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标题: 高斯使用QM/MM计算结果能否进行约化密度梯度(RDG)分析？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2015-10-7 20:47
标题: 高斯使用QM/MM计算结果能否进行约化密度梯度(RDG)分析？
想要计算一个大体系，用到的高斯的QM/MM，分3层，外层为AM，内层核心计算为b3lyp/6-31G**，请问，针对b3lyp/6-31G**的计算结果，能否用multiwfn进行作用力等高面的约化密度梯度(RDG)分析？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-7 23:44
AM是什么？
产生波函数文件的时候别用ONIOM，你就把高层挖出来，用DFT算个单点就完了。

作者
Author: lao7 时间: 2015-10-8 09:49

sobereva 发表于 2015-10-7 23:44
AM是什么？
产生波函数文件的时候别用ONIOM，你就把高层挖出来，用DFT算个单点就完了。

谢谢回复，你的意思是可以用ONIOM先算完，然后再用b3lyp/6-31G算个单点能，就可以用RDG分析了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-8 10:28

lao7 发表于 2015-10-8 09:49
谢谢回复，你的意思是可以用ONIOM先算完，然后再用b3lyp/6-31G算个单点能，就可以用RDG分析了吗？

对
6-31G太渣，至少用6-31G*

作者
Author: lao7 时间: 2015-10-8 10:45
我这样算一下，十分感谢一直以来的帮助！

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-10-8 21:47

sobereva 发表于 2015-10-7 23:44
AM是什么？
产生波函数文件的时候别用ONIOM，你就把高层挖出来，用DFT算个单点就完了。

请问老师qm/mm和oniom有啥区别？
您在以前的一个帖子中说过，oniom不要轻易使用，容易出问题；
那qm/mm容易出问题吗？qm/mm的关键词是什么呢？本站有教程吗？
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-8 23:10

lastzealot 发表于 2015-10-8 21:47
请问老师qm/mm和oniom有啥区别？
您在以前的一个帖子中说过，oniom不要轻易使用，容易出问题；
那qm/mm ...

ONIOM是杂化方法，可以多种理论方法混合处理一个体系，如果是量化方法和分子力场方法结合做ONIOM，本身也算QMMM的一种实现。
但ONIOM的做法和一般的QMMM不同。ONIOM是洋葱算法，分子力场也得算量化计算的那块区域，你看过ONIOM的基本资料就明白是怎么实现的。而一般意义的QMMM是拼接算法，QM能量+分子力场能量就是总能量。
ONIOM和QMMM的的局限性很大程度上是相同的。
QMMM说来话长，高斯没法做一般形式的那种QMMM，结合某些分子力场程序诸如amber倒是可以做。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-10-9 08:04

sobereva 发表于 2015-10-8 23:10
ONIOM是杂化方法，可以多种理论方法混合处理一个体系，如果是量化方法和分子力场方法结合做ONIOM，本身 ...

恩，官网的说明上写洋葱算法总能量中需要减掉力场计算的那个high层。
您说高斯不能计算QM/MM，是不是由于高斯本身不含力场的缘故啊？那为什么ONIOM中可以用amber力场呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-9 08:29

lastzealot 发表于 2015-10-9 08:04
恩，官网的说明上写洋葱算法总能量中需要减掉力场计算的那个high层。
您说高斯不能计算QM/MM，是不是由 ...

含力场啊，支持UFF、Amber、Dreiding
你用比如B3LYP:Amber这么杂化来算ONIOM，这本身就算是QMMM的一种实现方式，只不过不是其它程序用的那种两部分直接拼接的方式。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-10-9 10:27

sobereva 发表于 2015-10-9 08:29
含力场啊，支持UFF、Amber、Dreiding
你用比如B3LYP:Amber这么杂化来算ONIOM，这本身就算是QMMM的一种实 ...

哦，明白了，谢谢老师。
如果low的部分不参与反应，把high的那部分提取出来计算某反应自由能变化是否也合理呢？
如果low的部分也参与，把优化后的整体结构计算频率得到G再用于计算反应自由能变化，是否合理呢？
麻烦老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-9 10:46

lastzealot 发表于 2015-10-9 10:27
哦，明白了，谢谢老师。
如果low的部分不参与反应，把high的那部分提取出来计算某反应自由能变化是否也 ...

low参与反应的话就不应该把它设为low
不参与反应时把它去掉往往也没关系。

“优化后的整体结构计算频率得到G再用于计算反应自由能变化”这句话本身没问题。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-10-11 00:58

sobereva 发表于 2015-10-9 10:46
low参与反应的话就不应该把它设为low
不参与反应时把它去掉往往也没关系。

谢谢老师

作者
Author: a-Student 时间: 2022-11-30 21:24

sobereva 发表于 2015-10-7 23:44
AM是什么？
产生波函数文件的时候别用ONIOM，你就把高层挖出来，用DFT算个单点就完了。

老师，如图，我想用IGMH展现这个弱相互作用，我做的是ONIOM模型优化晶体结构，体现中心原子QM区和MM之间是否产生如图的弱相互作用，然后Formchk -MS 生成波函数文件，载入Multiwfn分析后，但是做IGMH发现并没有等值面生成，请问老师这种情况是不是不能用ONIOM模型体现，必须单独取出来两个分子优化才可以。麻烦老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-1 05:26

a-Student 发表于 2022-11-30 21:24
老师，如图，我想用IGMH展现这个弱相互作用，我做的是ONIOM模型优化晶体结构，体现中心原子QM区和MM之间 ...

用Multiwfn主功能5绘制电子密度等值面，如果能正常看到等值面，可能是IGMH的等值面数值设得不够小所以没看到相应等值面

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