计算化学公社

标题: 求助：去质子化的分子，MD模拟前结构优化的问题 [打印本页]

作者
Author: huangfuxin 时间: 2020-7-29 11:52
标题: 求助：去质子化的分子，MD模拟前结构优化的问题
一个100左右分子量包含-COOH的有机分子体系（简写：R-COOH），模拟中要求-COOH是去质子化的。我想请教一下，我做MD模拟前，是优化R-COOH体系做之后删H质子，还是直接优化R-COO-呢

（我看的文献只提到了优化R-COOH，所以不太肯定，前来请教）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-30 00:36
搞计算化学的人不要说分子量，要说原子数
如果你说的优化是指基于力场的能量极小化，显然应当和MD状态一致，即对于去质子化的结构来做

作者
Author: huangfuxin 时间: 2020-7-30 14:54

sobereva 发表于 2020-7-30 00:36
搞计算化学的人不要说分子量，要说原子数
如果你说的优化是指基于力场的能量极小化，显然应当和MD状态一致 ...

谢谢老师，学习了

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