计算化学公社

标题: lammps和gromacs聚合物建模的方法 [打印本页]

作者
Author: Kangtor 时间: 2020-7-17 12:10
标题: lammps和gromacs聚合物建模的方法
本帖最后由 Kangtor 于 2022-2-22 18:11 编辑

一. 本文更新时间：第一次 2020.7.17  10.46
第二次 2020.7.20 19.25 经过较为复杂的体系（聚合物）测试，证明了topo的准确性。同时在原操作基础上补充了一些步骤。感谢LacrimosaL大佬
第三次  2021.8.12 21.14  忙了一年，主要是做聚合物相关领域（不是纯聚合物体系），总结一些经验。目前一直在用gromacs
第四次  2022.2.22  （无数个2，

）本次详细地更新一下聚合物界面的构造过程（上次写的也仓促了）

二. lammps方法简介
1. 具有图形窗口界面的软件 + packmol + VMD + data文件检查
2. msi2lmp + data文件检查
3.moltemplate + data文件检查
注：在第一次更新时间的文章中，本人只学习了第一种方法。另外两种之后会更新，或者哪位大佬有空补充一下

方法详解。
方法1
各软件的作用：具有图形窗口界面的软件的作用-------生成.pdb 文件 packmol-----搭建所需的结构 VMD----data文件生成
具有图形窗口界面的软件----MS，gaussian等 packmol学习方法-----见参考来源5 tcl了解----见参考来源7 VMD学习----见参考来源8 9
本人感觉此方法需要tcl的知识，所以有必要学习了解tcl。本方法主要操作难点在有相关tcl文本命令的输入，即“VMD----data文件生成” 这一步
tcl输入可采用以下两种方法：（1）使用tcl脚本文件（2）在VMD TKConsle（命令台）下输入
第一种输入方法详解：
采用的例子来源于参考1。本人感觉参考1中的例子不错（乘机夸夸大佬）
步骤：将water.pdb文件和water.tcl文件放在VMD的目录下，然后在TKConsle中输入source water.tcl ，然后端起你的小茶杯喝口水等待几秒，data文件就生成了

问题：新手不会写脚本文件，这真的是"女的看了流泪，男的看了默哀" （原谅我的黑色幽默

）
第二种输入方法详解：
直接在VMD TKConsle输入。虽然比较麻烦，但是相对于第一种来说，本人觉得学习较快。
步骤：先在VMD中加载构型water.pdb文件。如果没有立方体的那个框框，在TKConsle中输入pbc box。如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 153) (, 下载次数 Times of downloads: 160) (, 下载次数 Times of downloads: 132)

在这一步中应当设置好原子类型，可以看看最下面的测试

接下来，通过atomselect命令来编辑原子属性参数如质量，电荷等。我将通过一个于本贴主题无关的操作实例来演示atomselect命令如何使用。首先，加载构型是一个水分子, 在Graphics representation中设置如下Drawing method-----VDW  coloring method-----name。所以水分子是这个样子。 (, 下载次数 Times of downloads: 146) 然后，通过atomselect命令来改变不同种类的原子半径，从而改变图形构型（只改变氧原子即可）。在tkconsole中的命令如下：

(, 下载次数 Times of downloads: 145)   图形构造变成了 (, 下载次数 Times of downloads: 130) 。这样就完成了。可以通过下图中的命令查看半径的信息。 (, 下载次数 Times of downloads: 143)

那如何设置氧的电荷是不是很明白了，只要将radius改为charge 即可

再接下来开始解决第三张图中 Angles: 0  Dihedrals: 0  Impropers: 0的问题，同样还是以一个水分子为例。在未开始之前，先看看一个水分子的结构的分析 (, 下载次数 Times of downloads: 140) ，可以看出原先的pdb文件中含有键的信息。而要推出角度，二面角等信息，是需要键的信息的，例如 (, 下载次数 Times of downloads: 144) 。
本人在阅读各位大佬的帖子后发现，需要在原先pbd文件的基础上删除掉所有键的信息，再重新建立bond topology。但是实际操作后发现不需要（所以在这里打个问号）？
按照各位大佬们的帖子，输入的命令可为：虚线后面为解释
topo clearbonds ---------deletes all bonds
mol bondsrecalc top--------will guess bonding from atomic radii
topo guessangles-------- will derive angledefinitions from the bond topology
topo guessdihedrals-------will derive dihedraldefinitions from the bond topology
topo guessimpropers-------- will derive improperdefinitions from bonds (three bonds to one atomand less than 5% out of plane).
topo retypebonds-------resets all bond types，下同
topo retypeangles
topo retypedihedrals
到这一步算是完成了，可以通过mol reanalyze top从新查看结构信息。则一个水分子的结构信息变为 (, 下载次数 Times of downloads: 142)

