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标题: 用msi2lmp命令转换.data文件遇见的问题 [打印本页]

作者
Author: 江湖采花贼 时间: 2020-7-29 11:55
标题: 用msi2lmp命令转换.data文件遇见的问题
最近刚开始学lammps，希望各位大神不吝赐教
我用ms将并五苯的cif文件转化为.car文件和.mdf文件，其中保存的力场为dreiding，在lammps用 msi2lmp.exe PENCEN11 -p 2 -c 1 -f ../frc_files/cvff -i 命令进行转换，在屏幕上显示：
Get force field parameters for this system
Trying Atom Equivalences if needed
Unable to find mass for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find vdw data for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find bond data for xx xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find angle data for xx xx xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find torsion data for xx xx xx xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find equivalent type for xx
Unable to find oop data for xx xx xx xx
请问这是由于啥原因引起的？应该怎么解决？跪谢大佬！

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-29 13:21
MS的forcite模块有pcff力场呀，直接保存为pcff然后再试试

作者
Author: naoki 时间: 2020-7-29 15:43
你MS输出的力场是dreiding，你写的“msi2lmp.exe PENCEN11 -p 2 -c 1 -f ../frc_files/cvff -i”是输出cvff力场的data，所以会报错。你可以MS输出cvff或pcff，用msi2lmps的时后选择对力场再试试。

作者
Author: 江湖采花贼 时间: 2020-7-29 16:32

Lacrimosa 发表于 2020-7-29 13:21
MS的forcite模块有pcff力场呀，直接保存为pcff然后再试试

谢谢您的解答，按照您的建议弄了一下，提示结果还是一样的，我怀疑可能是car文件的问题
，C1    1.237918250 -0.662966777 -0.112419795 XXXX 1    xx    C 0.000
C2    0.782132640 -0.323816705 1.162697880 XXXX 1    xx    C 0.000
C3    1.491184900 -0.604955329 2.336175740 XXXX 1    xx    C 0.000
C4    1.003089644 -0.247333986 3.588193458 XXXX 1    xx    C 0.000
C5    1.759503849 -0.528476458 4.786311273 XXXX 1    xx    C 0.000
C6    1.295006540 -0.175975650 5.995209069 XXXX 1    xx    C 0.000
C7    0.019300569 0.490122053 6.123028836 XXXX 1    xx    C 0.000
C8    -0.713935332 0.774906367 5.012690860 XXXX 1    xx    C 0.000
C9    -0.258659460 0.431443553 3.689833272 XXXX 1    xx    C 0.000
他里面有很多‘xx’，我觉得可能是这个造成的，所以我想再问一下‘xxx’该怎么处理呢，谢谢

作者
Author: 江湖采花贼 时间: 2020-7-29 16:43

naoki 发表于 2020-7-29 15:43
你MS输出的力场是dreiding，你写的“msi2lmp.exe PENCEN11 -p 2 -c 1 -f ../frc_files/cvff -i”是输出cvff ...

你好，我得出的结果报错和之前的一样，我还想问一下如果我想用的力场就是drieding ，lammps里面没有该力场库，该怎么处理？谢谢你的回复

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-30 10:55

江湖采花贼发表于 2020-7-29 16:32
谢谢您的解答，按照您的建议弄了一下，提示结果还是一样的，我怀疑可能是car文件的问题
，C1 1.2 ...

这说明MS没有给这些原子匹配到原子类型

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-7-30 11:08

Lacrimosa 发表于 2020-7-30 10:55
这说明MS没有给这些原子匹配到原子类型

分子不是很大用moltemplate就可以，原子类型，电荷等参数需要你自己填写进去。

作者
Author: cdcdcd 时间: 2020-10-27 17:38

江湖采花贼发表于 2020-7-29 16:32
谢谢您的解答，按照您的建议弄了一下，提示结果还是一样的，我怀疑可能是car文件的问题
，C1 1.2 ...

你把XX改成c试试

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