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标题: MS2019年版的DMol3模块中，用COSMO-SAC方法计算Sigma-Profile，溶剂效应是啥意思？ [打印本页]

作者
Author: skyang 时间: 2020-7-20 09:10
标题: MS2019年版的DMol3模块中，用COSMO-SAC方法计算Sigma-Profile，溶剂效应是啥意思？
MS2019年版的DMol3模块中，用COSMO-SAC方法计算Sigma-Profile，溶剂效应是啥意思？
俺是个新手，看文献，说可以用MS求出纯组分的Sigma-Profile，那也就是说，不需要溶剂。根据两组分的Sigma-Profile和组分的摩尔分数，可以通过平均化求出混合物的Sigma-Profile。
按俺的理解，得到的应该是真空中该组分分子或混合物分子的Sigma-Profile
但是，在MS2019设置中（如图），有个COSMO复选框，只有勾选了这个复选框，并选择了溶剂，该软件才能计算并给出出Sigma-Profile。这时候得到的Sigma-Profile，是纯组分的还是混合物的呢？
是纯组分跟所选溶剂的混合物的Sigma-Profile吗？

问题又来了，如果是纯组分与所选溶剂的混合物的Sigma-Profile，那么，我想求真空条件下纯组分分子的Sigma-Profile，那在MS软件中，如何能够实现呢？非常感谢。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-21 02:56
COSMO是溶剂化模型，COSMO-SAC可以算一些互溶性质等，COSMO-SAC是基于COSMO之上发展起来的，但两者并不是同一个东西。旧版本的COSMO-SAC网上应该有下载的，但是对稍微新一些（MS5+）的DMol3应该有bug，之前改过你可以找找看。新版本的COSMO-SAC就需要对照文献自己写程序了。

如果只是勾选COSMO-SAC，得到的是纯组分的Sigma-Profile，要得到混合的要分别计算两种分子的Sigma-Profile再进行平均化，这个过程就得COSMO-SAC。

作者
Author: skyang 时间: 2020-7-21 11:03

卡开发发发表于 2020-7-21 02:56
COSMO是溶剂化模型，COSMO-SAC可以算一些互溶性质等，COSMO-SAC是基于COSMO之上发展起来的，但两者并不是同 ...

谢谢回复。首先做不到只勾选Use COSMO复选框，而不选择溶剂的情况。只要勾选了，那么它就默认的溶剂是水。另外，计算Sigma-Profile，貌似不需要COSMO这个模型。我理解的是，这个模型，结合采用了量化计算得到的组成溶液各组分的纯Sigma-Profile，就可以计算该混合物的热力学性质，这里主要是指活度系数。也就是说，计算Sigma-Profile时候，并不需要COSMO。

MS2019软件中，关于Use COSMO复选框的设置，是不是可以这样理解，如果你想计算活度系数，它才给你算Sigma-Profile，而这个Sigma-Profile是你的物质与你选择的溶剂混合物的混合Sigma-Profile？

不知道我理解的对不对，期待着你再次回复，再次感谢。

作者
Author: Jasminer 时间: 2020-7-21 17:39

skyang 发表于 2020-7-21 11:03
谢谢回复。首先做不到只勾选Use COSMO复选框，而不选择溶剂的情况。只要勾选了，那么它就默认的溶剂是水 ...

你可以选中use cosmo复选框，换不同极性的溶剂试一下。如果算的sigma profile没有明显变化，证明只是用户界面逻辑设计有问题，实际计算时并未将溶剂混进去。

作者
Author: skyang 时间: 2020-7-21 18:54

Jasminer 发表于 2020-7-21 17:39
你可以选中use cosmo复选框，换不同极性的溶剂试一下。如果算的sigma profile没有明显变化，证明只是用户 ...

感谢回复，我试一下。再次感谢，呵呵。

作者
Author: skyang 时间: 2020-7-21 19:01
又试了一下，勾选Use COSMO后，溶剂选择水和苯，得到的Sigma-Profile是不同的，分别如下，如此看来，得到的是混合物的Sigma-Profile了？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-21 19:09

skyang 发表于 2020-7-21 11:03
谢谢回复。首先做不到只勾选Use COSMO复选框，而不选择溶剂的情况。只要勾选了，那么它就默认的溶剂是水 ...

1、计算过程
具体你可以参考https://www.design.che.vt.edu/VT-Databases.html
计算的过程可以参考里面的文档（直接的地址https://www.design.che.vt.edu/CO ... ation_Procedure.pdf）
2005版本的程序页面上也给出了源码和可执行文件，但是我前面提到过里面还是有bug的（新旧版本长度单位的问题），所以得对源码进行简单修改。

2、产生Sigma-Profile只是借助了COSMO的框架，勾选了COSMO只是执行COSMO而已，但并没有做任何SAC的工作。后续混合物热力学性质需要通过平均化和COSMO-SAC的计算两个部分才能够得到。

3、缺陷
似乎也比较依赖MS的版本，同样是2005版本的COSMO-SAC。用MS7和早期版本可能结果有出入，建议最好是用新版本的COSMO-SAC，但是代码基本上得自己改。

作者
Author: skyang 时间: 2020-7-22 10:33

卡开发发发表于 2020-7-21 19:09
1、计算过程
具体你可以参考https://www.design.che.vt.edu/VT-Databases.html
计算的过程可以参考里面 ...

