计算化学公社

标题: 去掉周期性后化学性质还一样吗 [打印本页]

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-7-29 09:47
标题: 去掉周期性后化学性质还一样吗
我的离子晶体晶胞，make p1后导出pdb之后就剩下1/4了，和去晶胞之后的一样，这两者的物理和化学性质一样吗？我可以直接用去晶胞后的单体来建模嘛

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-29 12:15
周期性没有变，只是消除了对称性。晶体本身完全没有变化，是显示的问题。可以直接用来建模

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-7-29 16:17

Lacrimosa 发表于 2020-7-29 12:15
周期性没有变，只是消除了对称性。晶体本身完全没有变化，是显示的问题。可以直接用来建模

Make P1之后MS显示的是完整的，一旦导出来就剩1/4了，是不是导出pdb后周期性就消失了。再把pdb放到VMD中，晶格也是没有的，是不是就不能称之为晶体了。如果我想导出的pdb保留原来的晶格和周期性要咋操作呢。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-30 08:45

WB1040720479 发表于 2020-7-29 16:17
Make P1之后MS显示的是完整的，一旦导出来就剩1/4了，是不是导出pdb后周期性就消失了。再把pdb放到VMD中 ...

make p1只是去掉对称性，一些原子不被显示而已，而周期性仍然存在。去掉周期性边界相当于把选定的部分从无限重复的晶格中挖出来，边界的相互作用（如化键或者一些弱作用被打破），此时可能会多出一些未配对的电子等，化学环境就变了。当然，对于电子足够局域的体系，如果挖取的团簇足够大，团簇中间区域还是能够接近周期性的块体性质的。但是，边界切断的部分以及怎样才算足够大，这个牵扯到的问题就比较多了。

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-7-30 19:31

卡开发发发表于 2020-7-30 08:45
make p1只是去掉对称性，一些原子不被显示而已，而周期性仍然存在。去掉周期性边界相当于把选定的部分从 ...

那ms导出的pdb文件放到vmd里是不是周期性就消失了呀

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-30 19:51

WB1040720479 发表于 2020-7-30 19:31
那ms导出的pdb文件放到vmd里是不是周期性就消失了呀

是的。

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-7-31 09:03

卡开发发发表于 2020-7-30 19:51
是的。

导出后化学性质有没有变化呢，例如离子晶体，pdb里面好像离子键是没有体现的，要怎么加入呢，还是当作游离的离子就行

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-7-31 12:14

WB1040720479 发表于 2020-7-31 09:03
导出后化学性质有没有变化呢，例如离子晶体，pdb里面好像离子键是没有体现的，要怎么加入呢，还是当作游 ...

键是否被显示出来只是显示而已，这个无所谓。http://sobereva.com/414

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-7-31 15:01

卡开发发发表于 2020-7-31 12:14
键是否被显示出来只是显示而已，这个无所谓。http://sobereva.com/414

好的呢，我先仔细学习一下，万分感谢！

作者
Author: zll 时间: 2021-10-25 17:23

卡开发发发表于 2020-7-30 19:51
是的。

你好，我想问一下，我想在pdb文件里保留周期性，应该怎么设置呢

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