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标题: 政府采购，走的京东自营渠道，求问跑vasp的GPU推荐 [打印本页]
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-15 18:15
标题: 政府采购，走的京东自营渠道，求问跑vasp的GPU推荐
本帖最后由 jugengfans 于 2020-7-15 18:31 编辑
我们单位有超算，但是用户太多了，排队排死，而且walltime有两天的限制，做不了更长时间的计算。然后去年大型机故障，数据都清空了，没有及时保存，造成了一定的损失。痛定思痛，还是个人搞个工作站靠谱。然后再弄个群晖DS218+做备份(之前在家玩过群晖918+，觉得快照、异地备份一类还是蛮好用的，有点类似于MAC的时间机器)。看了版主的推荐配置，本来想从淘宝走，但是设备处说要走政府采购，招标/竞价/政府采购网三选一，其中政采支持苏宁京东，不过政采是单独的系统，不是我们平时购物的京东。
结果淘宝商家一听说招标/竞价都不理我了。无奈打开京东政府采购系统。看着某国外大品牌还有某国产大品牌的服务器那跟台式机差不多的配置和不可思议的价格，心灰意冷。
突然想起京东那边，只要是京东自营店的服务器，就算政采网上没有，也都可以根据产品编号，找京东开通政府采购链接，于是抱着试试看的心情去京东搜了搜，打算搜配件自己回来组装的
按照站长Sob大神推荐的配置，配个较好一点的服务器
配置粘贴如下：
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CPU：2* XEON E5-2696 v3（18核2.3G，散，无集显）2*3800
散热器：酷冷至尊T400i*2 80*2
主板：超微 X10DRL-I（C612芯片组，集显） 1700
机械硬盘：希捷ST4000NM0033企业级4TB SATA 480
固态硬盘：PM981A 1TB + M.2到PCI-E转换卡 1030
内存：8*三星DDR4-2400 ECC 16GB 8*400
电源：台达NX650（额定650W） 530
机箱：先马黑洞玻璃版 330
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装 85
总价：约15100
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搜了一下，机箱的先马黑洞有自营店 超微主板有自营店 硬盘有自营店(硬盘其实我个人用东芝He气盘比较多，现在被西数收购了) 内存三星有自营店。键盘鼠标显示器电源都无所谓了，那些随便什么牌子。
但是！最大的问题是处理器！intel有自营店但是cpu散装的不可能在自营店里买到啊！特别是版主推荐的2696v3没有。v4有搜到结果，但是都是dell一类自营店服务器捆绑的，不能单买。
所以其实走政采攒机，最大的问题就是cpu。
但是逛京东的时候，搜cpu，注意到朴赛这个品牌，2696v4的配置，感觉和版主推荐的有点像
朴赛双路E5 2696-V4/44核心88线程/渲染服务器/仿真计算/CPU运算图形工作站 双路E5+集成显卡 32G内存+250G固态 价格是22999
(, 下载次数 Times of downloads: 63)
问了问客服，说主板是超微的，内存是三星，电源是台达，也算都是站长推荐的配置吧。到时候再扩展内存到128G，就行了。
显卡可以自己挑牌子 耕升啊映泰一类的。
然后又看到了一个稍微廉价一些的服务器，这个CPU比较弱但是有一块微星的2080ti独显。
朴赛PT660 E5-2680V3双路图形工作站渲染服务器电脑主机 价格是18999
这个配置是如下这样的
(, 下载次数 Times of downloads: 76)
这个有点像版主之前推荐的廉价服务器：
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CPU：2* XEON E5-2678 v3（12核2.5G，散，无集显）2*590
散热器：酷冷至尊T400i*2 80*2
主板：超微 X10DRL-I（C612芯片组，集显） 1700
硬盘：希捷ST4000NM0033企业级4TB SATA 480
内存：三星DDR4-2400 ECC 8*8GB 8*230
电源：台达NX650（额定650W） 530
机箱：先马黑洞玻璃版 330
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装 85
总价：约6300
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价格差那么多，是因为它配了一个微星的RTX1080Ti 11G显卡，这个在京东上搜了一下，这个在京东自营店价格是10888
当然我不懂为什么朴赛这款内存是2133的频率，应该可以换成2400的吧。
好了，现在了解到的情况就是这样。我个人当然还是倾向于买多核的，因为之前在超算跑vasp都是至少48核起跑的。
所以想问问各位专家两个问题：
1.按照第二个配置，以2680v3计算性能为100%, 2696v3 2696v4的计算性能大概能高多少？v3和v4性能能差多少？
2.vasp我一般都是算DFT，不怎么跑AIMD，那么这个显卡的配置是否太高了？6G显存和11G差别大吗?
