计算化学公社

标题: 坐标文件在模拟的过程中出现了断键问题，求助解决办法？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-8 14:06
标题: 坐标文件在模拟的过程中出现了断键问题，求助解决办法？
使用了来自atb网站的拓扑文件和pdb文件，在进行溶剂的动力学模拟后，观察跑完npt模拟的gro文件时，乙二醇等出现了断键的情况，在mdp文件中键的设置为constraints = h-bonds，寻求解决办法？

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-8 14:37
使用constraints = all bonds时并没有出现断键的情况

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-9 05:21
看到底怎么断的。如果只是距离稍微偏长，导致VMD没判断成成键，把力常数设大点

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-9 09:41

sobereva 发表于 2020-8-9 05:21
看到底怎么断的。如果只是距离稍微偏长，导致VMD没判断成成键，把力常数设大点

我看主要是边界的问题，出现了断键，键之间没有了键长的显示，如果不修改力常数，
这种情况会影响结果的分析吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-10 05:53

努力向上的boy 发表于 2020-8-9 09:41
我看主要是边界的问题，出现了断键，键之间没有了键长的显示，如果不修改力常数，
这种情况会影响结果的 ...

没有截图，看不懂你的描述

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-10 19:30

sobereva 发表于 2020-8-10 05:53
没有截图，看不懂你的描述

老师就是这样的，在模拟的过程中没有报错，在边界出现了断键？
如果我用vmd分析氢键是不是结果会不够准确

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-11 06:55

努力向上的boy 发表于 2020-8-10 19:30
老师就是这样的，在模拟的过程中没有报错，在边界出现了断键？
如果我用vmd分析氢键是不是结果会不够准 ...

就是被周期性截断了而已。trjconv加上-pbc mol处理一下轨迹就完整了。
VMD分析氢键的功能是没法考虑周期边界条件的（即没法考虑跨盒子的氢键），因此不管怎么做，用VMD分析氢键都不可能严格合理，虽说实际问题不大。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-11 23:50

sobereva 发表于 2020-8-11 06:55
就是被周期性截断了而已。trjconv加上-pbc mol处理一下轨迹就完整了。
VMD分析氢键的功能是没法考虑周期 ...

好的谢谢老师，如果修改代码的话，是不是只需要在设置原子这块修改？这种以及类似问题会在培训课中涉及到吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-12 07:58

努力向上的boy 发表于 2020-8-11 23:50
好的谢谢老师，如果修改代码的话，是不是只需要在设置原子这块修改？这种以及类似问题会在培训课中涉及到 ...

课上不提，此问题过于特殊

找到判断原子的部分代码改了之后重新编译就完了

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-12 16:35

sobereva 发表于 2020-8-12 07:58
课上不提，此问题过于特殊

找到判断原子的部分代码改了之后重新编译就完了

好的，谢谢老师。

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