最后输出data文件，可通过此命令 (, 下载次数 Times of downloads: 139)   例如：topo writelammpsdata mysystem.data

完成后，一定要检查data文件信息

较为复杂的体系（聚合物链）的测试过程结果:
选择作为测试案例的文章为 Quantum Chemistry Based Force Field for Simulations of Poly(vinylidene fluoride) Oleksiy G. Byutner and Grant D. Smith*
选择的聚合物体系为聚偏二氯乙烯（pvdf）合成单体：vdf
首先，在MS构建了单体单元，编辑了相应的“name”，并在label显示出来
(, 下载次数 Times of downloads: 141)
原子的name属性是和原子种类应该是相同的
(, 下载次数 Times of downloads: 152) (, 下载次数 Times of downloads: 147)

接下来，测试过程和结果
(, 下载次数 Times of downloads: 135) 此图为命令的输入
(, 下载次数 Times of downloads: 139) (, 下载次数 Times of downloads: 141)   上图为clearbonds之后的显示，下图命令输入完后得到的结果。（可以实际证明键的拓扑结构的结果是直接显示在图形窗口的。这样，就可以直观地观察到guessbonds的正确性）

通过与论文中的结果比较：（以下所有左图为论文内容，右图为测试结果）
原子种类： (, 下载次数 Times of downloads: 126)    (, 下载次数 Times of downloads: 136)   注：图中Ch3 和 Cf3为分子链末端的碳原子。如果事先设置这俩种原子类型会使后续过程变麻烦

键的类型： (, 下载次数 Times of downloads: 149)    (, 下载次数 Times of downloads: 124)
键角： (, 下载次数 Times of downloads: 134)

二面角 (, 下载次数 Times of downloads: 155) (, 下载次数 Times of downloads: 121)

可以从以上数据看出topo的结果还不错
但是，
(, 下载次数 Times of downloads: 144) (, 下载次数 Times of downloads: 126) 从图中可以看出分子id出现了问题。所以后续检查非常重要。

三. gromacs聚合物建模方法

本人一直研究的体系是线性聚合物链。以下给出我常常使用的方法以及一些研究心得。

gromac模拟最不好得到的文件就是itp文件。对于聚合物来说，十分的麻烦，自己写是不切实际的。

利用pdb2gmx去产生itp文件。一般来说，只需要利用r2b和rtp文件就够了，个人不喜欢利用hdb文件来自动补氢，因为我最初的文件的原子名是按照我自己习惯设定的。

r2b文件是设定残基名转换关系的。它将原文件中的残基名改成了rtp中设定的残基名。

rtp文件是利用pdb文件来构建拓扑信息的。这个文件中的构建聚合物拓扑文件的内容是要自己写的。最简单的例子是需要写三种残基（两个末端残基和中间重复的残基。）中各个原子的信息以及键接关系。每个残基中至少需要两个字段【atom】和【bonds】。对于【atom】字段，主要是记录：第一列---原子名（要和pdb文件中的一样，顺序也一样），第二列----力场的原子类型（例如opls-aa ff的opls_186），第三列是原子电荷，第四列是序数。【bonds】字段是需要将键接关系写出来的，要注意利用  +  或  -  来指定与下一个或上一个残基的键接关系。
在这里说一些我个人的关于聚合物原子电荷的设定的感受。我用的基本上就是opls-aa ff，这个力场的原子电荷有最初开发的；1.25*CM5;1.14* CM1A或1.14*CM1A-LBCC 三种。我个人对聚合物用的都是最初开发的；研究小分子采用CM1A或CM1A-LBCC。

再说下对于聚合物和某些物质（如纳米粒子）的界面构造的问题。
一般有两种构造方式。
一种是 slab模型+聚合物+真空
第二种是真空+slab模型+聚合物+slab模型+真空

感觉各有利弊。第一种遇到聚合物和溶剂的混合体系会出现小分子往上飞的情况。研究聚合物的动力学是需要高温加速链段运动，但是小分子就会被蒸发，这种情况就利用第二种。第二种的话盒子会建的很大，计算比较慢，但也能接受。