低配一点的有没有推荐？
按照朴赛官网的案例，他们好像也配过算Amber和vasp的机器，说vasp用GPU后计算效率最高能快8倍，这个靠谱吗？
http://porserver.cn/product/showproduct.php?id=45
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为VASP定制的系统，带来最高8倍性能提升
通过与诸多大学和科研机构协作，NVIDIA 在今年年初顺利完成了 GPU 加速版VASP。通过对原有包含 FFT 和 BLAS 算法以 cuFFT 和 cuBLAS 替代，新算法能够完全适合 GPU 硬件架构，充分发挥 GPU 的计算潜力。同时，标准密度泛函和杂化泛函计算也均得到了 GPU 支持。
作为NVIDIA在中国最重要的战略合作伙伴之一，容天通过分析 VASP 异构计算特点，进一步设计了可靠的集群解决方案，在 CPU 和 GPU 运行能力、内存数量、网络延时与带宽上达到最佳匹配。
该集群解决方案为每节点配置两块Tesla K40 GPU加速器，并通过EDR InfiniBand 网络缩短 GPU 间的通信延时，增加通信带宽，从硬件层面进一步压缩软件的通信时间。
最终，在进行标准密度泛函和杂化泛函计算性能测试时，达到创纪录的1.4-8 倍加速！
其中，对于 256 原子（ 9K 点） GaAsBi 体系标准密度泛函计算，在最重要的绝对计算时间上，单节点两颗E5 2660 V3 CPU 共 16 核心计算耗时 7546 秒，使用 8 个 MPI 进程和两颗Tesla K40 GPU 计算耗时 1242 秒，达到6 倍加速！
可以预见，对于大型集群来说，多 GPU 系统会带来更加显著的提速。
杂化泛函计算采用 63 原子、 192 能带和 4K 点 MgO 体系， 16 个 CPU 核心自洽计算耗时 900 秒，使用 4 个 MPI 进程和两颗 Tesla K40 GPU 自洽计算耗时 640 秒。
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作者Author: itpfeng 时间: 2020-7-15 20:07
GPU 就算了，能跑VASP的GPU死贵，有那钱还不如多买几台服务器
作者Author: biogon 时间: 2020-7-15 21:09
gpu加速建议用QE，pw加速倍率比vasp强得多，还能用游戏卡
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-15 23:56
有道理 但后面也不一定就用vasp，所以考虑还是买个显卡吧 一万的太贵了 看到微星还有2060和2070，能便宜好几千 如果这些能让vasp速度快两倍我觉得也蛮值得的。然后就是遇到一个问题显存一般用6g还是11g比较好呢，内存应该是够用就行啊 但是vasp要用多少显存心里没数。
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-15 23:58
vasp必须用专业显卡么 完了发现我的知识盲区了 我以为2060这样的卡都能用呢
作者Author: akang 时间: 2020-7-16 09:41
GPU VASP 跑MD怎么样？有谁测试过吗？
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-16 23:10
不知道啊 看vasp6.1版增加了aimd加速的方法 在反应的时候实时拟合出势能面，从而加速了计算 不知道aimd用没用到GPU
作者Author: Picardo 时间: 2020-7-18 10:21
楼主有6.1版了嘛，不过建议不要做尝鲜的
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-18 18:23
E5v3系列本来就只支持到2133的内存，vasp确实只能用tesla，但是可以自己淘宝一下k80，价格有惊喜，但是在塔式机箱用需要特殊操作，然后游戏卡也能用的GPU加速，可以考QE
作者Author: abin 时间: 2020-7-18 19:46
E5 v3，现在很少现货呢，
买拆机货还有的是。
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-19 13:02
本帖最后由 jugengfans 于 2020-7-19 13:05 编辑
多谢指教。k80搜了一下真是便宜，但是看评论，散热要改水冷吧。。有没有散热不那么大的专业卡推荐呢？另外2400我是看sob的置顶帖上写的配置来算的。如果只能用到2133就不买2400了。
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-19 13:32
散热要用水冷的原因是计算卡本来是给机架用的，散热直接用的机架本身的风道，貌似也有个这玩意加两个风扇的玩法，但是改水冷是唯一能不把人吵死的方式，机架的风扇跟飞机起飞一样。。。。所有特斯拉系列卡都是这样的
作者Author: sobereva 时间: 2020-7-19 13:55
几年前有人发的测试。明显tesla是非必须的
(, 下载次数 Times of downloads: 67)
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-19 19:59
哇大神出现了。 请教一下游戏卡和专业显卡是不是驱动装好了都可以做gpu加速？不用装什么特殊的驱动吧。 另外显存11G和5G对计算影响大吗？按照内存的理解只要够用就行，但是vasp的话动不动就是几十G内存所以不知道GPU到底5G够用不够用。。。
作者Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-19 21:11
很可能不够，VASP的GPU加速还可以，占的显存不算太大，另一边QE的GPU加速被吐槽的地方之一就是现存占用太大稍大的体系就搞不了。
作者Author: beowulf 时间: 2020-7-20 09:45
要看你的体系是不是和官方提供的案例类似，
大体系加速明显，杂化泛函加速明显。
对于小一点的体系就未必了。
买之前最好借台机器测一下。
作者Author: xiaomidaxue 时间: 2020-7-20 11:45
价格太贵了，起码比自己搞贵50%。这家在淘宝也有的。建议去淘宝看看，直接和商家谈。
作者Author: akang 时间: 2020-7-22 11:42
不知道，四个2080Ti的并行效率怎么样？
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-23 21:43
不可能的 要是淘宝能报销谁还走政府采购…体制内你懂的…
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-23 21:46
我觉得4个2080可能把机箱烧掉 最多两个吧。看论坛之前有推荐K80 走不了报销实在不行就走淘宝自费了。
作者Author: akang 时间: 2020-7-24 09:52
烧机箱这倒不至于，不光有四卡的还有八卡十卡的，机箱不一样散热器不一样达到的效果可能会好一些。
作者Author: jugengfans 时间: 2020-7-30 04:16
多谢。。 看来暂时还是先搞个准系统跑起来 显卡以后慢慢拼吧。。。 
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