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标题: CO2的EPM2模型参数如何加到itp文件中？ [打印本页]
作者
Author: 五支折断的箭    时间: 2020-7-29 22:32
标题: CO2的EPM2模型参数如何加到itp文件中？
各位前辈好，我打算使用GROMOS54A7力场进行两相体系（CO2/水，蛋白在水相中）的模拟，我看到的参考文献中使用的CO2的模型为EPM2,所以想向前辈请教一下如何将EPM2模型的参数加到itp文件中？itp文件我是从ATB中下载的。
感谢！

作者
Author: sobereva    时间: 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp
(, 下载次数 Times of downloads: 375)
作者
Author: 五支折断的箭    时间: 2020-7-30 09:01
sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

好的，感谢老师
作者
Author: haoxil    时间: 2020-10-29 10:05
五支折断的箭 发表于 2020-7-30 09:01
好的，感谢老师

你好,请问能把参考文献的 DOI告诉我么,谢谢
作者
Author: sobereva    时间: 2020-11-1 13:36
haoxil 发表于 2020-10-29 10:05
你好,请问能把参考文献的 DOI告诉我么,谢谢

你拿Google学术搜索去搜截图里的原话就能找到原文
作者
Author: dimog    时间: 2020-11-30 12:45
sobereva 发表于 2020-11-1 13:36
你拿Google学术搜索去搜截图里的原话就能找到原文

请问epm2模型如何得到oplsaa力场中的二氧化碳itp呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2020-11-30 12:51
dimog 发表于 2020-11-30 12:45
请问epm2模型如何得到oplsaa力场中的二氧化碳itp呢？

语义不明
EPM2本身自身就定义了范德华参数，和OPLS-AA没直接关系
作者
Author: dimog    时间: 2020-11-30 13:02
sobereva 发表于 2020-11-30 12:51
语义不明
EPM2本身自身就定义了范德华参数，和OPLS-AA没直接关系

抱歉，没说清楚问题。gmx初学者，想在oplsaa力场下模拟CO2在某溶液中的扩散系数，起初尝试用网站生成oplsaa下的CO2.itp文件，但是发现无法得到C的原子类型。查阅文献发现大多用EPM2模型来描述CO2，文献里有CO2相关的一下参数，如楼上同学所展示的，但是不知道如何把这些参数整合到CO2的itp文件中（在oplsaa力场下）
作者
Author: sobereva    时间: 2020-12-1 16:29
dimog 发表于 2020-11-30 13:02
抱歉，没说清楚问题。gmx初学者，想在oplsaa力场下模拟CO2在某溶液中的扩散系数，起初尝试用网站生成opls ...

把我的itp文件恰当include到主top文件
作者
Author: xjp1127721434    时间: 2021-4-10 20:40
本帖最后由 xjp1127721434 于 2021-4-10 23:11 编辑
sobereva 发表于 2020-12-1 16:29
把我的itp文件恰当include到主top文件

请教一下sob老师，我也在做opls-aa力场下模拟co2。用orca优化完CO2分子后，将产生的fake.out文件在ms中打开，然后导出为pdb格式，用packmol生成CO2体系的盒子。然后这样写的top文件和mdp文件，运行的时候会出现图3的问题，但最后能量最小化也成功了，请问老师这样会对模拟结果有影响嘛？我量了一下优化后的CO2分子，C-O键长为1.16埃，这个键长会自动调整到itp文件里限制的0.1149nm嘛。另外还想请教一下sob老师，计算超临界CO2的时候，eq.mdp文件这样设置可以嘛，计算出来密度只有300多kg/m3，但文献里面是800多，这种情况只能慢慢调参数嘛，改一改控温控压方法、步长等。
作者
Author: sobereva    时间: 2021-4-12 09:12
跑MD的时候出现这么多LINCS warning显然不行