Gromacs的几个建模的命令还是挺好使的，比如editconf，solvate，insert-molecules等。熟练使用这几个命令基本上都能够构造大多数模型了。（做科学问题最难受的就是缺程序，尤其是完美契合自己的程序，希望自己以后能够写出一个相关的计算/分析程序来。）

我个人认为聚合物-界面模型的构造最麻烦的点在于：将聚合物分子链插入到固定体积的盒子中。因此，我建议了一种 Gromacs基多步构造/松弛方案  供大家选择。

以下通过聚合物A和slabB的 “真空+slab模型+聚合物+slab模型+真空” 界面模型来进行讲解：

（1）首先，搭建一个“B+真空+B” 界面模型。真空区域的体积采用均相A模型的密度来进行构建
（2）利用insert-molecules命令将一部分A插入到“B+真空+B” 界面模型中。可以选择多种A的构象去插入
（3）将“B+部分A+B” 界面模型在一定温度下进行NVT run。此时，会发现聚合物链吸附到了板上，留出了一部分真空区。
（4）重复步骤 2和3，直到获得一个完整的结构，即，“B+A+B”模型。
（5）通过一个合理的平衡方法对体系进行平衡


参考来源：
1.使用VMD中的topo模块构建 .data, .psf, .top文件 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =4753&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)
2.聚合物模拟的力场参数如何选取和获得的问题 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =6522&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)
3.LAMMPS学习资源整理 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... id=73&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)
4.msi2lmp工具的使用问题 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 16032&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)
5.分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 12549&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)
6.如何得到模拟固体的原子坐标，类型，电荷以及键的信息？ http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =9328&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)
7.Tcl迅速入门教程 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... d=157&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)8.VMD里原子选择语句的语法和例 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 14267&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)
9.谁有VMD的使用教程，能否分享哈，谢谢 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =1403&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社)

作者
Author: fineren 时间: 2020-7-18 10:17
不错，收藏了，楼主不要中断更新

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-18 10:18
贴图方式不对，别人看不到。不要直接把图片往窗口里复制，注意看置顶的新社员必读贴了解怎么正确上传和插入图片，请重新编辑帖子

作者
Author: Kangtor 时间: 2020-7-18 11:20

sobereva 发表于 2020-7-18 10:18
贴图方式不对，别人看不到。不要直接把图片往窗口里复制，注意看置顶的新社员必读贴了解怎么正确上传和插入 ...

好的，社长

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-18 12:31
本帖最后由 Lacrimosa 于 2020-7-20 11:20 编辑

对于方法1补充一下，水的体系中只有一种bond/angle type用topo guessbond/angles没有问题，但是对于较复杂的体系就需要一个个添加成键关系。举个例子，用于CLAYFF中的硅羟基Si-O-Htopotools中bondtype应该是根据原子类型进行判断的，而粘土矿物中原子类型比较多，并且有一部分是没有成键作用的，所以直接guess bond会出现很多多余的键。所以才会有以下特例
set ilist [[atomselect top "type oh"] get index] ；选择所有羟基氧（原子类型为oh）的index
foreach i $ilist { ；对ilist中的每个index进行循环
set j [atomselect top "type ho and within 2 of index $i"]; 选择距离index为i的羟基氧原子 0.2nm范围内的羟基氢原子（type ho）
set k [atomselect top "{not type ho oh} and within 2 of index $i"] ;选择距离index为i的羟基氧原子 0.2nm范围内的非羟基氢原子（type ho）
topo addbond [$j get index] $i -bondtype 2 ; 连接H-O键，bondtype设为2
topo addangle [$j get index] $i [$k get index] 2 ;连接M-O-H键键角，angletype设为2，与bondtype不同此处不需要加-angletype直接输入2即可
}

作者
Author: Kangtor 时间: 2020-7-19 17:59

Lacrimosa 发表于 2020-7-18 12:31
对于方法1补充一下，水的体系中只有一种bond/angle type用topo guessbond/angles没有问题，但是对于较复杂 ...

我用乙烷尝试了上述的循环命令，得到了这样的结果
>Main< (VMD) 27 % set a [[atomselect top "element C"] get index]
1 4
>Main< (VMD) 28 % foreach b $a {
set j [atomselect top "element H and within 1.6 of index $b"]
set k [atomselect top "{not element H} and within 1.6 of index $b"]
topo addbond [$j get index] $b -bondtype 2
topo addangle [$j get index] $a [$k get index] 2
}
atomsel : setbonds: Need one bondlist for each selected atom
然后不知道怎么输入命令了

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-20 10:45

Kangtor 发表于 2020-7-19 17:59
我用乙烷尝试了上述的循环命令，得到了这样的结果
>Main< (VMD) 27 % set a [[atomselect top "element ...

