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标题: 求助芬顿反应与类似过氧化氢酶反应的过渡态模型 [打印本页]

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Author: Finale 时间: 2020-7-19 15:18
标题: 求助芬顿反应与类似过氧化氢酶反应的过渡态模型
各位老师同学好！我最进行在构建两个反应的过渡态模型，但是由于我对反应不是很熟悉，查找了很多文献没有找到关于这两个反应的过渡态构型
如图是两个反应的分步反应，我想构建标黄色的两个分反应的过渡态，最下面是三价铁反应物分子式，上面的则是四价铁反应物分子式（也是一个铁卟啉，只不过铁的氧化态不同）
请问大家有谁算过这两个反应吗？他们的额过渡态构型长啥样，原谅我真的想不出来

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-19 21:44
过氧化氢酶那个，柔性扫描一下铁上的氧与双氧水的氧的距离，看有没有能当过渡态初猜的点

作者
Author: fd7 时间: 2023-8-8 20:06
本帖最后由 fd7 于 2023-8-8 20:09 编辑

sobereva 发表于 2020-7-19 21:44
过氧化氢酶那个，柔性扫描一下铁上的氧与双氧水的氧的距离，看有没有能当过渡态初猜的点

sob老师好，我也是这种Fe-N4结构，我参考了您的意见，柔性扫描O-O键长，这是我的gif文件，我一直在502循环，没有办法出来第一步，不知道是不是Fe-N4的结构优化的有问题或者电荷或者自旋设置的问题。Fe-N4结构优化设置：# opt scrf=(smd,solvent=water) mn15/def2svp em=gd3bj iop(3/174=1000000,3/175=786200,3/177=2097100,3/178=7592300) ，电荷3，自旋多重度4（选择4的原因是优化了2，4，6之后，发现自旋为4的时候HF最低），优化后没有虚频。请老师帮忙看下，谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-8 21:19

fd7 发表于 2023-8-8 20:06
sob老师好，我也是这种Fe-N4结构，我参考了您的意见，柔性扫描O-O键长，这是我的gif文件，我一直在502循 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

没有可补充的

作者
Author: fd7 时间: 2023-8-10 09:16

sobereva 发表于 2023-8-8 21:19
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

好的，老师，我再去仔细看下收敛的解决办法。谢谢您

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-10 15:39

fd7 发表于 2023-8-8 13:06
sob老师好，我也是这种Fe-N4结构，我参考了您的意见，柔性扫描O-O键长，这是我的gif文件，我一直在502循 ...

你这个输入文件里电荷是2不是3啊
此外注意用词规范，不能说“HF最低”，从HF=那里读的能量不能简称HF，可以简称单点能、能量之类

作者
Author: fd7 时间: 2023-8-10 16:04

wzkchem5 发表于 2023-8-10 15:39
你这个输入文件里电荷是2不是3啊
此外注意用词规范，不能说“HF最低”，从HF=那里读的能量不能简称HF， ...

谢谢老师的指正，我会注意的。老师，是因为上面的小分子带有1个负电荷，总体系变成了2.但是后来我发现，下面的过渡金属结构的总电荷应该是0，这样子有小分子存在的情况下，体系总电荷应该是-1.自旋多重度可能是1，3，5。但是3，5我总是结构优化不出来。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-10 16:21

fd7 发表于 2023-8-10 09:04
谢谢老师的指正，我会注意的。老师，是因为上面的小分子带有1个负电荷，总体系变成了2.但是后来我发现， ...

什么叫结构优化不出来？SCF不收敛，还是结构优化不收敛，还是结构优化收敛了但是总是有虚频？

作者
Author: fd7 时间: 2023-8-10 16:29

wzkchem5 发表于 2023-8-10 16:21
什么叫结构优化不出来？SCF不收敛，还是结构优化不收敛，还是结构优化收敛了但是总是有虚频？

老师，我试了几种方法。因为我不确定自旋多重度是多少，然后就1，3，5都试试。总想着都能够结构优化成功且没有虚频，这样大概对比下单点能。但是总是同一种理论方法和基组不能够使得1，3，5结构优化成功且没有虚频。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-10 20:59

fd7 发表于 2023-8-10 09:29
老师，我试了几种方法。因为我不确定自旋多重度是多少，然后就1，3，5都试试。总想着都能够结构优化成功 ...

建议先从配体场理论判断自旋多重度，很可能可以不经计算就排除掉至少一种自旋多重度。
此外，如果SCF不收敛就解决SCF不收敛的问题，如果结构优化不收敛或存在虚频就消虚频（http://sobereva.com/164、http://sobereva.com/278）。在这方面碰到困难，应该首先尝试的是加帮助收敛的关键词，而不是一旦按默认设置不收敛或者有虚频就换理论方法。

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