右，不知道这种情况是正常现象吗?

新手上路，问题有些幼稚，还请大家多多帮助！谢谢大家！

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作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-15 20:06
力场参数差点意思。热运动导致适度的波动是正常的，但你的情况键长偏离平衡结构以及平面弯曲程度有点大
不过这不一定意味着模拟的凝聚相属性一定差，毕竟主要决定这些的是分子间相互作用。

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-7-16 09:08

sobereva 发表于 2020-7-15 20:06
力场参数差点意思。热运动导致适度的波动是正常的，但你的情况键长偏离平衡结构以及平面弯曲程度有点大
不 ...

谢谢sob老师，那最好就是重新开发力场吗？我目前用的是文献上的力场参数。

作者
Author: naoki 时间: 2020-7-16 09:32

北京的大猫发表于 2020-7-16 09:08
谢谢sob老师，那最好就是重新开发力场吗？我目前用的是文献上的力场参数。

看看其他文献的参数或者用现成的GAFF或OPLS-AA试试，自己开发那就麻烦多了。

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-7-16 10:46

naoki 发表于 2020-7-16 09:32
看看其他文献的参数或者用现成的GAFF或OPLS-AA试试，自己开发那就麻烦多了。

恩恩，非常感谢您

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