因为一个碳连接了三个氢，在addbond中[$j get index]表示的是三个氢组成的list，所以会报错。显然这样做更合适一些
set a [[atomselect top "element H"] get index]
foreach b $a {
set j [atomselect top "element C and exwithin 1.6 of index $b"]
topo addbond [$j get index] $b -bondtype 2 ;
}
topo addbond list [[atomselect top "element C"] get index] -bondtype 1;

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-20 10:50
本帖最后由 Lacrimosa 于 2020-7-20 11:18 编辑

另外topotools直接猜出来的拓扑文件好像也挺准确的，直接运行以下命令就好了
topo clearbonds
topo clearangles
topo cleardihedrals
topo clearimpropers

topo guessbonds
topo guessangles
topo guessdihedrals

topo retypebonds
topo retypeangles
topo retypedihedrals

对于比较复杂的有机物，最好先根据成键关系判断好原子类型，然后再用guessbonds

作者
Author: Kangtor 时间: 2020-7-20 17:41

Lacrimosa 发表于 2020-7-20 10:45
因为一个碳连接了三个氢，在addbond中[$j get index]表示的是三个氢组成的list，所以会报错。显然这样做 ...

topo addbond list [[atomselect top "element C"] get index] -bondtype 1;
感觉这一句是在建立碳碳键，但是这一句我一直在报错

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-21 17:48

Kangtor 发表于 2020-7-20 17:41
topo addbond list [[atomselect top "element C"] get index] -bondtype 1;
感觉这一句是在建立碳碳键 ...

是建立C-C键的，这里这样写只适用于乙烷，因为乙烷只有两个碳。

作者
Author: zxs1127 时间: 2020-8-19 11:55
本帖最后由 zxs1127 于 2020-11-4 21:03 编辑

感谢，收货很大

作者
Author: kazusa 时间: 2021-2-1 11:09
十分感谢，很有帮助

作者
Author: tjuptz 时间: 2021-2-16 17:19
本帖最后由 tjuptz 于 2021-2-16 17:23 编辑

补充下，topotools的原始教程有较好的生成lammps data及拓扑处理实例。
另外，对于单个结构比较复杂，比如交联聚合物或者生物大分子或者很复杂的有机物、无机物，其实用topotools里guessbonds或者vmd加载分子时autobonds自己根据距离标准判断的成键关系，不一定靠谱，肉眼又不好发现，需要谨慎一点。

作者
Author: Heritis 时间: 2021-3-15 12:44
请问一下，我在TK Console中输入“pbc box”，回车后提示“ERROR) Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). Have you forgotten to set the pbc parameters?”是什么原因呢？谢谢。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-15 13:08

Heritis 发表于 2021-3-15 12:44
请问一下，我在TK Console中输入“pbc box”，回车后提示“ERROR) Suspicious pbc side length (a=0.000000 ...

说明你的结构里缺少周期性边界参数

作者
Author: Heritis 时间: 2021-3-15 14:12

Lacrimosa 发表于 2021-3-15 13:08
说明你的结构里缺少周期性边界参数

请问怎么操作呢？我的.pdb模型是用packmol生成的，是packmol程序的问题吗？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-15 18:09
本帖最后由 Lacrimosa 于 2021-3-15 18:11 编辑

Heritis 发表于 2021-3-15 14:12
请问怎么操作呢？我的.pdb模型是用packmol生成的，是packmol程序的问题吗？

你想加盒子参数可以直接在vmd中用molinfo写入参数
例:
molinfo top set a 10
molinfo top set b 10
molinfo top set c 10
就是一个边长10的立方盒子
pbc set cell也可以

作者
Author: Heritis 时间: 2021-3-15 21:00

Lacrimosa 发表于 2021-3-15 18:09
你想加盒子参数可以直接在vmd中用molinfo写入参数
例:
molinfo top set a 10

好的，我试试，谢谢！

作者
Author: zero! 时间: 2021-4-2 12:34
请问一下，我用方法一生成的data文件中氧原子ID排在氢原子后面，不符合TIP4P的要求，请问有什么解决办法吗？
另外我的模型中还有CNT，我只需要data文件除了坐标信息外只包含水分子的键角信息，有什么命令可以解决吗？

