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标题: 液液两相体系NPT系综压力问题 [打印本页]

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-28 14:32
标题: 液液两相体系NPT系综压力问题
我对液液两相体系做的NPT系综的npt.mdp文件如下设置压力为1bar（保持xy面积不变）。进行了1ns模拟，但是最终pressure.xvg显示压力在-500左右，这是什么原因请老师指点。

title                = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define  = -DPOSRES_58C0AND
; Run parameters
integrator             = md
nsteps                = 1000000
dt                   = 0.001
; Output control
nstxout                = 500
nstvout                = 500
nstenergy             = 500
nstlog                = 500
; Bond parameters
continuation          = no
constraint_algorithm = shake
constraints          = h-bonds
lincs_iter             = 1
lincs_order          = 4
; Nonbonded settings
cutoff-scheme          = Verlet
ns_type                = grid
nstlist                = 10
rcoulomb             = 1.0
rvdw                   = 1.0
DispCorr             = EnerPres
; Electrostatics
coulombtype          = PME
pme_order             = 4
fourierspacing       = 0.16
; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale
tc-grps                = system
tau_t                = 0.1
ref_t                = 300
; Pressure coupling is on
pcoupl                = Berendsen
pcoupltype             = semiisotropic
tau_p                = 10
ref_p                = 1.0 1.0
compressibility       = 0  4.5e-10
refcoord_scaling       = com
; Periodic boundary conditions
pbc                   = xyz
; Velocity generatio
gen_vel                = no

作者
Author: loading 时间: 2020-7-28 17:04
我也做过保持xy方向大小不变，在z方向用npt压缩到合理密度。
我觉得你可以分别输出xyz三个方向的压力看一下。因为限制了xy方向，可能x和y方向没有压缩到位，也就是说x和y方向的压力不一定会接近1bar，可能是某负值。但是z方向会接近1bar，而三个方向压力取平均的结果就是你现在看到的-500。
另外我发现，保持xy方向不变，z方向用npt压缩的时候，往往体系得不到实际的合理密度，总觉得限制两个方向的npt这个方式不是很合理，期待大佬解答

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-7-28 18:07

loading 发表于 2020-7-28 17:04
我也做过保持xy方向大小不变，在z方向用npt压缩到合理密度。
我觉得你可以分别输出xyz三个方向的压力看一 ...

找到原因了，z方向压缩系数不知道怎么设成4.5e-10了，导致盒子不压缩P保持不变，相当于做了个NVT

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