计算化学公社

标题: g09+xtb使用GBSA出错 [打印本页]

作者
Author: ArchieMiao 时间: 2020-7-22 17:23
标题: g09+xtb使用GBSA出错
我在优化一个小的有机分子的过渡态，都是按照 http://sobereva.com/421 博文来做的。gjf文件中具体写法为：
#p UGBS opt(ts,calcall,noeigen,nomicro) external='./xtb.sh'
没有溶剂时可以正常运行。

在xtb.sh 脚本中采用water时的输入为， xtb mol.xyz --chrg $charge --uhf $uhf --hess --grad --gbsa water > xtbout
只是添加了--gbsa water。 xtb.sh 中对应的4行都做了修改。
错误为：Generating mol.xyz via genxyz
Running: xtb mol.xyz --chrg 1 --uhf 0 --hess --grad --gbsa water > xtbout
xtb running finished!
Extracting data from xtb outputs via extderi
Error: gradient is not existed in current folder!
xtb的版本为6.3.1-r1

这里显示gradient不存在，不知该如何办呢

请大家给予帮助，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-22 17:46
手动单独跑一下xtb带溶剂的情况看看是否能产生gradient文件。这种情况我没测试过

作者
Author: ArchieMiao 时间: 2020-7-22 18:03
         -------------------------------------------------
      |             Numerical Hessian             |
         -------------------------------------------------
step length       : 0.00500
SCC accuracy       : 0.30000
Hessian scale factor : 1.00000
frozen atoms in % : 0.00000 0
RMS gradient       : 0.00056
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (151): allocatable array is already allocated

运行  xtb aa.xyz --chrg 1 --uhf 0 --hess --grad --gbsa water
可能是GBSA不能做数值hessian吧。

文件夹下没有gradient文件

作者
Author: mutron 时间: 2020-7-22 18:15
换个xtb版本，你这个版本的下一个xtb version 6.3.2：

Bugfix: OMP parallelisation of Hessian was not working with solvation models

我用6.3.0pre没有任何问题

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-22 18:15
只是优化的话不需要--hess
没gradient大抵是bug，得问grimme

作者
Author: ArchieMiao 时间: 2020-7-22 18:20
谢谢sob、mutron，我换一个版本试试

作者
Author: ArchieMiao 时间: 2020-7-22 19:35
确实是版本的问题： xtb version 6.3.2 没有这个问题

作者
Author: naonao5205 时间: 2021-3-22 19:41
今天遇到这问题，使用6.3.2解决，使用更高或者更低的版本均有此问题。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)