计算化学公社

标题: 请问如何计算构象熵？ [打印本页]

作者
Author: hyr95 时间: 2020-7-27 16:41
标题: 请问如何计算构象熵？
如题，请问如何计算构象熵，我看了一些文献，只有计算公式，并没有找到可用的程序，请问有什么程序可以算出来呢？

作者
Author: mol 时间: 2022-9-5 06:35
同问

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-9-5 09:14
本帖最后由冰释之川于 2022-9-5 09:21 编辑

看看Shermo软件的使用手册，里面有构象熵的介绍：http://sobereva.com/soft/shermo/ (, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: ene 时间: 2022-9-5 14:57
https://github.com/markusfleck/PARENT
支持MPI并行，速度要快很多（如果你的模拟轨迹很大，这一点就非常重要）。同时支持把构象熵分解为不同来源。

作者
Author: therotyonth 时间: 2022-9-12 15:41

ene 发表于 2022-9-5 14:57
https://github.com/markusfleck/PARENT
支持MPI并行，速度要快很多（如果你的模拟轨迹很大，这一点就非常 ...

支持amber的输出轨迹文件不？要是支持的话就完美了

作者
Author: ene 时间: 2022-9-12 16:53

therotyonth 发表于 2022-9-12 15:41
支持amber的输出轨迹文件不？要是支持的话就完美了

支持gmx xtc格式。你可以用cpptraj转换一下。

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