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标题: 请教关于GROMACS中Eq MD和Prod MD的问题 [打印本页]

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-7-31 16:28
标题: 请教关于GROMACS中Eq MD和Prod MD的问题
各位老师好，最近开始自学GROMACS，想模拟有机分子的正己烷溶液，求扩散系数和mean square displacement。想请教几个基础问题：（1）对于有机溶液体系，能量最小化之后的Equilibrium MD步骤中，NVT，NPT和NVE都要跑吗？还是只跑其中的几个就可以？（2）Production MD的话是要跑NVE吗？还是其他的也可以？多谢各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-31 22:48
跑NVE毫无意义。跑个NPT就可以，如果追求严谨，NPT平衡后跑NVT来统计这些量

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-8-1 00:14

sobereva 发表于 2020-7-31 23:48
跑NVE毫无意义。跑个NPT就可以，如果追求严谨，NPT平衡后跑NVT来统计这些量

多谢老师指点

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-8-1 21:17
与温度、密度等平衡态性质不同，MSD与属于dynamic property，NVE与加thermostat之后的结果不保证一致，换上NPT就更没保证了。算扩散建议还是平衡好之后跑NVE吧。

手边有一个Drude model的NVE和NVT扩散系数不同的例子，凑合着看。
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpclett.9b02983

作者
Author: wangzhe 时间: 2020-8-2 10:19

k64_cc 发表于 2020-8-1 22:17
与温度、密度等平衡态性质不同，MSD与属于dynamic property，NVE与加thermostat之后的结果不保证一致，换上 ...

非常感谢，我计算一下看看。

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