计算化学公社

标题: Lammps通过reaxff进行燃烧模拟问题求助 [打印本页]

作者
Author:
冲浪汪    时间: 2020-7-19 22:03
标题: Lammps通过reaxff进行燃烧模拟问题求助
本人在用lammps进行ReaxFF模拟的学习中,在尝试对lammps实例文件中CHO例子修改的时候有些想不明白的问题请教各位老师。
我在查看了文献后对in文件进行了修改,在开始设置了能量最小化,并根据文献使用了npt系综设置了2500k和3000a进行模拟,计算完成后使用ovito查看轨迹文件发现确实有反应进行了,生成了其他产物,但是有些想不通的地方:
1)有着巨大的压力波动。反应进行的过程中压力最高的时候有2.8w,最低的时候有-1.5w,在正负值之间来回波动,我设置的压力只有3000a,这样大的压力波动是正常情况吗?如果不是该如何改进呢?
2)模拟盒的大小会急剧缩小并来回变化。个人认为是因为压力导致的,但是我想请问一下模拟盒的大小不停改变是否会对模拟和分析产生影响?
3)关于能量最小化指令的使用。听说初始结构对结果会产生很大影响,所以添加了能量最小化的指令,但是对这个指令的使用有点疑问。我直接把其添加在原本的指令里,运行到3900步的时候就会未响应计算自动终止,并没有报错,但如果我最小化后restart一下就没有任何问题。两个in文件我都贴在下方,请问一下第二个为什么运行的时候有问题,minimize后一定要restart吗?
感谢各位老师!



作者
Author:
PY_N    时间: 2020-7-20 09:28
建议你看看lammps手册,在reax部分,手册里有提到有种情况下,lammps会没有错误信息输出就停止计算,还有就是reax不支持pair_modify mix。
作者
Author:
loading    时间: 2021-4-24 19:42
您好,我也是在用lammps 中reaxFF的例子做修改,发现一直自动生成CHO_example.trj文件,且文件很大,每次都会占满磁盘,请问如何取消自动生成这个文件呢?
作者
Author:
chema    时间: 2021-4-25 08:49
loading 发表于 2021-4-24 19:42
您好,我也是在用lammps 中reaxFF的例子做修改,发现一直自动生成CHO_example.trj文件,且文件很大,每次都 ...

好像是把pair_style        reax/c lmp_control 改成 pair_style                reax/c NULL 你试试,不行就改改lmp_control 里的参数
作者
Author:
冲浪汪    时间: 2021-4-27 16:44
loading 发表于 2021-4-24 19:42
您好,我也是在用lammps 中reaxFF的例子做修改,发现一直自动生成CHO_example.trj文件,且文件很大,每次都 ...

这个是control文件控制的 你去里面把对应的修改一下就行




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3