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标题: 求助：gromacs采样时应如何选择位置限制条件 [打印本页]

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-7-19 17:41
标题: 求助：gromacs采样时应如何选择位置限制条件
本帖最后由 zhangzh 于 2020-7-19 18:02 编辑

如图，我从一条轨迹中以0.15nm为间距抽取出了等距的窗口，但是在后续的md模拟中，wham直方图显示部分窗口中的分子脱离了原有的位置。我已经对主体分子添加了位置限制，请问是限制的力常数设置的不正确吗？应该如何避免分子跑走？另外，从直方图里看采样窗口的间距似乎较远，且曲线的分布过窄，请问是什么原因？
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作者
Author: wyb 时间: 2020-7-20 09:11
是不是力太大了？histogram都没有形成分布

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-7-20 10:03

wyb 发表于 2020-7-20 09:11
是不是力太大了？histogram都没有形成分布

老师好，请问力太大是指牵引力还是posre.itp里的力常数呢，那应该怎么设置合适

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