计算化学公社

标题: 请教gromacs跑交联结构的建模问题 [打印本页]

作者
Author: Minnie 时间: 2020-7-22 15:00
标题: 请教gromacs跑交联结构的建模问题
新入门gromacs不太会建模，请问我在MS中交联好的结构可以直接导出PDB，然后用GMX跑吗？
如果可以，有一个问题就是我在ms中得到的结构，有个别交联剂是跨周期显示的（如图），这样有问题吗？需要做什么样的处理吗？
。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-22 18:23
在gmx里跑关键是你得能得到与之对应的分子的itp文件，能得到就能跑
跨周期的比较麻烦。你可以先构造分子单体，然后用packmol建盒子，这样分子都在盒子里面。

作者
Author: Minnie 时间: 2020-7-23 00:32

sobereva 发表于 2020-7-22 18:23
在gmx里跑关键是你得能得到与之对应的分子的itp文件，能得到就能跑
跨周期的比较麻烦。你可以先构造分子单 ...

谢谢老师解答，是我想的太简单了。
想再次请问老师，我做的聚合物晶胞里大概有3000原子（由一种重复单元构成，即AAAA...），力场OPLSAA，用什么方法能够比较好的转化或者构建成拓扑文件呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-23 00:35

Minnie 发表于 2020-7-23 00:32
谢谢老师解答，是我想的太简单了。
想再次请问老师，我做的聚合物晶胞里大概有3000原子（由一种重复单元 ...

pdb2gmx即可。公社论坛首页google框搜索 pdb2gmx 聚合物就能搜到，之前论坛里有很多讨论。

作者
Author: Minnie 时间: 2020-7-23 02:44

sobereva 发表于 2020-7-23 00:35
pdb2gmx即可。公社论坛首页google框搜索 pdb2gmx 聚合物就能搜到，之前论坛里有很多讨论。

谢谢老师，我再好好看看

作者
Author: cgy 时间: 2024-7-26 20:09
您好，请问您最后怎么产生的itp文件，谢谢您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)