计算化学公社

标题: tppmktop网站在哪里下载扩充的opls力场 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2020-7-20 22:28
标题: tppmktop网站在哪里下载扩充的opls力场
请问tppmktop网站在哪里可以下载扩充后的opls力场呀？我上传了pdb后只能得到itp文件，没找到力场的下载位置

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-20 22:56
生成OPLS力场只建议用ligpargen
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-20 23:50
有OPLS原作者的ligpargen就没必要考虑第三方的人搞的半山寨的工具了

作者
Author: naoki 时间: 2020-7-21 09:42

fhh2626 发表于 2020-7-20 22:56
生成OPLS力场只建议用ligpargen
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

ligpargen只能处理200原子以下的分子，稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-7-21 12:13

naoki 发表于 2020-7-21 09:42
ligpargen只能处理200原子以下的分子，稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。

小分子力场不适合干这个，考虑把聚合物的monomer当残基一样处理吧……

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-7-21 15:45

naoki 发表于 2020-7-21 09:42
ligpargen只能处理200原子以下的分子，稍大点的比如聚合度30的聚丙烯就搞不了了。。。

聚合物那完全是另外一回事

比如CHARMM-GUI就有处理聚合物的工具

作者
Author: zhy336613 时间: 2023-1-16 23:40
https://github.com/gromacs/gromacs/tree/main/share/top/oplsaa.ff
我是在这里找到的力场文件，但看到二楼的方案我决定尝试一下。

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