计算化学公社

标题: 氟化氢加成到乙烯用2种不同IRC方法得到的能量差将近30KJ/mol [打印本页]

作者
Author: 斯卡姆 时间: 2020-7-17 11:09
标题: 氟化氢加成到乙烯用2种不同IRC方法得到的能量差将近30KJ/mol
量化小白一枚，前段时间参加初级量化班，最近一直在认真复习总结老师上课讲义，其中的IRC的计算中练习：氟化氢加成到乙烯计算反应势垒和反应能，用Gaussian（版本16 A.03）算了2遍：方法均为

过渡态搜索、走IRC、优化极小点使用M06-2X/def2-SVP，单点计算使用B2PLYP-D3(BJ)/cc-pVTZ

不同之处为：自己在算的时候采用的是IRC关键词1：#p IRC=(calcfc,MAXPOINT=20,stepsize=15) m062x/def2svp
而SOB老师在计算的时候IRC关键词2：# IRC(calcfc,maxpoints=30,LQA) m062x/def2svp

结果如下：反应能差距有将近30 KJ/mol,那问题可以说明出现算法还有得到IRC两端的结构不同导致的吗？但是之后做了反应物、TS和产物的优化了。
搞不明白，恳请各位大神指点

				KJ/mol
	R(双分子聚合物)	TS	P	正向势垒	逆向势垒	反应能
B2PLYP-D3(BJ)/cc-pVTZ-自测结果1	-178.9779466	-178.8985097	-178.9987709	204.6	287.7	-83.15
B2PLYP-D3(BJ)/cc-pVTZ 结果2	-178.9782	-178.8985	-178.9988	209.2523	263.3376	-54.0853

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-7-17 14:37
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-7-17 14:41 编辑

过渡态是否正确、反应物产物结构咋样，两种做法得到的结构RMSD相差多少，这些基本信息都要给出。还有，B2PLYP能量从哪里读取的？别读错地方了

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-17 16:34
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-7-17 16:37 编辑

结果一的287.7这个数据算错了吧，，或者结果一的P的能量抄错了？

30kJ/mol大约是0.01Hartree，你这前三列数据明显没有相差0.01的啊

作者
Author: 斯卡姆 时间: 2020-7-17 19:08

zjxitcc 发表于 2020-7-17 14:37
过渡态是否正确、反应物产物结构咋样，两种做法得到的结构RMSD相差多少，这些基本信息都要给出。还有，B2PL ...

您好，感谢您的答复。过渡态结构从虚频方向看是正确的；
我不太明白你说的RMSD需要查看的是IRC、几何优化和能量中的哪一个。RMSD的物理意义是啥？
在这里我查看的是IRC做几何优化之后TS结构的RSMD，都在e-009级别，差距在3倍左右

作者
Author: 斯卡姆 时间: 2020-7-17 19:12

hebrewsnabla 发表于 2020-7-17 16:34
结果一的287.7这个数据算错了吧，，或者结果一的P的能量抄错了？

30kJ/mol大约是0.01Hartree，你这前三 ...

感谢，占据您时间啦。我又重新读取了我的方法1的数据，又重新算了一遍；

数据没有读错，是计算有问题，（当时是在网页上复制算得，可以拷贝时候出现错误啦）

计算结构的误差在0.6 KJ/mol

				KJ/mol
	R(双分子聚合物)	TS	P	正向势垒	逆向势垒	反应能
B2PLYP-D3(BJ)/cc-pVTZ-自测结果1	-178.9779466	-178.8985097	-178.9987709	208.5616	263.2358	-54.6742
B2PLYP-D3(BJ)/cc-pVTZ 结果2	-178.9782	-178.8985	-178.9988	209.2523	263.3376	-54.0853

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-17 19:57

斯卡姆发表于 2020-7-17 19:12
感谢，占据您时间啦。我又重新读取了我的方法1的数据，又重新算了一遍；

数据没有读错，是计算有问题 ...

0.6kJ/mol可以忽略了

作者
Author: 斯卡姆 时间: 2020-7-17 22:53

hebrewsnabla 发表于 2020-7-17 19:57
0.6kJ/mol可以忽略了

好，明白

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-18 10:15
课上的这个练习的文件都是G09跑的，和G16默认的积分格点精度不同，足以造成零点几kJ/mol的差异

前面人家说的RMSD是指按照此文方法算的衡量两个结构间差异的RMSD
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

优化任务末尾那个RMSD和这完全不是一码事，这是指RMS displacement，是课上讲的几何优化收敛的判据

作者
Author: 斯卡姆 时间: 2020-7-19 09:24

sobereva 发表于 2020-7-18 10:15
课上的这个练习的文件都是G09跑的，和G16默认的积分格点精度不同，足以造成零点几kJ/mol的差异

前面人家 ...

啊，明白啦，老师，RMS displacement是根均方位移，为几何收敛的判据；与上边的RSMD不同，孤陋寡闻啦；谢谢老师答疑！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)