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标题: 求助PMF曲线如何做能量分解 [打印本页]

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-7-21 11:40
标题: 求助PMF曲线如何做能量分解
请问wham分析得到的PMF曲线可以做能量分解吗？就查看其中静电占多少，范德华力占多少之类的。应该如何操作？

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-7-21 12:15
本帖最后由 k64_cc 于 2020-7-21 15:36 编辑

在CV上加strong restraint来个长时间模拟，然后直接对平均能量分解就行

作者
Author: SpongeBob 时间: 2020-7-26 13:27

k64_cc 发表于 2020-7-21 12:15
在CV上加strong restraint来个长时间模拟，然后直接对平均能量分解就行

请问可以具体说一下吗？谢谢

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-7-26 19:06

SpongeBob 发表于 2020-7-26 13:27
请问可以具体说一下吗？谢谢

这还能咋说……

根据F=U-TS，你能把自由能分成U和TS两部分。其中U就是平均势能，跑个长模拟然后能量分解就行。然后用F和U相减就有TS了。

作者
Author: zhangzh 时间: 2020-7-28 01:10

k64_cc 发表于 2020-7-26 19:06
这还能咋说……

根据F=U-TS，你能把自由能分成U和TS两部分。其中U就是平均势能，跑个长模拟然后能量分 ...

请问如何得到不同形式的能量呢，比如静电的贡献，范德华力的贡献等

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-7-29 11:12

zhangzh 发表于 2020-7-28 01:10
请问如何得到不同形式的能量呢，比如静电的贡献，范德华力的贡献等

翻教材，写代码，自己算？

intramolecular interaction，LJ，和短程的库伦力都挺简单，而且一般起主导作用。长程单拎出来就行，如果命好，长程相互作用应该不会影响自由能变化的趋势。

作者
Author: IamHK 时间: 2021-4-12 18:05
请问你解决此类问题了吗？我也想做类似的工作，有什么方法吗？谢谢。

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