计算化学公社

标题: 观摩sob老师搭建生物膜体系后，出现一个情况，想请教一下 [打印本页]

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-10-9 15:06
标题: 观摩sob老师搭建生物膜体系后，出现一个情况，想请教一下
在sob老师的博文中提到，在导入DPPC后发现两个脂肪链相距太远，进行一系列操作使得脂肪链靠拢。但是我用Chem3D 13导入DPPC，发现它们的脂肪链如下图所示，请问这是否算是符合条件了？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-10-9 18:02
似乎有一个链是卷着的，最好让它展开了，这样搭建膜的时候好处理。

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-10-9 21:09
http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb2/ 试试用这个构建membrane

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-10-16 11:19

ruanyang 发表于 2015-10-9 21:09
http://bioinf.modares.ac.ir/software/mb2/ 试试用这个构建membrane

感觉这个好厉害，谢谢啦!

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-10-16 11:19

sobereva 发表于 2015-10-9 18:02
似乎有一个链是卷着的，最好让它展开了，这样搭建膜的时候好处理。

一直以来都受老师帮助，真是万分感谢。

作者
Author: tobeant 时间: 2015-11-10 17:19
http://charmm-gui.org/?doc=input/membrane这个搭建membrane也很好用！

作者
Author: 田田田 时间: 2017-10-15 18:17

tobeant 发表于 2015-11-10 17:19
http://charmm-gui.org/?doc=input/membrane这个搭建membrane也很好用！

你好，请问一下，我用charmm—gui构建的磷脂膜DPPC没有优化，XYZ均为0，是必须要优化吗？因为试过优化，也出现了好多问题，新手请赐教

作者
Author: tobeant 时间: 2017-10-15 21:43

田田田发表于 2017-10-15 18:17
你好，请问一下，我用charmm—gui构建的磷脂膜DPPC没有优化，XYZ均为0，是必须要优化吗？因为试过优化， ...

你好，我已经好几年没有用过这个了，当时记得是优化了，而且是平台自动优化的，然后导出为NAMD软件格式，没有遇到这个问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-16 11:19

田田田发表于 2017-10-15 18:17
你好，请问一下，我用charmm—gui构建的磷脂膜DPPC没有优化，XYZ均为0，是必须要优化吗？因为试过优化， ...

charmm-gui失败的话建议用这个，灵活度明显更高，可控性也更强
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

作者
Author: 田田田 时间: 2017-10-17 09:23

sobereva 发表于 2017-10-16 11:19
charmm-gui失败的话建议用这个，灵活度明显更高，可控性也更强
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工 ...

谢谢老师了

作者
Author: 田田田 时间: 2017-10-17 09:51

tobeant 发表于 2017-10-15 21:43
你好，我已经好几年没有用过这个了，当时记得是优化了，而且是平台自动优化的，然后导出为NAMD软件格式， ...

谢谢你啦

作者
Author: 青青青 时间: 2019-4-28 09:46

sobereva 发表于 2017-10-16 11:19
charmm-gui失败的话建议用这个，灵活度明显更高，可控性也更强
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工 ...

老师，请问charmm-gui生成的膜的pdb中生成的盒子大小都为0，且在跑em的时候只有十几步就结束，进而run时出现段错误，是charmm-gui的问题吗，您说的genmixmen是否可生成martini粗粒化的膜？谢谢您老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-28 12:56

青青青发表于 2019-4-28 09:46
老师，请问charmm-gui生成的膜的pdb中生成的盒子大小都为0，且在跑em的时候只有十几步就结束，进而run时 ...

我从来不用charmm-gui，建立膜体系我向来都用我自己的genmixmem
genmixmem用于粗粒化完全可以

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