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标题: 配位聚合物四聚体链与水分子之间氢键键能算出来过大 [打印本页]

作者
Author: Sean_z 时间: 2020-7-20 15:36
标题: 配位聚合物四聚体链与水分子之间氢键键能算出来过大
体系是配位聚合物四聚体链与水分子，想看一下氢键键能。用E=E(A+B)-E(A)-E(B)估算的结合能，达到了1.16eV。想请问老师这么大的氢键键能可靠吗，如果不可靠的话主要问题是出在BSSE矫正上吗，还是泛函的选择有误？

十分感谢！

作者
Author: chemhou 时间: 2020-7-20 17:43
水分子的结合能？如果是，1.16 eV肯定不对，哪个地方计算错了估计。
另外体系含有8个正电荷，可能吗？

作者
Author: Sean_z 时间: 2020-7-20 18:56

chemhou 发表于 2020-7-20 17:43
水分子的结合能？如果是，1.16 eV肯定不对，哪个地方计算错了估计。
另外体系含有8个正电荷，可能吗？

您好，是水分子的结合能。每一个中心是二价金属离子所以是8个正电荷。不知道哪里出问题了，结合能这么大

作者
Author: chemhou 时间: 2020-7-20 19:02

Sean_z 发表于 2020-7-20 18:56
您好，是水分子的结合能。每一个中心是二价金属离子所以是8个正电荷。不知道哪里出问题了，结合能这么大{ ...

两边两个单体的S上都有H，中间的两个单体上的H呢？先从结构本身看看。
你现在得到的就是一个NH--O氢键，并且从NH--O距离来看，这个氢键非常弱

作者
Author: Sean_z 时间: 2020-7-20 19:17

chemhou 发表于 2020-7-20 19:02
两边两个单体的S上都有H，中间的两个单体上的H呢？先从结构本身看看。
你现在得到的就是一个NH--O氢键， ...

两边单体有H，是当做没有发生反应。中间的单体是按照反应后脱去了一个H

作者
Author: Sean_z 时间: 2020-7-20 19:23

chemhou 发表于 2020-7-20 19:02
两边两个单体的S上都有H，中间的两个单体上的H呢？先从结构本身看看。
你现在得到的就是一个NH--O氢键， ...

我基组没有加弥散函数，请问这个对结合能计算影响大吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-21 00:21

Sean_z 发表于 2020-7-20 19:23
我基组没有加弥散函数，请问这个对结合能计算影响大吗

加不加弥散函数只是定量层面的影响，不至于影响个百分之好几十或以上的程度

作者
Author: Sean_z 时间: 2020-7-21 01:13

sobereva 发表于 2020-7-21 00:21
加不加弥散函数只是定量层面的影响，不至于影响个百分之好几十或以上的程度

想请教sob老师，这种情况我应该从哪方面考虑去改呢？建不建议再去MS上运行下(还没有学过)试试呢？

作者
Author: 望月凝香 时间: 2020-7-21 06:22

Sean_z 发表于 2020-7-20 18:56
您好，是水分子的结合能。每一个中心是二价金属离子所以是8个正电荷。不知道哪里出问题了，结合能这么大{ ...

不是，你配体难道不是桥联的二硫醇二价阴离子？总体是电中性啊……

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-21 22:01

Sean_z 发表于 2020-7-21 01:13
想请教sob老师，这种情况我应该从哪方面考虑去改呢？建不建议再去MS上运行下(还没有学过)试试呢？

简直无语
仔细看
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

好用的工具用不好，结果就竟然要去尝试一个最烂的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-21 23:23
电中性的体系。。。。你给那么大正电荷干嘛

作者
Author: chemhou 时间: 2020-7-22 04:10

sobereva 发表于 2020-7-21 00:21
加不加弥散函数只是定量层面的影响，不至于影响个百分之好几十或以上的程度

赞同！
你这里是阳离子体系，弥散函数影响很小。
这么弱的NH--O氢键计算出1个多电子伏特的结合能，应该是基本的计算过程哪个地方出错了。

作者
Author: Sean_z 时间: 2020-7-22 15:06
谢谢各位！我再重新检查下过程哈！

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