计算化学公社

标题: 求助，伞状取样，setupUmbrella.py脚本，提示出错 [打印本页]

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-7-29 11:25
标题: 求助，伞状取样，setupUmbrella.py脚本，提示出错
伞状取样，setupUmbrella.py脚本，提示出错。./setupUmbrella.py summary_distances.dat 0.2 run-umbrella.sh &> caught-output.txt
一运行，就提示错误：
File "./setupUmbrella.py", line 156
print "Creating frame-specific output for files:"
^
SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print("Creating frame-specific output for files:")?

这个怎么解决

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-7-29 11:56
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-7-29 11:58 编辑

默认使用python2；或者更改一下脚本中的所有print部分，加上括号，然后还要把61行的keys.sort()改成keys = sorted(keys)。附件中我帮你改成了python3的了。

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2020-7-29 14:35

liuyuje714 发表于 2020-7-29 11:56
默认使用python2；或者更改一下脚本中的所有print部分，加上括号，然后还要把61行的keys.sort()改成keys = ...

非常感谢

作者
Author: sun666 时间: 2021-5-30 17:33
我的依然报错如下，Creating frame-specific output for files:
run-umbrella.sh
Traceback (most recent call last):
  File "./setupUmbrella.py", line 182, in <module>
out = main()
  File "./setupUmbrella.py", line 161, in main
createOutputFile(t,frame,search_string="XXX")
  File "./setupUmbrella.py", line 110, in createOutputFile
answer = raw_input("%s exists!  Overwrite (y|n)?" % out_file)
NameError: name 'raw_input' is not defined
请问怎么解决呢

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2021-7-14 11:04

sun666 发表于 2021-5-30 17:33
我的依然报错如下，Creating frame-specific output for files:
run-umbrella.sh
Traceback (most recent ...

放到linux下还出错吗？还粗错，你就dos2unix下

作者
Author: HAOYUANJI 时间: 2023-11-30 12:43

wgg1181543722 发表于 2021-7-14 11:04
放到linux下还出错吗？还粗错，你就dos2unix下

还是有问题

Traceback (most recent call last):
  File "setupUmbrella.py", line 182, in <module>
out = main()
  File "setupUmbrella.py", line 150, in main
distance_table = readDistanceFile(distance_file)
  File "setupUmbrella.py", line 49, in readDistanceFile
value = float(columns[1])
IndexError: list index out of range
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