计算化学公社

标题: gromacs粗粒化求助 [打印本页]

作者
Author: 一个小瓜皮 时间: 2020-7-19 11:33
标题: gromacs粗粒化求助
（http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-1192582.html）请问有老师看过这篇教程吗？是自动生成粗粒化文件的，这是他们的。我按着这个教程安装了所需要的插件，运行脚本后没有响应。我怀疑是我输入的sdf文件有问题，所以在（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov ... ection=3D-Conformer）下了一个别人的sdf，发现还是报错，输出文件是一个空白文件。

作者
Author: 牧生 时间: 2020-7-19 16:19
在win10和win7都试过，没有一次成功的。
我也很想用这个功能

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-20 11:30
你直接在CHARMM-GUI上鼠标点点就可以生成粗粒化的输入文件了

作者
Author: 一个小瓜皮 时间: 2020-7-20 16:16
老师，谢谢您的回复，但是charmm-gui是可以生成任何分子的粗粒化文件么？还是只能生成charmm-gui指定的文件（如脂质。溶剂等）。我想粗理化从ATB下载的盐酸阿霉素，试着上传到charmm-gui，报错了，提示“The uploaded PDB file is missing chain ID(s) for some residues, and CHARMM-GUI cannot recognize them correctly. Please read the Q/A session carefully.”

作者
Author: kiki小吴 时间: 2022-6-4 18:52
您好，请问您的粗粒化解决了嘛？我也出现了一点问题，“File error: Bad input file Structure2D.sdf”，请问一下您这是什么情况嘛？

作者
Author: LNN 时间: 2023-12-4 20:39

一个小瓜皮发表于 2020-7-20 16:16
老师，谢谢您的回复，但是charmm-gui是可以生成任何分子的粗粒化文件么？还是只能生成charmm-gui指定的文件 ...

您好，我也想粗粒化从ATB下载的蔗糖pdb文件，我看到可以用Martinize.py脚本转化，但是还没搞懂，请问您解决这个问题了吗，请指教，非常感谢！

作者
Author: zdworld 时间: 2023-12-5 00:23
本帖最后由 zdworld 于 2023-12-5 00:25 编辑

发错了

作者
Author: zdworld 时间: 2023-12-5 00:26

LNN 发表于 2023-12-4 20:39
您好，我也想粗粒化从ATB下载的蔗糖pdb文件，我看到可以用Martinize.py脚本转化，但是还没搞懂，请问您解 ...

这个脚本只能转蛋白，蔗糖直接看官方给的示例里就有。

作者
Author: LNN 时间: 2023-12-5 09:49

zdworld 发表于 2023-12-5 00:26
这个脚本只能转蛋白，蔗糖直接看官方给的示例里就有。

首先感谢您的解答，我查看过martini官网的文献里面有写连接关系和成键方式，但是我不会构建pdb或者gro文件，在官网也没有找到相应的文件，可以指路吗，感谢您的指教！

作者
Author: zdworld 时间: 2023-12-5 20:54

LNN 发表于 2023-12-5 09:49
首先感谢您的解答，我查看过martini官网的文献里面有写连接关系和成键方式，但是我不会构建pdb或者gro文 ...

10.1021/acs.jctc.2c00757

你确定看的是这篇？

作者
Author: LNN 时间: 2023-12-6 17:44

zdworld 发表于 2023-12-5 20:54
10.1021/acs.jctc.2c00757

你确定看的是这篇？

您好，我看的是这篇10.1021/ct900313w ，我刚粗略看了您提供的这篇，请教您是需要根据这篇文献的方法自己构建蔗糖pdb或者gro文件是吗，非常感谢您的解答！

作者
Author: zdworld 时间: 2023-12-7 19:37

LNN 发表于 2023-12-6 17:44
您好，我看的是这篇10.1021/ct900313w ，我刚粗略看了您提供的这篇，请教您是需要根据这篇文献的方法自己 ...

那你就详细看看，所有二糖的拓扑都给了

作者
Author: LNN 时间: 2023-12-8 17:22

zdworld 发表于 2023-12-7 19:37
那你就详细看看，所有二糖的拓扑都给了

不好意思打扰您，我查看了文献的github的代码里面都是力场文献和python代码呀，我是想要蔗糖的pdb或者gro文件

作者
Author: zdworld 时间: 2023-12-16 15:31

LNN 发表于 2023-12-8 17:22
不好意思打扰您，我查看了文献的github的代码里面都是力场文献和python代码呀，我是想要蔗糖的pdb或者gro ...

坐标文件自己画一个就行

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