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标题: 优化报错的out文件转化成gjf求助 [打印本页]

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Author: dongdong 时间: 2020-7-16 10:24
标题: 优化报错的out文件转化成gjf求助
各位老师好：
我有大概100个团簇，团簇原子数30左右，由于用精度高的理论优化耗时久，所以希望第一步先用HF/3-21g过一遍，选取60步的样子，然后再用M062X/6-31+G*进行优化。所以我希望将HF/3-21G得到的out文件，选取第50步作为下一步优化的初始结构。看了卢老师的利用Multiwfn转化，但是我试了一个l999报错文件，没有得到最后一帧结构（文件如下），不知道是什么原因。当然运行优化成功的团簇是没有问题的。

补充：刚才试了之前报错的out文件可以通过脚本得到最后一帧结构，所以我猜测问题应该是这个输出文件的问题。

作者
Author: thanhtam 时间: 2020-7-16 10:36
首先，是Multiwfn，不是Multifn。
其次用HF/3-21G这种搞笑级别预优化并不会减少多少耗时，不如直接优化。

作者
Author: dongdong 时间: 2020-7-16 10:44
本帖最后由 dongdong 于 2020-7-16 10:45 编辑

thanhtam 发表于 2020-7-16 10:36
首先，是Multiwfn，不是Multifn。
其次用HF/3-21G这种搞笑级别预优化并不会减少多少耗时，不如直接优化。

额！虽然这种基组和方法不好，但是对于我的团簇优化是会降低一定耗时的。分子很多，如果我直接用M062X/6-31+g*会浪费很多时间。当然这也是我自己随意做的实验，应该有很多问题，希望得到指正。

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作者
Author: exity 时间: 2020-7-16 11:00
真想大力出奇迹的话，不如试一试 xtb gfnff和sobereva出品必属精品的Molclus
你这样一步一步加上去没什么卵用，还容易翻车。

作者
Author: dongdong 时间: 2020-7-16 11:12

exity 发表于 2020-7-16 11:00
真想大力出奇迹的话，不如试一试 xtb gfnff和sobereva出品必属精品的Molclus
你这样一步一步加上去没什么 ...

谢谢回复，我用的molclus，但是那个报错后就不保存在isomers.xyz文件了，还是以out文件输出。

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Author: 心向暖阳 时间: 2020-7-16 11:43
newzmat

作者
Author: dongdong 时间: 2020-7-16 11:56

心向暖阳发表于 2020-7-16 11:43
newzmat

谢谢回复，能稍微说清楚些么。

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Author: sobereva 时间: 2020-7-16 18:07
用HF/3-21G完全是徒劳，连定性正确的结构都难以保证，拿它预优化纯粹是瞎耽误工夫，还不如先用PM6-D3、PM7或者xtb预优化。
优化弱相互作用体系的时候强烈不建议用M06-2X！！！又慢又容易出虚频，优化不收敛的几率也更大，你还得用较高积分格点精度，完全是费力不讨好！用6-311G**明显比6-31+G*好得多，我在诸多博文、帖子里都说了这点。

用molclus都搞了那么多结构了，个别一个没收敛根本不用管，完全不影响你找到能量最低二聚体结构。非要转成gjf的话gview打开，然后保存gjf。

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“out文件转化成gjf”改了，以后务必注意。

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Author: dongdong 时间: 2020-7-16 20:30
本帖最后由 dongdong 于 2020-7-16 20:31 编辑

sobereva 发表于 2020-7-16 18:07
用HF/3-21G完全是徒劳，连定性正确的结构都难以保证，拿它预优化纯粹是瞎耽误工夫，还不如先用PM6-D3、PM7 ...

谢谢卢老师回复，对于不用M06-2X进行优化，确实会难收敛，我是参考自己研究方向论文的筛选机制（如下图）进行实验的，文章给出的理由是M062X对于非共价键团簇热力学能精度较好，应该是精度越好文章更有说服力。我现在的分子较多，现在犹豫这种精度较高的优化是不是有意义。其次如果按照这种方法，我是打算在用M062X/6-31+G*前一步进行一次B3LYP/6-31+G*优化取第50步作为初始结构，不知道对于节约时间有没有意义。（我的团簇是有机物和硫酸，25—80原子之间）

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Author: sobereva 时间: 2020-7-17 09:08

dongdong 发表于 2020-7-16 20:30
谢谢卢老师回复，对于不用M06-2X进行优化，确实会难收敛，我是参考自己研究方向论文的筛选机制（如下图） ...

仔细看此文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

绝对不要以为M06-2X的优化精度比B3LYP-D3(BJ)高，用M06-2X纯粹是费力不讨好
“用M062X/6-31+G*前一步进行一次B3LYP/6-31+G*优化取第50步作为初始结构”更是完全没有丝毫意义！而且B3LYP居然连色散校正都不加，缺乏最基本弱相互作用计算常识，仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

想想为什么我在下文里用B3LYP-D3(BJ)而不用M06-2X优化
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）
以及这里建议用B3LYP-D3(BJ)优化而只用M06-2X算单点
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

我也经常强调，优化时候不要用6-31+G*（包括对于弱相互作用体系），用廉价3-zeta基组精度更好，而且对大体系更省时间，SCF不收敛的几率还低得多。

我该说的都已经说了。不再做任何补充。
你认为“应该是精度越好文章更有说服力”，然而你不仅白花时间，精度还不好。

计算级别的选择是相当有技巧、需要相当多经验的事，不是很懂的话就听内行人的建议，而不要自己搞一些创意，否则一定会费力不讨好。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)