计算化学公社
标题: 求助：关于Multiwfn用于分子间轨道重叠积分两种算法数值不同 [打印本页]
作者Author: bobo 时间: 2020-8-8 21:40
标题: 求助：关于Multiwfn用于分子间轨道重叠积分两种算法数值不同
各位老师好，根据http://sobereva.com/163 和Multiwfn 计算手册4.100.15计算轨道重叠积分：dimer文件关键词：cam-b3lyp/6-31+g(d,p) nosymm guess=(only,save) pop=none , 提取的单体计算：cam-b3lyp/6-31+g(d,p) nosymm通过计算得到一个dimer和两个单体的fchk文件：
用方法1 根据4.100.15中：
dim_1.fchk // Wavefunction file of dimer
100 // Other functions (Part 1)
15 // Function for calculating intermolecular orbital overlap integral
mon_1.fchk // Wavefunction file of monomer 1
mon_2.fchk // Wavefunction file of monomer 2
356,356//
得到Overlap integral is -311.26395436。
方法2：
启动Multiwfn，依次输入
mon_1.fchk
5 //计算格点数据
0 //自定义运算
1 //将对1个文件，也就是DB-TTF2.fch进行运算
*,mon_2.fchk //DB-TTF1的格点数据将对DB-TTF2相应的格点数据进行相乘
4 //要计算的是轨道波函数
356 //要算的是第356号轨道，也就是HOMO
8 //使用某个cube文件中的格点设定。
userfunc.cub //之前计算出的userfunc.cub的格点设定较好地涵盖了二聚体所在空间范围，所以用它的设定。
得到结果如下：
Summing up all value and multiply differential element:
-1.466349820168188E-002
Summing up positive value and multiply differential element:
0.142776970217728
Summing up negative value and multiply differential element:
-0.157440468419410
两个得到的结果完全不同，第二个结果更合理，但是理论上两种方法结果应该是一样的。 请问是我哪一步操作有问题吗。
fchk文件在百度网盘里面：链接：https://pan.baidu.com/s/1MNH2Hp0YD-eF2gmW3c9LtA 提取码：n8xh
谢谢
作者Author: sobereva 时间: 2020-8-9 06:55
第二个是正确的，第一个是明显错误的。问题应当在与你的mon_1.fchk + mon_2.fchk的原子顺序和dim_1.fchk的不同所致，如果弄成相同的应该就行了。
作者Author: bobo 时间: 2020-8-13 17:38
非常感谢，是这个原因，谢谢老师
作者Author: 吕安琪 时间: 2020-9-20 16:14
您好，请问可以提供与分子间轨道重叠积分相关的文献吗？
作者Author: sobereva 时间: 2020-9-28 13:33
算一个很简单的积分而已，这没什么文献
作者Author: xxzj 时间: 2021-7-22 09:38
本帖最后由 xxzj 于 2021-7-22 10:00 编辑
老师，我看见帖子中计算分子间轨道重叠积分时绘制的是二聚体间HOMO与HOMO轨道重叠或者LUMO与LUMO轨道重叠图，想请教老师如何呈现二聚体中一个分子的HOMO轨道与另一个分子LUMO轨道间的重叠图？辛苦啦
作者Author: sobereva 时间: 2021-7-23 03:25
用Multiwfn的子功能5计算这两个轨道的波函数的cube文件，都在VMD里显示成等值面即可
作者Author: xxzj 时间: 2021-7-23 08:39
知道了，谢谢老师
作者Author: xxzj 时间: 2021-7-23 16:04
本帖最后由 xxzj 于 2021-7-23 16:14 编辑
老师，我研究的二聚体由两个不同的分子片段构成，然后想绘制轨道重叠图和计算重叠积分值，主要是分子1 的53轨道和分子2的69轨道之间，然后安装帖子中教程 “现在Multiwfn开始计算DB-TTF1的LUMO格点数据。然后程序让你输入对于DB-TTF2来说计算哪个MO。因为对于它还是计算LUMO，所以还是输入79。然后Multiwfn又开始了计算。算完之后选择2将格点数据输出到当前目录下的MOvalue.cub。”计算。现在遇见的问题是采用图片中两种形式，最终得到的重叠积分值相差较多，二聚体中分子顺序和单体是一致的，想请问老师是哪里出现了问题：
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作者Author: sobereva 时间: 2021-7-23 23:40
没你的输入文件、输入的所有命令没法判断原因，也不知道两种方式的结果数值各是多少。
反正第一种没第二种精确，前者相当于数值积分，后者相当于解析积分，若无特殊情况不要用第一种。而且前者结果受格点数据范围和格点间距影响，不恰当设置的话结果不准确
作者Author: xxzj 时间: 2021-7-24 10:01
本帖最后由 xxzj 于 2021-7-24 10:33 编辑
谢谢老师，我上传了相关的输入和以及两种方式得到的结果，输出文件显示过大，所以无法上传，二聚体中顺序是先D后A，然后计算的是HOMO轨道之间的重叠，分别是D的369轨道和A的289轨道，发现结果数值不同，符号还相反。然后如果第一种方法计算的数值不准确，那可以用第一种方法得到的轨道重叠的图和第二 中方法得到的具体数值一起应用吗？
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作者Author: sobereva 时间: 2021-7-25 00:20
A.gjf里的坐标和二聚体的坐标明显不对应，结果无意义
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