作者
Author: junyang 时间: 2021-5-4 13:31
谢谢分享

作者
Author: liuxdhs 时间: 2021-7-5 15:33
谢谢楼主的分享，我想请教一个问题，如果事先设置端基的原子类型会比较麻烦，那应该如何解决呢？
不同的力场，对于不同的原子会有不同的分配，封端的原子类型可以忽略吗？非常感谢！

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-7-5 19:31

liuxdhs 发表于 2021-7-5 15:33
谢谢楼主的分享，我想请教一个问题，如果事先设置端基的原子类型会比较麻烦，那应该如何解决呢？
不同的力 ...

封端是原子类型不能省略

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2021-8-8 14:00
(, 下载次数 Times of downloads: 69) 您好！
我用MS设置的CF3-CH3的碳只有一种类型，如图，怎么像您帖子中出现CF和CH两种碳呢？

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-11 16:29

ZZU_SCU 发表于 2021-8-8 14:00
您好！
我用MS设置的CF3-CH3的碳只有一种类型，如图，怎么像您帖子中出现CF和CH两种碳呢？

把它的原子的名字改一下就行

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-8-13 12:04
楼主gromacs部分我看的不是很懂，可否跟您请教一下。
我也是想生成聚合物的opls力场的拓扑文件，比如我的聚合物链有5个重复单元组成，每个重复单元是42个原子，如果用LigParGen生成的话，稍微超过支持的原子数目了。不知道按照您的方法，是否可以用LigParGen生成一个重复单元的itp文件，然后得到整个分子也就是5个重复单元的itp文件呢？
论坛里找到一些帖子但是因为对Gromacs不是很熟悉，所以看得不是很懂。可否请您帮助解答下。
先谢谢啦！

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-13 14:33

mgqqlwq 发表于 2021-8-13 12:04
楼主gromacs部分我看的不是很懂，可否跟您请教一下。
我也是想生成聚合物的opls力场的拓扑文件，比如我的 ...

itp中要有一整个链的原子信息和键接关系。

我觉得是不可以的

你先去了解一下pdb2gmx命令，然后就能理解我说的了

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-8-13 23:38

Kangtor 发表于 2021-8-13 14:33
itp中要有一整个链的原子信息和键接关系。

我觉得是不可以的

谢谢您的回复！抱歉，我没有太看懂您帖子关于Gromacs的内容，请问是针对什么情况下使用的呢？
pdb2gmx的内容我之前也看了，但是可能刚接触，看的云里雾里不是很明白。
那请问下您是怎么生成opls的itp文件的呢？我目前只知道类似用LigParGen这样的方法。
先谢谢您啦！

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-14 22:37

mgqqlwq 发表于 2021-8-13 23:38
谢谢您的回复！抱歉，我没有太看懂您帖子关于Gromacs的内容，请问是针对什么情况下使用的呢？
pdb2gmx的 ...

我认为你只要设好pdb2gmx的各个文件，产生聚合物的itp文件很容易

作者
Author: dengzijunwind 时间: 2021-8-15 00:45
聚合物建模真不容易，前段时间也在做pvdf模拟。学习了

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-8-20 00:58

Kangtor 发表于 2021-8-14 22:37
我认为你只要设好pdb2gmx的各个文件，产生聚合物的itp文件很容易

谢谢楼主您的回复！不好意思，这几天忘记上论坛，回复晚了。
我自己搜索了一些资料，然后看了pdb2gmx的说明，但是感觉还很凌乱，gromacs的手册感觉写的也比较简略。
麻烦问下楼主，这个有类似的教程或者哪里可以找到相应的详细一点的步骤，或者麻烦您稍微解释一下可以吗？
万分感谢！

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-30 20:11
您好大佬，请问您在构建PVDF的rtp文件的时候是如何写[ angles ]和[ dihedrals ] 的参数信息的呢？能不能将您模拟的PVDF的rtp文件分享以下，小白学习以下，非常感谢您的回复。我实在捯饬好久了,rtp文件也搞不定，谢谢大佬了

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-8-30 22:42

1971806673 发表于 2021-8-30 20:11
您好大佬，请问您在构建PVDF的rtp文件的时候是如何写[ angles ]和[ dihedrals ] 的参数信息的呢？能不能将 ...

