计算化学公社

标题: 关于gromacs中constraints选择的问题 [打印本页]

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-22 10:35
标题: 关于gromacs中constraints选择的问题
新手上路，了解到社长极力不推荐all-bonds，但还是斗胆问一下all-bonds、h-bonds、none这三种constraints区别是什么，在何种情况下该选择哪种。有时候用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了，不知道是因为什么原因。
同时想确认一下Gromacs是否可以表示羟基（-OH）中H被离子所取代。

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-22 11:58
博文http://sobereva.com/10中“.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法，也就是约束住所有[ bonds ]项，原本[ bonds ]的设定就被覆盖了，即不体现成键效果（来回振动），只体现约束效果（距离固定不变）。” 这句话的意思我不是很明白，可以理解为top文件中的[bonds]、[ pairs ]、[ angles ]等都为限制吗用的谐振势表示，但是一旦定义constraints = all-bonds 就将[ bonds ]中所有键不允许震动设为固定，选择constraints = h-bonds就将[ bonds ]中与H相连的键变为不允许震动设为固定吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-22 13:55
“用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了”没有任何可正当解释的原因，纯粹是巧合罢了
all-bonds总是不要用。用2 fs步长一般就用h-bonds，如果用1 fs步长一般可以不做约束。要搞懂这种约束的目的是什么，主要是为了消除高频振动

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“羟基（-OH）中H被离子所取代”这肯定不行，O和H之间有bond项，导致H+不可能离开。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-22 13:56

孙宝刚发表于 2020-7-22 11:58
博文http://sobereva.com/10中“.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法，也就是约束住 ...

all-bonds根本不牵扯pairs和angles

作者
Author: jimulation 时间: 2020-7-22 14:18

sobereva 发表于 2020-7-22 13:55
“用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了”没有任何可正当解释的原因，纯粹是巧合罢了
al ...

借楼，请问Sob老师，如果想要模拟分子间的氢键生成，用不用constraints=hbonds会有较大影响吗？

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-22 15:23

sobereva 发表于 2020-7-22 13:56
all-bonds根本不牵扯pairs和angles

谢谢老师指点，“top文件中的[bonds]是用谐振势表示的限制，一旦定义constraints = all-bonds [ bonds ]中所有键固定将不允许震动，选择constraints = h-bonds就将[ bonds ]中与H相连的键固定不允许震动” 不知道现在这句话是否正确。

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-22 15:27

jimulation 发表于 2020-7-22 14:18
借楼，请问Sob老师，如果想要模拟分子间的氢键生成，用不用constraints=hbonds会有较大影响吗？

想请教前辈一下，怎么确认分子间生成了氢键。根据什么分析的呢。

作者
Author: jimulation 时间: 2020-7-22 15:29

孙宝刚发表于 2020-7-22 15:27
想请教前辈一下，怎么确认分子间生成了氢键。根据什么分析的呢。

有命令的可以直接计算g_hbond

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-22 15:37

jimulation 发表于 2020-7-22 15:29
有命令的可以直接计算g_hbond

好的谢谢前辈

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-23 00:09

jimulation 发表于 2020-7-22 14:18
借楼，请问Sob老师，如果想要模拟分子间的氢键生成，用不用constraints=hbonds会有较大影响吗？

毫不影响你分析氢键

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-23 00:10

孙宝刚发表于 2020-7-22 15:23
谢谢老师指点，“top文件中的是用谐振势表示的限制，一旦定义constraints = all-bonds [ bonds ]中所有键 ...

正确

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-23 00:11

孙宝刚发表于 2020-7-22 15:27
想请教前辈一下，怎么确认分子间生成了氢键。根据什么分析的呢。

一方面是gmx hbond可以给出定量统计，另一方面可以在VMD里用H-bond的drawing method，根据你设的阈值将氢键显示出来。另外对于单帧，也可以用Multiwfn做promolecular近似的RDG或IGM分析，可以直观展现氢键作用区域

作者
Author: jimulation 时间: 2020-7-23 10:08

sobereva 发表于 2020-7-23 00:09
毫不影响你分析氢键

请问如果把含H的键约束成刚性后，原理上有没有可能影响氢键的形成呢？（比如采用刚性水和柔性水）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-24 07:46

jimulation 发表于 2020-7-23 10:08
请问如果把含H的键约束成刚性后，原理上有没有可能影响氢键的形成呢？（比如采用刚性水和柔性水）

不会有影响

作者
Author: jimulation 时间: 2020-7-25 14:22

sobereva 发表于 2020-7-24 07:46
不会有影响

谢谢Sob老师

作者
Author: 霍元甲 时间: 2022-12-6 13:44

sobereva 发表于 2020-7-23 00:10
正确

借楼，如果限制了h-bonds是让与氢有关的键都是固定的，会有什么额外的影响吗？比如蛋白质的各种极性、非极性或者芳香族、脂肪族的残基的表现会不会有什么不同？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-6 13:48

霍元甲发表于 2022-12-6 13:44
借楼，如果限制了h-bonds是让与氢有关的键都是固定的，会有什么额外的影响吗？比如蛋白质的各种极性、非 ...

对实际问题的研究没有可查觉的影响

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-12-2 21:48

sobereva 发表于 2020-7-23 00:11
一方面是gmx hbond可以给出定量统计，另一方面可以在VMD里用H-bond的drawing method，根据你设的阈值将氢 ...

sob老师，请问加了constraints=h-bonds后会对其势能项的键伸缩势能有影响吗？是否加了这个算出来的势能会小一些？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-3 00:54

liu840397562 发表于 2023-12-2 21:48
sob老师，请问加了constraints=h-bonds后会对其势能项的键伸缩势能有影响吗？是否加了这个算出来的势能会 ...

此时跟H有关的化学键的键伸缩势对势能的贡献就不存在了。总势能会更小

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-12-3 01:50
用all-bonds还是hbonds主要看力场的开发者怎么做的参数
比如Amber/charmm/opls/gromos力场开发的时候就是用的hbonds做的参数，跟H有关的力常数基本就是随便找了个值
而有些比如kbff力场，根本就没有键伸缩参数，跑MD必须allbonds，再比如gromos54a8_v1的膜参数，开发的时候明确告诉你allbonds，这些时候最好老老实实按照力场开发者的要求做

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-12-3 13:58

sobereva 发表于 2023-12-3 00:54
此时跟H有关的化学键的键伸缩势对势能的贡献就不存在了。总势能会更小

感谢老师回复，明白啦！

作者
Author: liu840397562 时间: 2023-12-3 13:59

喵星大佬发表于 2023-12-3 01:50
用all-bonds还是hbonds主要看力场的开发者怎么做的参数
比如Amber/charmm/opls/gromos力场开发的时候就是 ...

您好，请问那GAFF是否也是和Amber力场一样也是由限制H-bonds产生的呢，这个我查了好多地方没找到具体的答案

，请您赐教。

作者
Author: 肥力丝 时间: 2024-6-3 23:06

sobereva 发表于 2020-7-22 13:55
“用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了”没有任何可正当解释的原因，纯粹是巧合罢了
al ...

请问老师，我之前md的设置中constraints是all-bonds，因为系统出现lincs警告，我改成了h-bonds，请问这对结果会有什么影响吗？之前的数据还有参考价值吗，数据还可以用吗，诚盼老师的解答！！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-3 23:39

肥力丝发表于 2024-6-3 23:06
请问老师，我之前md的设置中constraints是all-bonds，因为系统出现lincs警告，我改成了h-bonds，请问这对 ...

本来就不应该用all-bonds，论坛里我说过很多次，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt也说了：

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