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标题: 求助Gromacs的氢键判断标准和Ligplot+的不同点 [打印本页]

作者
Author: yogurt 时间: 2020-7-28 19:24
标题: 求助Gromacs的氢键判断标准和Ligplot+的不同点
本帖最后由 yogurt 于 2020-7-30 22:43 编辑

请问老师，我找到了Gromacs的氢键判断标准是 (, 下载次数 Times of downloads: 30) (, 下载次数 Times of downloads: 25) 。然后我使用LigPlot+想可视化，在Edit里面有Runtime parameters可以设定氢键的判断标准，但是确是限定两个距离参数，所以不知道怎么设定成和Gromacs一样的判断标准， (, 下载次数 Times of downloads: 37) 。还有后面的非键作用的参数有没有相应的论文，不知道这个参数是否适合我的蛋白质体系。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-28 22:34
根据中学的几何知识就能算出来

作者
Author: yogurt 时间: 2020-7-29 00:09
(, 下载次数 Times of downloads: 32) 老师，Gromacs中规定的maximum donor-acceptor distances 也就是这里的R是0.35nm，现在我想求maximum hydrogen-acceptor，也就是r，可是d是固定的么？一直都是1？不然的话，怎么求出最大的H-A距离？

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-7-29 08:48
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-7-29 08:50 编辑

认真阅读原始文献J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 2778–2786，该文章引用的HBPLUS那篇文献J. Mol. Biol. 1994, 238, 777–793上面介绍的非常详细清楚怎么确定氢键。

作者
Author: yogurt 时间: 2020-7-29 15:42
(, 下载次数 Times of downloads: 32) 文献里我只找到这么一句，感觉没法算出来我需要的东西，这就是HBPLUS给出的准则，但是我是想根据Gromacs的30度和0.35nm推出H-A的最大距离，HBPLUS里面的距离和我计算H-A距离没什么关系的。

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