计算化学公社

标题: 请问vmd插件怎么装？ [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-18 14:59
标题: 请问vmd插件怎么装？
1.在linux下没有找到.vmdrc这个文件，请问怎么找，或是创建新.vmdrc文件，将图片上的这两行命令复制进去就可以了吗？还需要其他什么命令？
2.在windows下找到了vmd.rc文件，直接将图片上两行命令复制进去，但是没有什么反应，在ansysis里没有找到wisp命令。这个路径是要写绝对路径定位到Wisp.tcl上吗还是定位到其所在文件夹？(所有wisp包文件见图片）。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-18 19:08
1 Linux需自行创建.vmdrc文件

2 显然光复制进去不行，还得把里面< >里的路径设为实际的

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-18 19:21
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.7b00695

SI里面给出了不同系统下安装VMD插件的教程

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-18 21:43

fhh2626 发表于 2020-7-18 19:21
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.7b00695

SI里面给出了不同系统下安装VMD插件的教程

C:\Users\lenovo\Desktop\vmd插件设置输入命令.png
我照着文献里的输入的，怎么也不对呢？

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-18 21:44

fhh2626 发表于 2020-7-18 19:21
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.7b00695

SI里面给出了不同系统下安装VMD插件的教程

>Main< (lenovo) 7 % vmd_install_extension WISP xrmsdgui_tk_cb "Analysis/WISP"
The WISP package could not be loaded:
Unable to add menu WISP

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-18 23:11

hyr95 发表于 2020-7-18 21:44
>Main< (lenovo) 7 % vmd_install_extension WISP xrmsdgui_tk_cb "Analysis/WISP"
The WISP package co ...

pkgIndex.tcl里面的版本号和名称要对应

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-19 15:21

fhh2626 发表于 2020-7-18 23:11
pkgIndex.tcl里面的版本号和名称要对应

Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.9.4a38 (October 20, 2019)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info) Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info) Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 8 CPUs detected.
Info) CPU features: SSE2 AVX AVX2 FMA
Info) Free system memory: 6136MB (77%)
Info) Creating CUDA device pool and initializing hardware...
Info) Detected 1 available CUDA accelerator::
Info) [0] GeForce RTX 2060    30 SM_7.5 1.7 GHz, 5.8GB RAM SP32 KT AE3 ZC
libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
libGL error: failed to load driver: swrast
Info) OpenGL renderer: GDI Generic
Info) Features: STENCIL MDE
Info) GLSL rendering mode is NOT available.
Info) Textures: 2-D (1024x1024)
Info) Detected 1 available TachyonL/OptiX ray tracing accelerator
Info) Compiling 1 OptiX shaders on 1 target GPU...
Info) Dynamically loaded 3 plugins in directory:
Info) /usr/local/lib/vmd/plugins/LINUXAMD64/molfile
invalid command name "/home/jmx/program/vmd-1.9.4a38/plugins/noarch/tcl/wisp-1.1/pkgIndex.tcl"
The wisp package could not be loaded:

vmd > ERROR) Creation of window for 'wisp' failed (invalid command name "wisp_tk_cb").

版本名称都对应了，但是还是提示这个，没办法加载

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-19 20:50

hyr95 发表于 2020-7-19 15:21
Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.9.4a38 (October 20, 2019)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Resear ...

把你的pkgIndex文件贴上来看看

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-20 09:45

fhh2626 发表于 2020-7-19 20:50
把你的pkgIndex文件贴上来看看

这是.vmdrc文件里的添加到最后两行的内容
set auto_path </home/PJ/program/vmd-1.9.4a38/plugins/noarch/tcl/wisp-1.1/pkgIndex.tcl>
vmd_install_extension wisp wisp_tk "Analysis/Wisp"
这是pkgIndex.tcl里的内容（这里试过wisp 1.1和wisp 1.11都不行）
package ifneeded wisp 1.0 "[list source [file join /home/PJ/program/vmd-1.9.4a38/plugins/noarch/tcl/wisp-1.1/Wisp.tcl]]"

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-20 11:07

hyr95 发表于 2020-7-20 09:45
这是.vmdrc文件里的添加到最后两行的内容
set auto_path
vmd_install_extension wisp wisp_tk "Analys ...

改成package ifneeded wisp 1.0 [list source [file join $dir wisp.tcl]]

wisp.tcl 里面应该有
package provide wisp 1.0

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-20 13:25

fhh2626 发表于 2020-7-20 11:07
改成package ifneeded wisp 1.0 ]

wisp.tcl 里面应该有

Wisp.tcl里写的是package provide wisp 1.11

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-21 09:43

fhh2626 发表于 2020-7-20 11:07
改成package ifneeded wisp 1.0 ]

wisp.tcl 里面应该有

应该是装上了，但是显示could not fork child process:not enough memory，请问怎么解决？是要给它分配内存吗？请问怎么分配呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-21 16:11

hyr95 发表于 2020-7-21 09:43
应该是装上了，但是显示could not fork child process:not enough memory，请问怎么解决？是要给它分配内 ...

这个感觉就是插件本身的问题了

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-21 23:41

fhh2626 发表于 2020-7-21 16:11
这个感觉就是插件本身的问题了

好的谢谢，我再检查一下插件

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