计算化学公社

标题: Ubuntu和CentOS上Quantum Espresso最简单编译方法 [打印本页]

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2020-7-23 15:52
标题: Ubuntu和CentOS上Quantum Espresso最简单编译方法
本帖最后由啦啦黑还黑于 2020-7-23 16:06 编辑

Ubuntu上一条命令就行了，就不多说了。apt-get install quantum-espresso

CentOS再写详细点：CentOS下需要先下载QE和openbals的rpm文件。确保机器可以连接外网的情况下依次输入以下命令（如果服务器不能联网，在本地把两个rpm包下载下来，然后上传到服务器上）：

wget https://download-ib01.fedoraproj ... .3-2.el6.x86_64.rpm
wget https://download-ib01.fedoraproj ... .5-1.el7.x86_64.rpm
yum install openblas-serial-0.3.3-2.el6.x86_64.rpm
yum install quantum-espresso-6.5-1.el7.x86_64.rpm

这就装好了，可以直接运行 pw.x查看版本（注：每个QE的版本都有rpm包，想用啥版本就wget什么rpm文件即可

[root@localhost ~]# pw.x

   Program PWSCF v.6.5 starts on 23Jul2020 at 15:51:18

   This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
   for quantum simulation of materials; please cite
      "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
      "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 29 465901 (2017);
      URL http://www.quantum-espresso.org",
   in publications or presentations arising from this work. More details at
   http://www.quantum-espresso.org/quote

   Serial version
   Waiting for input...

最后用卢天老师提供的例子，用mpirun和OpenMP两种方式都可以并行运行通过（以下摘抄自：http://bbs.keinsci.com/thread-18600-1-1.html）：

下面对QE最关键的PWscf模块做简单测试。下载http://sobereva.com/attach/562/diamond.zip并解压，此任务是对金刚石做SCF计算。

QE是MPI和OpenMP混合方式并行的程序，实际并行核数是MPI进程数与每个下属的OpenMP线程数的乘积。

先测试纯MPI并行方式运行。进入diamond命令后，运行以下命令，使用4个MPI进程计算，每个MPI进程下属只有一个线程。
export OMP_NUM_THREADS=1
mpirun -n 4 pw.x < pwscf.in |tee pwscf.out
如果任务能正常完成，末尾显示JOB DONE，就说明已经装好了。注：如果不设置OMP_NUM_THREADS环境变量的话，机子有多少核，OpenMP就会用多少个线程。

然后再测试纯OpenMP并行方式运行。运行以下命令，将使用一个MPI进程下属4个OpenMP线程进行计算
export OMP_NUM_THREADS=4
pw.x < pwscf.in |tee pwscf.out

作者
Author: biogon 时间: 2020-7-23 16:15
cent os上貌似直接yum也是可以安装的，但是就比较慢

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-7-23 16:42

biogon 发表于 2020-7-23 16:15
cent os上貌似直接yum也是可以安装的，但是就比较慢

换个源康康？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-23 17:39

biogon 发表于 2020-7-23 16:15
cent os上貌似直接yum也是可以安装的，但是就比较慢

CentOS 7.x直接yum不了，CentOS 8.x可以直接yum install quantum-espresso，因此不用先wget一下。

顺带一提，计算类程序，如果不是编译特别麻烦的话，我倾向于自行编译，因为预编译的为了兼容性、减少库的依赖，在一些地方会打一些折扣，比如没用MKL（对QE提供scalapack和FFT），用的编译选项比较保守。

另外，QE用户最好有源代码包，因为QE的文档信息很零散，比如支持的泛函还得去看源代码包里的func.f90里的注释等等... 有源码包的话之后还可以用make epw、make w90、make gipaw等命令编译装相应的程序。

作者
Author: biogon 时间: 2020-7-23 18:04

sobereva 发表于 2020-7-23 17:39
CentOS 7.x直接yum不了，CentOS 8.x可以直接yum install quantum-espresso，因此不用先wget一下。

7.x能yum的啊，我刚给个7.4的机器yum了下，装的是qe6.5-1.el7 版本的

作者
Author: biogon 时间: 2020-7-23 18:05

冰释之川发表于 2020-7-23 16:42
换个源康康？

现在阿里云的源可以用了
速度很快

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-23 18:56

biogon 发表于 2020-7-23 18:04
7.x能yum的啊，我刚给个7.4的机器yum了下，装的是qe6.5-1.el7 版本的

如果没装epel没法直接yum

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-23 18:57
针对CentOS下通过yum安装QE，我在下文新加入了第6节做了专门说明。
Quantum ESPRESSO在Linux中的安装方法
http://sobereva.com/562（http://bbs.keinsci.com/thread-18600-1-1.html）

作者
Author: abin 时间: 2020-7-23 20:28
CentOS，
建议用此脚本先来一下。
https://github.com/iamid0/centos/blob/master/os_setup.sh

内容很杂……
也许能解决很多问题。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)