一般bonds就够了，我手头也没有，明天我写个

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-8-31 08:19

Kangtor 发表于 2021-8-30 22:42
一般bonds就够了，我手头也没有，明天我写个

好的好的，谢谢大佬，写完还望共享一下啊，太感谢您的回复了

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2021-9-11 00:06
您好！问您一个问题。MS修改原子name后，保存成什么格式? 然后导入VMD中可以出现修改后的name呢？pdb格式好像不行额

作者
Author: xhzhangwsu 时间: 2021-9-26 13:55

mgqqlwq 发表于 2021-8-13 12:04
楼主gromacs部分我看的不是很懂，可否跟您请教一下。
我也是想生成聚合物的opls力场的拓扑文件，比如我的 ...

A.U.>200的聚合物的话，可以试试PolyParGen：http://polypargen.com/。发表的文章： https://doi.org/10.2477/jccjie.2018-0034

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-10-15 08:19

xhzhangwsu 发表于 2021-9-26 13:55
A.U.>200的聚合物的话，可以试试PolyParGen：http://polypargen.com/。发表的文章： https://doi.org/10. ...

谢谢您的回复！但是PolyParGen有个问题就是输出文件中的原子顺序会完全打乱，我有多条链的时候就需要重新恢复顺序，但是我没有明白输出文件和输入文件中原子顺序的关系。

作者
Author: Hollytree 时间: 2021-11-30 22:48
可以详细的说一下聚合物+slab模型+真空构建部分吗？在做这方面的工作，但是一直报错，不知道是哪里出了问题。

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-12-1 17:32

Hollytree 发表于 2021-11-30 22:48
可以详细的说一下聚合物+slab模型+真空构建部分吗？在做这方面的工作，但是一直报错，不知道是哪里出了问题 ...

具体报错的原因是？

作者
Author: Hollytree 时间: 2021-12-1 21:24
(, 下载次数 Times of downloads: 80)

作者
Author: Hollytree 时间: 2021-12-1 21:27
(, 下载次数 Times of downloads: 82) 尝试做了最简单的一个模型，但是这个模型和我之前在MS里面构建的是不一样的，之前是水分子全在slab模型的上面，不知道为何在生成data文件的以后就变成下面这种图形了

作者
Author: Hollytree 时间: 2021-12-1 21:50
(, 下载次数 Times of downloads: 86) ，在使用nve系综下是没有报错的，但是使用nvt或npt时就会报错

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-12-1 21:47

tjuptz 发表于 2021-2-16 17:19
补充下，topotools的原始教程有较好的生成lammps data及拓扑处理实例。
另外，对于单个结构比较复杂，比如 ...

请问topotools的原始教程在哪里看呢？

作者
Author: neocc 时间: 2023-2-12 17:26
怎么向cvff力场的聚合物的盒子里面添加spce或者tip4p模型水分子做溶剂化。

minimize最小化，跑md都是水分子报错。

报错有：
最小化过程中能量在30多步暴增到inf
md过程出现bonds atoms xxx xxx missing ...

作者
Author: Olive.Lv 时间: 2023-12-15 14:07

Lacrimosa 发表于 2020-7-20 10:50
另外topotools直接猜出来的拓扑文件好像也挺准确的，直接运行以下命令就好了
topo clearbonds
topo clear ...

老师你好，我输入topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools command 'retypedihedral'，如下图

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-12-15 16:34

Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:07
老师你好，我输入topo retypedihedral，然后出现报错Unknown topotools command 'retypedihedral'，如下 ...

你输入topo就可以看到手册呀，里面明明写的是topo retypedihedrals

作者
Author: Olive.Lv 时间: 2023-12-15 16:54

Lacrimosa 发表于 2023-12-15 16:34
你输入topo就可以看到手册呀，里面明明写的是topo retypedihedrals

是的，是我没看仔细，后来改过来了

作者
Author: Olive.Lv 时间: 2023-12-25 17:34
我用vmd给packmol建的模型附电荷，C原子我附的是6，因为用vmd打开其他优化好的文件，查C的电荷显示的是6，但是我今天在一篇文献中看到说石墨烯的电荷设为0，请问这是为什么？

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-11-10 18:24

Olive.Lv 发表于 2023-12-25 17:34
我用vmd给packmol建的模型附电荷，C原子我附的是6，因为用vmd打开其他优化好的文件，查C的电荷显示的是6， ...

正常原始石墨烯的C都是不带电的LJ粒子

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