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标题: 求助片段A质心与片段B质心之间的RDF的意义和解释 [打印本页]

作者
Author: 凉白开 时间: 2020-8-2 16:20
标题: 求助片段A质心与片段B质心之间的RDF的意义和解释
各位老师，请教一个问题，模拟一个大分子在水盒子中的MD过程，考察大分子两个片段质心之间的RDF分布有什么物理意义，我得到的结果在1.3nm处，出现峰值，数值为130.该如何解释这个现象，同时我也统计了两个片段质心在MD过程中的平均质心距离为4.35nm,两者很难统一，这是为什么，还是两者本就不完全对应。谢谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-3 01:16
怎么解释只有结合具体轨迹才能判断
多数情况下大分子的质心的rdf说明不了什么问题，朝向的影响都被平均化了，然而相对朝向对相互作用的影响是极为显著的。

作者
Author: 凉白开 时间: 2020-8-3 10:12
谢谢卢老师，老师，您这里的朝向是指什么意思，是指片段基团的朝向吗，RDF因为考虑的是球形空间，因此有可能存在在某几帧，两个片段的质心距离都是差不多的，但是由于片段朝向的不同，从而RDF有很大的差别？是这意思吗

作者
Author: 凉白开 时间: 2020-8-3 10:13
如果想考察分子片段间的相互作用，直接做相互作用能分析是不是更直观一点，RDF只是一定程度上能反应相互作用的强弱，但效果不如相互作用分析明显？谢谢老师

作者
Author: 凉白开 时间: 2020-8-3 20:25
用的命令gmx make_ndx -f md.gro 然后输入 r1 24个原子 r3 25个原子
gmx distance -s md.tpr -f md.xtc -select "com of resdi 1 plus com of resid 3" -oall
算出平均质心距离，是我输入命令有问题吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-9 05:36

凉白开发表于 2020-8-3 10:12
谢谢卢老师，老师，您这里的朝向是指什么意思，是指片段基团的朝向吗，RDF因为考虑的是球形空间，因此有可 ...

是

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-9 05:36

凉白开发表于 2020-8-3 10:13
如果想考察分子片段间的相互作用，直接做相互作用能分析是不是更直观一点，RDF只是一定程度上能反应相互作 ...

是
拿RDF分析强弱过度抽象了

作者
Author: 凉白开 时间: 2020-8-9 10:52

sobereva 发表于 2020-8-9 05:36
是
拿RDF分析强弱过度抽象了

谢谢老师

作者
Author: xxzj 时间: 2021-11-1 16:23

sobereva 发表于 2020-8-9 05:36
是
拿RDF分析强弱过度抽象了

老师，我进行分子动力学模拟时有A和B两类分子各50个，其中A分子分为“1-3”三个片段，B分子分为“4-6“”三个片段，如果想计算片段1与片段6间的RDF，应该如何操作，刚开始学习，辛苦老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-2 11:09

xxzj 发表于 2021-11-1 16:23
老师，我进行分子动力学模拟时有A和B两类分子各50个，其中A分子分为“1-3”三个片段，B分子分为“4-6“” ...

设置索引文件，把片段1和片段6分别设为两个组，统计rdf的时候选这两个组
至于怎么方便地把它们设为组，如果里面的原子名不同，可以在make_ndx定义组的时候根据原子名选择原子

作者
Author: xxzj 时间: 2021-12-10 11:03

sobereva 发表于 2020-8-9 05:36
是
拿RDF分析强弱过度抽象了

老师，想请问一下RDF分析时应该看第一个出现的峰还是最大的峰值？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-11 04:46

xxzj 发表于 2021-12-10 11:03
老师，想请问一下RDF分析时应该看第一个出现的峰还是最大的峰值？

不是看谁的问题，而是要理解各个峰都体现什么，根据峰的意义结合实际问题讨论

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