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标题: 动力学模拟的时间怎么确定 [打印本页]

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-18 16:25
标题: 动力学模拟的时间怎么确定
本帖最后由华理小妮于 2020-7-18 16:36 编辑

老师们好，我目前做的工作是模拟两种有机小分子在氯仿溶液中的预组装过程，以及温度对稳定结合后复合物的破坏力。两个小分子的结构式在下图。目前用的是gromacs软件，Amber力场，RESP2原子电荷，但是我不确定动力学模拟需要多长时间，怎么确定模拟已经达到平衡了，所以想问问老师们。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-18 19:15
诸如先跑个10ns看看情况，花不了多少时间，发现时间不够再续跑。
判断平衡的问题之前在论坛里回复过N遍，首页google框搜索动力学稳定判断

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-18 19:22

sobereva 发表于 2020-7-18 19:15
诸如先跑个10ns看看情况，花不了多少时间，发现时间不够再续跑。
判断平衡的问题之前在论坛里回复过N遍， ...

好的，谢谢sober老师。

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-19 22:42

sobereva 发表于 2020-7-18 19:15
诸如先跑个10ns看看情况，花不了多少时间，发现时间不够再续跑。
判断平衡的问题之前在论坛里回复过N遍， ...

sober老师，有个问题还想向您请教一下，可以看出实际情况下除了2，4-二氯苯氧乙酸和4-乙烯基吡啶两个分子能形成二聚体之外，2，4-二氯苯氧乙酸自己也能形成二聚体，所以我想用分子动力学的手段预测一下这两种情况形成二聚体的一个比例有多少，什么因素（温度、或者添加比例）能够影响这个比例。不知道可不可以，行不行得通。目前我在用gromacs GAFF力场在做。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-20 02:09

华理小妮发表于 2020-7-19 22:42
sober老师，有个问题还想向您请教一下，可以看出实际情况下除了2，4-二氯苯氧乙酸和4-乙烯基吡啶两个分子 ...

可以

作者
Author: 华理小妮 时间: 2020-7-20 09:14

sobereva 发表于 2020-7-20 02:09
可以

谢谢sober老师

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