非常感谢回复。获益良多，我再试试，不懂再次请教，再次感谢。

作者
Author: wdoen 时间: 2021-3-14 01:01
之所以会有溶剂选择的原因是他直接给你提供了对应溶剂的Dielectric constant值，这样你只要选择需要的溶剂就可以了，自动就会生成Dielectric constant值。但是如果你想选择其他自己的溶剂，只要直接修改Dielectric constant参数就可以变成Customized溶剂了，用Dielectric constant值就可以模拟环境。

作者
Author: 克卜勒 时间: 2022-10-25 09:35

卡开发发发表于 2020-7-21 19:09
1、计算过程
具体你可以参考https://www.design.che.vt.edu/VT-Databases.html
计算的过程可以参考里面 ...

卡卡老师，这个链接应该是失效了，有新的吗，或者类似的计算过程链接，麻烦啦麻烦啦

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-10-25 10:35

克卜勒发表于 2022-10-25 09:35
卡卡老师，这个链接应该是失效了，有新的吗，或者类似的计算过程链接，麻烦啦麻烦啦

你看看这个？
现在没啥时间，以后有空可能会考虑额外写一个。

作者
Author: 克卜勒 时间: 2022-10-25 16:11

卡开发发发表于 2022-10-25 10:35
你看看这个？
现在没啥时间，以后有空可能会考虑额外写一个。

好嘞，谢谢卡卡老师

作者
Author: 克卜勒 时间: 2022-11-28 20:25

卡开发发发表于 2022-10-25 10:35
你看看这个？
现在没啥时间，以后有空可能会考虑额外写一个。

卡卡老师，这个里面的sigma-average开源软件计算出来的谱图和数据库里的不一样呢，纵坐标那里高了十倍左右，反而MS里自己生成的sigma-profile 图和数据库里的差别不大，这个开源软件需要自己修改代码吗，感觉哪里出了问题

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-11-28 20:46
本帖最后由卡开发发于 2022-11-28 20:47 编辑

克卜勒发表于 2022-11-28 20:25
卡卡老师，这个里面的sigma-average开源软件计算出来的谱图和数据库里的不一样呢，纵坐标那里高了十倍左 ...

要改动源码，新的DMol3的cosmo和老的文件单位上有差别。另外，因为计算参数或者算法新老版本的差异也会让结果稍有不同。

作者
Author: 克卜勒 时间: 2022-11-28 20:57

卡开发发发表于 2022-11-28 20:46
要改动源码，新的DMol3的cosmo和老的文件单位上有差别。另外，因为计算参数或者算法新老版本的差异也会让 ...

好嘞好嘞

作者
Author: SONGJIANHUA 时间: 2022-12-4 16:35

克卜勒发表于 2022-11-28 20:25
卡卡老师，这个里面的sigma-average开源软件计算出来的谱图和数据库里的不一样呢，纵坐标那里高了十倍左 ...

你好，MS怎么自己生成sigma-profile,是在dmol3里面是要勾选use solvation model吗，勾选的话dielectric constant是不是要自己设置值，想算纯物质的sigma profile。纯新手，看了好多相关的问题的回答，还是不太懂，看维吉尼亚理工的ppt因为版本不同各种东西都要改，而且找不到他们用的MS3.2的而资源毫无头绪。新版的MS又必须选溶剂，也没弄明白。如果可以指点一下的话不甚感激！

作者
Author: SONGJIANHUA 时间: 2022-12-5 13:51

wdoen 发表于 2021-3-14 01:01
之所以会有溶剂选择的原因是他直接给你提供了对应溶剂的Dielectric constant值，这样你只要选择需要的溶剂 ...

如果要算纯组分的sigma profile， dielectric constant的值应该设为多少呢

作者
Author: SONGJIANHUA 时间: 2022-12-5 13:53

skyang 发表于 2020-7-22 10:33
非常感谢回复。获益良多，我再试试，不懂再次请教，再次感谢。

你好，你这个问题解决了吗，我也遇到了一样的问题，想算纯组分的sigma profile，但是模块里面的好像必选一个溶剂

作者
Author: 浩渺寻音 时间: 2023-1-2 09:45

克卜勒发表于 2022-11-28 20:57
好嘞好嘞

你好，克卜勒老师，我看你再帖子中问过Dmol3自带的cosmo计算出来的sigma-profile 图和sigma-average开源软件计算出来的谱图的区别问题，请问你最后是怎么抉择的？是用Dmol3计算出的数据，还是自己修改sigma-average开源软件然后计算呢？

作者
Author: amd_li 时间: 2023-8-9 09:43
楼主您好，我想求一个COSMO计算的sigma-average开源软件（网上链接失效了），不甚感激

作者
Author: 1159042428 时间: 2023-8-10 00:22
求助：为什么一点击这个就出现这样的错误。
The requested URL /Liu-2013/Liu-DB/Sigma-average_v2.txt was not found on this server.

作者
Author: 1159042428 时间: 2023-8-10 00:24

1159042428 发表于 2023-8-10 00:22
求助：为什么一点击这个就出现这样的错误。
The requested URL /Liu-2013/Liu-DB/Sigma-average_v2.txt wa ...

这样的

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