计算化学公社

标题: Gaussian官网上的ONIOM教程可以用于蛋白配体计算吗？ [打印本页]

作者
Author: 李德贤 时间: 2020-7-24 21:03
标题: Gaussian官网上的ONIOM教程可以用于蛋白配体计算吗？
1、Gaussian官网的ONIOM教程（https://gaussian.com/oniom/）中的方法可以用于蛋白配体的计算吗？
2、我的体系中蛋白有300多个氨基酸，发生反应的是蛋白本身携带的一个铁卟啉和一个有机小分子，已经用amber跑过100ns了。我的设想是蛋白和水分子在底层，两个小分子（合计100原子以内）在高层，用B3LYP/6-31G(d,p):UFF计算过渡态，这样做合理吗？用一般学校的高算平台能算动吗？
3、如果不可以的话，有其他方法可以算吗？（我之前试过TAO，但因为有铁原子的存在，prep参数文件死活算不出来）
4、社长在我之前的问题中（http://bbs.keinsci.com/thread-18550-1-1.html），提到的簇模型，请问有教程可以提供下链接吗？
谢谢社长和各位老师指导

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-24 23:54
1 可以
2 不合理。蛋白应当用AMBER力场描述
3 建议用簇模型直接做活性中心的量化计算，别费劲巴拉折腾ONIOM
4 就是恰当截取团簇模型，把边界残基的alpha碳冻住，就OK了，没什么复杂的。参考J. Am. Chem. Soc., 2017, 139 (20), pp 6780–6786、FEBS Journal 282 (2015) 4703–4713里面的模型

作者
Author: 霜晨月 时间: 2020-7-27 09:06
本帖最后由霜晨月于 2020-7-28 08:17 编辑

sobereva 发表于 2020-7-24 23:54
1 可以
2 不合理。蛋白应当用AMBER力场描述
3 建议用簇模型直接做活性中心的量化计算，别费劲巴拉折腾ONI ...

话说，是不是业界很多人对簇模型有偏见或者歧视？
我前段时间用簇模型计算一个酶催化反应机理，几个审稿人建议改用QM/MM MD，其中一个还说methodology is not state-of-the-art。。。编辑连修改的机会都没给，直接拒了。
后来发在了一个档次低了一些的杂志上。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-27 09:30

霜晨月发表于 2020-7-27 09:06
话说，是不是业界很多人对簇模型有偏见或者歧视？
我前段时间用簇模型计算一个酶催化反应机理，几个审稿 ...

如果不涉及到口袋打开关闭这种，仅仅是相对固定的催化中心上反应，簇模型已经足够精确了。这时候其实QM/MM意义不大

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-28 05:36

霜晨月发表于 2020-7-27 09:06
话说，是不是业界很多人对簇模型有偏见或者歧视？
我前段时间用簇模型计算一个酶催化反应机理，几个审稿 ...

那些人有病...

作者
Author: 胡说 时间: 2021-8-4 09:49

sobereva 发表于 2020-7-24 23:54
1 可以
2 不合理。蛋白应当用AMBER力场描述
3 建议用簇模型直接做活性中心的量化计算，别费劲巴拉折腾ONI ...

老师好, 请教个问题，看了您簇模型算蛋白-配体的帖子里（http://sobereva.com/597）以及提到的文献，有个小疑问: 在使用隐式溶剂模型的时候,这两篇文章中提到介电常数都是设为4,但没有给出具体的理由, 那这样做是不是因为4更接近蛋白环境呢, 而不是直接使用水?

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