计算化学公社

标题: 气相蛋白配体氢键分析出错问题 [打印本页]

作者
Author:
961106    时间: 2020-8-1 22:09
标题: 气相蛋白配体氢键分析出错问题
老师您好,我用gmx hbond分析氢键的时候报错Fatal error:Failed to allocate memory for 2380 x 2380 x 2380 grid points, which is larger
than the maximum of 268435455. You are likely either using a box that is too
large (box dimensions are 999.90002441 nm x999.90002441 nm x999.90002441 nm)
or a cutoff (0.34999999 nm) that is too small.
是因为什么呢?
我做的是气相蛋白配体的模拟,盒子边长是999.9nm,是因为盒子太大了嘛,要怎么解决呢,谢谢老师!



作者
Author:
sobereva    时间: 2020-8-2 03:38
蛋白有多大?哪用得着那么大盒子
而且气相模拟也没必要设盒子,都不需要用PBC
作者
Author:
961106    时间: 2020-8-2 09:03
sobereva 发表于 2020-8-2 03:38
蛋白有多大?哪用得着那么大盒子
而且气相模拟也没必要设盒子,都不需要用PBC

谢谢老师,所以除了缩小盒子没有别的办法了嘛
作者
Author:
sobereva    时间: 2020-8-3 01:11
不用PBC呗




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3