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标题: gromacs在有机分子-磷脂DPPC的体系做伞形采样过程出现异常 [打印本页]

作者
Author: chengyuseu 时间: 2020-7-16 15:36
标题: gromacs在有机分子-磷脂DPPC的体系做伞形采样过程出现异常
各位老师好，我参考之前的教程，想自己做一个有机小分子在穿模过程的一个伞形采样，正常运行到了构型生成这一步（对应于教程中的第五步），但是当我检查summary_distances.dat中帧和对应有机分子与DPPC之间的距离时发现，会出现多个平台。我想问一下各位老师，这样的平台的出现是不是合理的？距离出现这样大的突越是否合理？还有就是我给的md_pull.mdp是不是合理的呢？谢谢各位老师。

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md_pull.mdp如下：
title             = Umbrella pulling simulation
define             = -DPOSRES  ; 对DPPC限制，不对有机分子限制

; Run control
integrator          = md
nsteps                   = 5000000
dt                   = 0.002
tinit             = 0
nstcomm             = 10

; Output control
nstxout             = 5000
nstvout             = 5000
nstfout             = 5000
nstenergy          = 5000
nstxout-compressed = 5000
nstlog                   = 5000

; Bonds
constraint_algorithm = lincs
constraints       = all-bonds
continuation       = yes

; Neighbor searching
cutoff-scheme          = Verlet
nstlist             = 10
ns_type             = grid
rlist             = 1.4
pbc                = xyz

; Electrostatics
coulombtype       = PME
rcoulomb          = 1.4

; Van der Waals
rvdw                = 1.4
DispCorr          = EnerPres

; Ewald
fourierspacing    = 0.12
fourier_nx          = 0
fourier_ny          = 0
fourier_nz          = 0
pme_order          = 4
ewald_rtol          = 1e-5

; Temperature coupling
tcoupl             = Nose-Hoover
tc_grps             = DPP_KDZ Water_and_ions
tau_t             = 0.5    0.5
ref_t             = 323    323

; Pressure coupling
pcoupl             = Parrinello-Rahman
pcoupltype          = semiisotropic
tau_p             = 5.0
ref_p                   = 1.0       1.0
compressibility    = 4.5e-5       4.5e-5
refcoord_scaling    = com

; Velocity generation
gen_vel             = no

; COM pulling
pull                = yes
pull_ngroups       = 2
pull_ncoords       = 1
pull_group1_name    = KDZ
pull_group2_name    = DPP
pull_coord1_type    = umbrella    ; harmonic biasing force
pull_coord1_geometry = distance    ; simple distance increase
pull_coord1_groups = 1 2
pull_coord1_dim    = N N Y
pull_coord1_rate    = -0.001       ; 0.001 nm per ps = 1 nm per ns
pull_coord1_k       = 1000       ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_coord1_start = yes          ; define initial COM distance > 0

作者
Author: wyb 时间: 2020-7-17 08:43
查看一下轨迹文件，是否跨过了周期性边界盒子

作者
Author: chengyuseu 时间: 2020-7-17 11:10
本帖最后由 chengyuseu 于 2020-7-17 11:12 编辑

麻烦各位老师看下，谢谢。

作者
Author: chengyuseu 时间: 2020-7-17 11:12

wyb 发表于 2020-7-17 08:43
查看一下轨迹文件，是否跨过了周期性边界盒子

谢谢老师的回复，我检查了第500帧和第1000帧的gro文件，体系中的有机小分子都在体系的中间。感觉500到1000帧之间，有机小分子没有被牵引，没有移动。老师，是不是我设置的参数有问题。

作者
Author: wyb 时间: 2020-7-20 09:08
但你的图片是显示400到500之间出现了问题，你再看一下，不过按你的描述，500-1000小分子没动那肯定是你没有设置好体系

作者
Author: chengyuseu 时间: 2020-7-22 14:36

wyb 发表于 2020-7-20 09:08
但你的图片是显示400到500之间出现了问题，你再看一下，不过按你的描述，500-1000小分子没动那肯定是你没有 ...

好的，谢谢老师，我再检查下。

作者
Author: byqyb 时间: 2021-5-11 16:29

chengyuseu 发表于 2020-7-22 14:36
好的，谢谢老师，我再检查下。

您好，想咨询一下您伞取样的问题，我也是做有机分子穿过磷脂双分子层。我是在umbrella-sampling过程中提示When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms in the group is larger than 0.5 times half the box size a centrally placed atom should be chosen as pbcatom. Pull group 1 is larger than that and does not have a specific atom selected as reference atom.但实际上我的box长度一半远大于间隔距离。
以下是我的pull code：
; Pull code
pull                   = yes
pull_ncoords          = 1       ; only one reaction coordinate
pull_ngroups          = 2       ; two groups defining one reaction coordinate
pull_group1_name       = POPC
pull_group2_name       = DMP
pull_coord1_type       = umbrella  ; harmonic potential
pull_coord1_geometry = distance  ; simple distance increase
pull_coord1_dim       = N N Y
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_start    = yes    ; define initial COM distance > 0
pull_coord1_rate       = 0.0    ; restrain in place
pull_coord1_k          = 1000    ; kJ mol^-1 nm^-2
想问一下您这个该怎么解决呢？或者我能参考一下您的pull code吗？

作者
Author: Kamala 时间: 2022-1-4 21:17
这教程楼主可以分享以下吗

作者
Author: 黄舒伟 时间: 2022-6-2 16:27
本帖最后由黄舒伟于 2022-6-2 16:52 编辑

byqyb 发表于 2021-5-11 16:29
您好，想咨询一下您伞取样的问题，我也是做有机分子穿过磷脂双分子层。我是在umbrella-sampling过程中提 ...

可以参考：https://www.researchgate.net/pos ... ion_in_GROMACS_2020

作者
Author: byqyb 时间: 2022-6-4 17:34

黄舒伟发表于 2022-6-2 16:27
可以参考：https://www.researchgate.net/pos ... ion_in_GROMACS_2020

好的，谢谢你的答复。这个问题我之前已经解决了。下面是我修改过的pull code
; Pull code
pull                   = yes
pull_ncoords          = 1       ; only one reaction coordinate
pull_ngroups          = 2       ; two groups defining one reaction coordinate
pull_group1_name       = dehp_benzan
pull_group2_name       = POPC
pull_group2_pbcatom    = 8576
pull-pbc-ref-prev-step-com = yes
pull_coord1_k          = 1000    ; kJ mol^-1 nm^-2
pull-coord1-vec    = 0.0 0.0 -1.0
pull_coord1_type    = umbrella
pull_coord1_geometry = direction
pull_coord1_groups = 1 2
pull_coord1_dim    = N N Y
pull_coord1_rate    = -0.0001    ; 0.0001 nm per ps = 0.1 nm per ns
pull_coord1_start = yes

作者
Author: dimoo 时间: 2022-10-5 16:34
请问楼主为什么要添加如图所示的pull参数

作者
Author: tangzi_via 时间: 2023-6-26 13:43
同问楼主，这个8576是你第二个组的原子数吗？

作者
Author: NIiko 时间: 2025-10-9 20:55

dimoo 发表于 2022-10-5 16:34
请问楼主为什么要添加如图所示的pull参数

当不指定此选项时，gromacs 只会从列表中搜索群中的中心原子，即，如果您有一组 10 个原子，则 gromacs 使用第五个原子，这不一定与您的群的几何中心相对应。这通常不是问题，但是当组大于盒子的一半时，使用 PBC 计算距离的选择可能并不理想，因此您必须指定一个更好的原子供 gromacs 使用。

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