计算化学公社

标题: 求助:如何作圆形的密度分布图 [打印本页]

作者
Author:
szw236    时间: 2020-7-27 10:38
标题: 求助:如何作圆形的密度分布图
如图,xy彩色图显示了纳米管内水的密度,这是一篇文献的插图,这种图该如何去作?
作者
Author:
sobereva    时间: 2020-7-28 06:15
如果你是用GROMACS跑的,用gmx density直接就能得到

例如浸在水中的纳米管体系,垂直于纳米管方向的水的密度分布
(, 下载次数 Times of downloads: 48)

作者
Author:
szw236    时间: 2020-7-30 11:16
标题: 换了gmx的版本,问题已解决
本帖最后由 szw236 于 2020-7-30 16:37 编辑

老师,我是在win10下运行的gromacs,在转eps文件时,运行命令后,没有文件生成,结果如下:

GROMACS:      gmx xpm2ps, version 2019.3
Executable:   D:\gmx2019.3\bin\gmx.exe
Data prefix:  D:\gmx2019.3
Working dir:  E:\test\CNT_wat
Command line:
  gmx xpm2ps -f densmap.xpm -bx 5 -by 5 -rainbow blue
There is 1 matrix in densmap.xpm
Matrix 0 is 168 x 254





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