计算化学公社

标题: BURAI建模中原子固定的问题求助 [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-22 11:49
标题: BURAI建模中原子固定的问题求助
老师，您好

      1. 使用BURAI搭建模型时，选择SCF计算后，会自动选择固定原子，请问怎样查看哪些原子发生了固定呢？我在BRUAI的图形界面中也看不到对应的原子序号
      2. 之前有老师建议使用vaspkit来进行原子的固定，如果是这样就得把pw.x文件转换成poscar文件，由于在pw.x中已经有部分原子被固定了，是不是在转换前得取消这些原子的固定，然后再进行转换？
      3.请问pw.x转成poscar，请问有什么推荐的程序吗？

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-7-22 13:29
好像是坐标旁边有“0”的就是固定的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-22 13:47
PWscf计算干嘛鼓捣poscar，完全没意义
直接自己在输入文件里设置冻结就完了。参考https://lists.quantum-espresso.o ... 006-May/004215.html

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-22 14:33
1、BURAI里面可以预览输入文件，原子坐标右侧为0 0 0的就是被固定的。
2、如果你是要用QE计算，固定的事情BURAI处理的更方便，完全没必要折腾到VASP的格式上。
3、BURAI中双击一个原子就能使得原子处于选中状态，你可以连续选择很多原子，右键中菜单若为“Let selected atoms be MOBILE”意味着这些原子全部被固定，若为“Let selected atoms be FIXED”则为全部都未被固定，如果两个选项都有意味着有些被固定了有些没被固定。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-22 16:13
谢谢各位老师，我知道怎么操作了，

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-22 19:01

卡开发发发表于 2020-7-22 14:33
1、BURAI里面可以预览输入文件，原子坐标右侧为0 0 0的就是被固定的。
2、如果你是要用QE计算，固定的事情 ...

老师，我知道vc-relax 是变胞优化而relax是保持晶胞体积不变，进行晶胞优化是一切计算的基础，请问这两者怎么选择呢？算哪些参数的时候需要变胞优化，哪些又需要保持体积不变呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-22 19:26

风飞发表于 2020-7-22 19:01
老师，我知道vc-relax 是变胞优化而relax是保持晶胞体积不变，进行晶胞优化是一切计算的基础，请问这两者 ...

一般我们需要确定晶格参数的时候，比如我们要得到一个理论上晶格参数的最优值，那就需要。比如三维的块体结构、二维的薄层、一维的线状结构等，具体优化哪些维度可以参考cell_dofree关键字。对气体分子、团簇本来没有周期性的，我们要用足够大的真空来隔开，让周期镜像上相互作用尽可能小，这种情况不必优化晶格；另外表面的计算我们认为表面还是近似维持着接近于块体的晶格尺寸；这些固定边界的原因主要还是因为很多情况下分子间或表面间的作用是呈现吸引的，不进行固定可能会导致真空层塌掉或者stress或force根本收敛不了。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-22 19:55
本帖最后由风飞于 2020-7-22 20:03 编辑

卡开发发发表于 2020-7-22 19:26
一般我们需要确定晶格参数的时候，比如我们要得到一个理论上晶格参数的最优值，那就需要。比如三维的块体 ...

谢谢老师，您说的cell_dofree 关键字，我正在查，网有些慢，我大概总结了您的意思：
1. 对于三维的块体结构、二维的薄层、一维的线状结构等需要变胞优化--------vc-relax 优化
2. 对于气体分子、团簇本来没有周期性的，我们就可以保持其体积不变进行优化-----relax优化
3. 对于我们常用的晶体表面吸附计算也需要保持其体积不变进行优化-------------------relax优化

请问我这样的理解对吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-22 20:29

风飞发表于 2020-7-22 19:55
谢谢老师，您说的cell_dofree 关键字，我正在查，网有些慢，我大概总结了您的意思：
1. 对 ...

严格来说是体积不变形状也不变。固定体积的情况形状也允许变化，比如拟合EOS的情况需要恒定体积，但晶胞的形状原则上还是应该优化的。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-22 22:12
本帖最后由风飞于 2020-7-22 22:14 编辑

卡开发发发表于 2020-7-22 20:29
严格来说是体积不变形状也不变。固定体积的情况形状也允许变化，比如拟合EOS的情况需要恒定体积，但晶胞 ...

嗯，好的谢谢老师，还有一个疑问
1. 在使用BURAI建立超胞模型的时候，当width cell 为1的时候，感觉晶胞的层数有些多，于是我把这个改成了0.75 ，现在有4层原子，请问可以吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 69)
2. 此外，在此处有个Area scaling的选项，我选择2*2*1 如下图，未超胞，感觉这个表面很大了，是不是就可以不用进行超胞了呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 68)
3.另外，我先在Area scaling 为1*1*1 的基础上，进行2*2*1超胞，结果如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 69)
4请问我们在计算了表面吸附的时候，是选择序号2呢？还是序号3呢？

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-22 22:25

卡开发发发表于 2020-7-22 20:29
严格来说是体积不变形状也不变。固定体积的情况形状也允许变化，比如拟合EOS的情况需要恒定体积，但晶胞 ...

