计算化学公社

标题: 求助，在Amber模拟中控制两体系水盒子数目相同 [打印本页]

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-7-27 23:59
标题: 求助，在Amber模拟中控制两体系水盒子数目相同
背景介绍：
目前在分子对接后想用Amber做一下能量最小化来粗略比较对接结果哪个更好
但比较结果后发现能量的差异大多来自水盒子中水分子数目的不同导致

因为对接的小分子过于巨大（> 170 atom）所以在autodock中无法使用全柔性对接，半柔性对接的结果我又怕是局部最优解想做一下想做一下minimization

目前问题:
（1）将tleap之后的结果保存为pdb
（2）按照（比如我要10000个水分子，实际TIP3PBOX中有10400个，就需要删除400个）多出的部分，在最尾端删除对应数目的水分子数
（3）重新tleap，此时不再添加水盒子（不使用solvateoct）可以获得top和crd输出
（4）进行amber能量最小化计算，报错：
| ERROR: Box parameters not found in inpcrd file!

PS：对于对接结果的进一步的优化和判断是否有更好的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-28 06:00
靠能量极小化判断这个意义不大。光从能量极小化之后的能量来对比，还不如多数对接程序给的打分函数判断来得靠谱。
应该跑MD，然后做MMPBSA

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2020-7-30 10:35
本帖最后由 DoubeeTwT 于 2020-7-30 10:39 编辑

sobereva 发表于 2020-7-28 06:00
靠能量极小化判断这个意义不大。光从能量极小化之后的能量来对比，还不如多数对接程序给的打分函数判断来得 ...

好的，谢谢Sob老师原本的实验计划是用Minimization粗略筛选一遍再用MMPDBSA计算
那现在就不需要初筛了，直接上MMPBSA

顺便再问一下老师：
之前我做MMPBSA时发现，并列实验时计算得到的结合自由能会有上下 10Kcal/mol左右的波动
那我一次用多长时间的模拟做MMPBSA，并行几次取均值比较可信？（目前是 50ns x 3）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-31 01:28

DoubeeTwT 发表于 2020-7-30 10:35
好的，谢谢Sob老师原本的实验计划是用Minimization粗略筛选一遍再用MMPDBSA计算
那现在就不需要初筛了， ...

没必要分别做几次取平均，直接跑一条较长的轨迹取平均就够了

作者
Author: 洁洁lili 时间: 2021-11-4 17:54

sobereva 发表于 2020-7-28 06:00
靠能量极小化判断这个意义不大。光从能量极小化之后的能量来对比，还不如多数对接程序给的打分函数判断来得 ...

老师，请问您知道如何控制两个体系的水分子量一样嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 22:16

洁洁lili 发表于 2021-11-4 17:54
老师，请问您知道如何控制两个体系的水分子量一样嘛？

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 洁洁lili 时间: 2021-11-8 10:22

sobereva 发表于 2021-11-4 22:16
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http: ...

老师不好意思。描述的过于草率。
我再描述一下：
最近我在准备用amber跑靶向分子动力学，但是要求始态与终态的分子量一致
但是amber是直接用以半径加水盒子的，所以准备好的文件显示水分子的数量是不一致的
请问有没有办法可以加入同等数量的水分子呢？
（我导出了pdb文件，直接删除了一定数量的水分子，然后重新准备不加水盒子，但是会报error）
有网友给我推荐Solvate.sh这个处理，我准备去试试，非常感谢老师的回复！

作者
Author: 化学饼干 时间: 2022-12-19 08:56

洁洁lili 发表于 2021-11-8 10:22
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可以用cpptraj的parmstrip删除Amber topology file里面的residue number的xxx的水，选择residue的语法和Amber input file里面的一样：
parm protein_solv.prmtop
parmstrip :xxx
parmwrite out protein_solv.truncated.parm7
再用strip删除coordinate file里面对应的水：
parm protein_solv.prmtop
trajin protein_solv.inpcrd
strip :xxx,xxx,xxx-xxx
trajout protein_solv.truncated.ncrst
最后用protein_solv.truncated.parm7和protein_solv.truncated.ncrst作为输入文件跑MD就行了。
pdb文件格式里没法存储周期性溶剂盒子的相关信息，所以就算可以手动删除pdb里面的水，pdb文件也没法用作Amber输入文件。

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