计算化学公社

标题: RESP拟合静电势电荷是否可以用于QM/MM计算？ [打印本页]

作者
Author: 李德贤 时间: 2020-7-18 22:39
标题: RESP拟合静电势电荷是否可以用于QM/MM计算？
本帖最后由李德贤于 2020-7-18 22:46 编辑

我正在学习用TAO的软件包计算蛋白配体的QM/MM计算，但是在最开始的pdb2oniom生成的高斯输入文件修改时就遇到了麻烦：
1、我是否可以用Multiwfn计算的RESP（http://sobereva.com/441）作为配体的电荷？
2、如果可以的话，配体的原子类型该如何写？可以和原子名称写成一样的吗？
3、蛋白本身的N端的Gln、C端的Ser以及组氨酸的HID形式的原子类型和电荷该如何处理？可以把他们单独拿出来计算RESP电荷吗？
恳请各位老师指点迷津

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-18 22:46
1 可以
2 原子类型和原子名是两码事。原子类型必须是当前用的力场里支持的（或者自己提供了补充参数）
3 我不熟悉pdb2oniom。AMBER力场已经定义了各种氨基酸以及在N、C端时候的原子类型和原子电荷，可以参看比如gromacs自带的amber力场目录下的rtp文件。诸如CSER对应于SER在碳端的情况

作者
Author: 李德贤 时间: 2020-7-18 23:03

sobereva 发表于 2020-7-18 22:46
1 可以
2 原子类型和原子名是两码事。原子类型必须是当前用的力场里支持的（或者自己提供了补充参数）
3 ...

谢谢老师，那有没有方法可以通过配体的fchk文件来获得参数文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-19 12:28

李德贤发表于 2020-7-18 23:03
谢谢老师，那有没有方法可以通过配体的fchk文件来获得参数文件？

没法直接得到
补参数是很折腾的事，所以若无必须不建议用ONIOM结合力场来算，而建议用簇模型

作者
Author: 李德贤 时间: 2020-7-19 18:06

sobereva 发表于 2020-7-19 12:28
没法直接得到
补参数是很折腾的事，所以若无必须不建议用ONIOM结合力场来算，而建议用簇模型

http://farmamol.uah.es/dokuwiki/ ... ep_file_preparation
这个网站提供了一种解决方法，把antechamber的输出文件改为prep格式的，我尝试了一下可以运行，老师您看合理吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-20 02:08

李德贤发表于 2020-7-19 18:06
http://farmamol.uah.es/dokuwiki/doku.php?id=amber_prep_file_preparation
这个网站提供了一种解决方 ...

你可以先做个单分子优化，如果在当前参数下结构能基本维持，应该没问题

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