使用BURAI建模得出的输入文件，使用K点，默认用的是 K_POINTS {gamma} ，请问我们在进行优化的时候是否需要对其进行指定呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-22 22:31
本帖最后由卡开发发于 2020-7-22 22:41 编辑

风飞发表于 2020-7-22 22:25
使用BURAI建模得出的输入文件，使用K点，默认用的是 K_POINTS {gamma} ，请问我们在进行优化的时候 ...

原则上应该进行修改，不过也得看你的体系，比如晶格特别大，而且也不是金属，可能去gamma就行。
模型上我觉得要看计量比以及暴露的终端。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-22 22:55
本帖最后由风飞于 2020-7-22 23:01 编辑

卡开发发发表于 2020-7-22 22:31
原则上应该进行修改，不过也得看你的体系，比如晶格特别大，而且也不是金属，可能去gamma就行。
模型上 ...

1. 我的体系是MgAl2O4，属于面心晶胞 FD-3M系，晶格常数是8.0831，请问使用gamma 可以吗？
2. 您的意思是，不管采用什么方式建模，着重关注计量比和终端，条条大路通罗马，只要计量比和终端一样，怎样建模都可以是吗？当然还得考虑计算机是否算的动
3，使用BURAI搭建了一个晶胞的表面，然后在其表面增加一个分子，例如苯，我试了一下，不可以用复制粘贴的方法，只能一个一个的添加原子，在连成一个苯，可以这样搭出的苯构型很不好，请问老师是否有其他简单的方式呢?

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-23 00:38

风飞发表于 2020-7-22 22:55
1. 我的体系是MgAl2O4，属于面心晶胞 FD-3M系，晶格常数是8.0831，请问使用gamma 可以吗？
2. 您的意 ...

1、这个不能用经验去说，建议还是做一下收敛性测试，收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得，这样在构型优化的时候才能比较稳定地进行。
2、保证计量比，足够的层高，以及调整到你需要研究的终端，在这个基础上，最终原子数、原子坐标、晶格参数一样，你通过何种方式操作都无所谓。
3、BURAI建模很一般，只是提供一个选择的参考，你可以通过其他程序建模，存成cif，然后用BURAI打开设置参数，岂不美哉？或者一部分也可以文本编辑，这方面完全可以灵活一些。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-23 00:54

卡开发发发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说，建议还是做一下收敛性测试，收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得，这 ...

嗯，好的，谢谢老师

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-23 03:28

卡开发发发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说，建议还是做一下收敛性测试，收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得，这 ...

那请问老师您推荐的建模软件是？

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-29 03:00
本帖最后由风飞于 2020-7-29 07:54 编辑

卡开发发发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说，建议还是做一下收敛性测试，收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得，这 ...

老师，您好，

               请问截断能测试和k点测试可以用primitive cell吗？

               此外,MS可以自动生成K点，对于相同物质和结构，使用QE计算时，是否可以借用MS产生的K点呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-29 07:27

风飞发表于 2020-7-29 03:00
老师，您好，请问截断能测试和k点测试可以用primitive cell吗？此外,MS可以自动生成K ...

1、可以。
2、MS的k-path好像并不太好。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-7-29 08:29

卡开发发发表于 2020-7-29 07:27
1、可以。
2、MS的k-path好像并不太好。

老师，请问截断能测试和K点测试是在relax下进行还是vc-relax下进行呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-29 10:39

风飞发表于 2020-7-29 08:29
老师，请问截断能测试和K点测试是在relax下进行还是vc-relax下进行呢？

scf

作者
Author: 一束光 时间: 2021-4-15 15:44

风飞发表于 2020-7-22 22:12
嗯，好的谢谢老师，还有一个疑问
1. 在使用BURAI建立超胞模型的时候，当width cell 为1的时候，感觉晶 ...

您好，我也是个计算化学的初学者，最近在学着使用burai，我看我的体系跟您很像，请问MgAl2O4的超胞您计算大概需要多久啊？

作者
Author: 安然 时间: 2021-4-16 10:55
本帖最后由安然于 2021-4-16 19:54 编辑

一束光发表于 2021-4-15 15:44
您好，我也是个计算化学的初学者，最近在学着使用burai，我看我的体系跟您很像，请问MgAl2O4的超胞您计算 ...

这个和你的计算机配置和计算参数有关

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