计算化学公社

标题: 求助，超晶胞模型构建太大导致运行失败？ [打印本页]

作者
Author: 慕容轩逸 时间: 2020-7-30 21:13
标题: 求助，超晶胞模型构建太大导致运行失败？
各位老师好，我做的是一种单斜晶系的银系半导体，目前打算在上面吸附贵金属原子/原子团簇进行相关性质的计算，现在遇到的问题是构建超晶胞后模型太大，机器无法运行。
我构建的超晶胞是2*2*2的，此时的原子个数就已经达到了几百个，在加上吸附原子后机器实在是算不动。
之前论坛有过老师说CASTEP不太行，可以考虑换VASP或者DMol3试试，可是我已经用CASTEP完成了前半部分的运算，如果此时更换软件，文章前后数据就没有对比性了。
所以我想问一下有经验的前辈，计算吸附模型一定要构建超晶胞吗？不构建超晶胞计算的吸附模型是不是说没有说服力。构建超晶胞2*1*1或者2*2*1或者2*2*2都可以吗，因为我计算的这个晶体中外文献资料太少，基本没有可以参考的文献，望前辈指点。

作者
Author: hakuna 时间: 2020-7-31 09:40
你这问题有点让人懵，看起来是想做表面体系，但又弄个2X2X2去优化，似乎在做体相。
如果真如你所说要吸附什么贵金属，那是一个表面问题，优化一下晶格参数，切出合适大小表面，把贵金属放上去计算就好，没必要算什么2X2X2.....
猜一下，你可能被“超胞”给绕晕了，体相涉及超胞，表面也有，二者处理有差别
不知道瞎猜的对不对，供参考吧

作者
Author: pukkie 时间: 2020-7-31 11:44
表面的话一般衬底在真空层方向有五层原子就够了，2X2X2的超胞是不是厚了点

作者
Author: 慕容轩逸 时间: 2020-7-31 15:59

hakuna 发表于 2020-7-31 09:40
你这问题有点让人懵，看起来是想做表面体系，但又弄个2X2X2去优化，似乎在做体相。
如果真如你所说要吸附 ...

老师您好，非常感谢的的解答。我之前一直是做实验的，临时被老板拉来做基础计算，确实很多概念不是很清楚。我本次的课题是研究贵金属原子负载到银系半导体的相关性质。之所以我一直在纠结构建超晶胞之后在优化是因为我参考了一些文献，我看他们都是构建超晶胞后，然后在表面加上吸附的贵金属原子，所以我在想我是不是也要构建超晶板才能算吸附模型？可是构建超晶胞之后模型太大，计算进行不下去。不知道这次的回复能不能让您理解我的困惑，万分感谢~

作者
Author: 慕容轩逸 时间: 2020-7-31 16:00

pukkie 发表于 2020-7-31 11:44
表面的话一般衬底在真空层方向有五层原子就够了，2X2X2的超胞是不是厚了点

您好，我想在请教您一下如果本身不构建超晶胞，切完表面就有五层及以上的原子，是不是就不用构建超晶胞了呢？

作者
Author: hakuna 时间: 2020-7-31 20:53
本帖最后由 hakuna 于 2020-7-31 20:58 编辑

慕容轩逸发表于 2020-7-31 15:59
老师您好，非常感谢的的解答。我之前一直是做实验的，临时被老板拉来做基础计算，确实很多概念不是很 ...

这都是切出表面后的吸附计算问题。优化晶格参数后，切出需要的表面，再放上吸附物，计算即可。算不动有多方面因素，譬如说模型太大了、截断能和K点太高了、电脑配置不够......

作者
Author: 慕容轩逸 时间: 2020-8-1 15:04

hakuna 发表于 2020-7-31 20:53
这都是切出表面后的吸附计算问题。优化晶格参数后，切出需要的表面，再放上吸附物，计算即可。算不动有多 ...

是的，之前我曾经问过一个类似的问题，是关于先建立超胞在切面还是先切面在建立超胞。当时卡卡开发老师说的是可以先切一个1*1的面，对其进行优化后，然后在构建2*2或者其他参数的。但是我发现好像2*2的原子数已经有好几百个了。如果原子层数够多，1*1的切面应该也可以把？希望您不吝赐教
http://bbs.keinsci.com/thread-16000-1-1.html

作者
Author: hakuna 时间: 2020-8-2 19:15
先优化好晶格参数，然后再切出需要大小的表面既可以了。模型就是模型，能够用来把问题解释清楚就可以了。是选择1x1还是2x2.....以及构建表面的原子层数，这个要根据实际体系来确定，如果晶胞本身就很大，1x1再加10埃以上的真空层或许就够了....还有精度的控制等，”量力而行“吧。原则上，这些需要一些测试.....
另外，构造表面也不一定都是1x1、2x2......的, 如果觉得1x1不够，如果可能的话，也可以考虑根号2x根号2、根号3x根号3......之类的切法

作者
Author: kitty1234 时间: 2020-8-15 22:13
请问这个根号怎么取啊？我看U V都是整数啊，非常感谢！

作者
Author: 慕容轩逸 时间: 2020-8-17 10:30

hakuna 发表于 2020-8-2 19:15
先优化好晶格参数，然后再切出需要大小的表面既可以了。模型就是模型，能够用来把问题解释清楚就可以了。是 ...

老师您好，麻烦您帮忙在看一下，这是切面然后负载单原子之后的体系，我没有切超胞的，真空层是12A,这样的原子层厚度计算出来的结果可以吗，还是说原子数太少了？
还有个小问题，就是原子层数就是看模型中的纵坐标有多少个不一样的就是多少层吗？

作者
Author: 飞飞飞飞碟 时间: 2025-12-5 19:27

kitty1234 发表于 2020-8-15 22:13
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

请问有答案了吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)