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标题: gaussian16优化脂肪酸分子报错终止 [打印本页]

作者
Author: Gloria_g 时间: 2020-7-24 16:33
标题: gaussian16优化脂肪酸分子报错终止
本帖最后由 Gloria_g 于 2020-7-24 16:58 编辑

老师们好, 本人新手, 做分子模拟之前用linux版Gaussian 16优化一个配体分子, 脂肪酸分子(C18H3202), 此脂肪酸分子时直接从chemspider下载的mol2格式.

结果Terminal报错:

============

Error: segmentation violation, address not mapped to object
rax 0000145953a82f08, rbx 0000145953a7dd08, rcx 0000145953a77d08
rdx 00000000000000c8, rsp 00007fffc239edc0, rbp 00007fffc239f470
rsi 0000145953a6dd08, rdi 0000145953a60108, r8  0000145953a82f08
r9  0000145953a6dd08, r10 0000145953a77d08, r11 0000145953a68d08
r12 0000145953a6b508, r13 0000145953a7b508, r14 0000145953a65508
r15 0000145953a80508
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x11390) [0x145d53d1a390]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0xe9dac0]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0xc15319]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x8a8fde]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x898352]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x68cccc]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x4b3efb]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x4bab4a]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x4a1b32]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x508471]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x41881e]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x40caa0]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x4038e0]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe() [0x40381d]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0) [0x145d53656840]
  /home/glj/glj/g16/l502.exe(sched_setaffinity+0xa1) [0x403729]

==================

但很奇怪的是out文件中并没有报错,最后几行是这样的,像是没有结束一样:

==========

RMSU=  4.32D-07 CP:  1.00D+00  1.11D+00  7.60D-01
E= -855.624508500363    Delta-E=    -0.000000007909 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 4.49D-06 at cycle 4 NSaved= 4.
NSaved= 4 IEnMin= 4 EnMin= -855.624508500363    IErMin= 4 ErrMin= 4.49D-06
ErrMax= 4.49D-06  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 7.63D-09 BMatP= 1.58D-08
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com: -0.112D-01 0.122D+00 0.412D+00 0.477D+00
Coeff:    -0.112D-01 0.122D+00 0.412D+00 0.477D+00
Gap=    0.247 Goal= None Shift= 0.000
RMSDP=2.44D-07 MaxDP=1.80D-05 DE=-7.91D-09 OVMax= 3.58D-05

Cycle 5  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  1.36D-07 CP:  1.00D+00  1.11D+00  8.34D-01  5.66D-01

==============

查看了Gaussian常见报错的帖子, 请问这是l502 SCF不收敛? 还是别的什么问题,请教各位老师!!

以下是泛函和基组:

******************************************
%mem=16GB
%chk=LNA.chk
%nprocshared=8
Will use up to 8 processors via shared memory.
--------------------------
#p opt b3lyp/6-31g(d) freq
--------------------------

作者
Author: ldatea 时间: 2020-7-24 19:43
本帖最后由 ldatea 于 2020-7-24 19:47 编辑

你先试试看#p opt=restart b3lyp/6-31g(d) freq scf=restart能不能继续跑。
这个不像是scf不收敛。scf不收敛指的是重复一定圈数（默认128圈）以后还是没有达到收敛限。你这个情况像意外中断，具体发生了什么我也不知道。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-24 23:50
Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？
A：有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试，对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子

另外，对于柔性长链分子，色散作用的描述明显影响优化出的构象，对于B3LYP必须带色散校正，仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

作者
Author: Gloria_g 时间: 2020-7-25 22:02

sobereva 发表于 2020-7-24 23:50
Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？
A：有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达 ...

感谢老师,果然是版本问题,之前用的是SSE4.2 版,换了AVX2版后顺利完成优化.
已经加上了色散矫正,谢谢sob老师指点!

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