M$根本不可能打开ORCA的输出文件

事先做CO2分子的优化都没必要。如果开了约束，MD跑起来后键长自动保持为平衡键长了

跑超临界CO2应当用NVT，而不是NPT。想模拟什么密度的情况，在特定大小的盒子里就用packmol塞多少分子
作者
Author: xjp1127721434    时间: 2021-4-13 16:13
sobereva 发表于 2021-4-12 09:12
跑MD的时候出现这么多LINCS warning显然不行

M$根本不可能打开ORCA的输出文件

好的，谢谢sob老师。那如果想考察不同压力下，超临界CO2对沥青质分子作用的话，也是根据实验下的密度做NVT就好了嘛？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-4-14 07:15
xjp1127721434 发表于 2021-4-13 16:13
好的，谢谢sob老师。那如果想考察不同压力下，超临界CO2对沥青质分子作用的话，也是根据实验下的密度做NV ...

是
作者
Author: xjp1127721434    时间: 2021-4-14 14:56
sobereva 发表于 2021-4-14 07:15
是

好嘞，谢谢sob老师
作者
Author: narroto    时间: 2021-6-23 16:21
sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

老师有没有基于oplss-aa的臭氧O3的itp，学生刚入门，困扰好长时间了
作者
Author: sobereva    时间: 2021-6-23 16:59
narroto 发表于 2021-6-23 16:21
老师有没有基于oplss-aa的臭氧O3的itp，学生刚入门，困扰好长时间了

google搜O3的动力学模拟文章，肯定能找到参数
作者
Author: xjp1127721434    时间: 2021-7-12 22:25
sobereva 发表于 2020-12-1 16:29
把我的itp文件恰当include到主top文件

请问sob老师，跑动力学的时候，在mdp里面要怎样设置constraints来约束CO2的键长和键角呀
作者
Author: sobereva    时间: 2021-7-13 14:12
xjp1127721434 发表于 2021-7-12 22:25
请问sob老师，跑动力学的时候，在mdp里面要怎样设置constraints来约束CO2的键长和键角呀

all-bonds
但这会把体系里所有键都约束，而不限于CO2

只约束CO2需要改CO2的[moleculetype]
作者
Author: xjp1127721434    时间: 2021-7-15 21:12
sobereva 发表于 2021-7-13 14:12
all-bonds
但这会把体系里所有键都约束，而不限于CO2

谢谢sob老师
作者
Author: 牧生    时间: 2021-8-30 11:34
本帖最后由 牧生 于 2021-8-30 11:42 编辑
sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp
请教一下，2楼这个基于EPM2参数的CO2的itp有对应的使用力场吗？
如果模拟二氧化碳和水溶液的混合体系，希望使用amber力场或者opls力场，或者gromos力场，都是直接include这个itp就可以了吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-8-30 11:43
牧生 发表于 2021-8-30 11:34
请教一下，2楼这个基于EPM2参数的CO2的itp有对应的使用力场吗？
如果模拟二氧化碳和水溶液的混合体系，希 ...

对AMBER是如此
[atomtypes]里的内容记得放到合适的位置以满足GROMACS对字段顺序的要求
作者
Author: ccccc123    时间: 2023-2-22 20:53
sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

请问老师，您写的这个CO2力场，可以在amber力场下用吗
作者
Author: angervlf    时间: 2023-6-10 16:58
sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

老师，你好，我想请问一下，我想在oplsaa力场下使用这个CO2的itp文件，只需要将它include到我的top文件下，而不需要管comb-rule        gen-pairs        fudgeLJ        fudgeQQ这些参数的设置嘛？
作者
Author: sobereva    时间: 2023-6-10 17:43
angervlf 发表于 2023-6-10 16:58
老师，你好，我想请问一下，我想在oplsaa力场下使用这个CO2的itp文件，只需要将它include到我的top文件下 ...

CO2根本不牵扯1-4作用，没fudgeLJ、fudgeQQ、gen-pairs的事。至于comb-rule的兼容性，如果你能搜到有像样的文章将EPM2的CO2和OPLS-AA结合使用，那就可以



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