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标题: 求助MS中草酸根的优化 [打印本页]

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Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-9 09:47
标题: 求助MS中草酸根的优化
大佬们，我想问下，为啥我自己优化草酸根就成这个样子了（图1）。但有看文献里他优化就完全不一样（图2及图3测试条件）。我想问下是哪里出错了吗，多谢！

注：文献为-Adsorption behavior of oxalic acid at water–feldspar interface: experiments and molecular simulation

作者
Author: waitingseven 时间: 2020-8-9 09:54
文献里用的应该是Dmol3，草酸根是带电的，你用castep优化出来应该也差不多，应该是电荷没设置对

作者
Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-9 10:31

waitingseven 发表于 2020-8-9 09:54
文献里用的应该是Dmol3，草酸根是带电的，你用castep优化出来应该也差不多，应该是电荷没设置对

您好！我根据草酸根带两个电子，把charge设置为-2运行了一下好像是这样的。非常感谢。还想请教下这种带电的，除了设置charge外还要什么需要修改的吗，多谢。

作者
Author: hxd_yi 时间: 2020-8-9 12:56
盒子太小了，相邻周期内，两个分子至少10埃以上，由于带电，推荐15-20埃。

作者
Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-9 15:31

hxd_yi 发表于 2020-8-9 12:56
盒子太小了，相邻周期内，两个分子至少10埃以上，由于带电，推荐15-20埃。

好的，谢谢大佬

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-11 00:04

边锋小奶爸发表于 2020-8-9 15:31
好的，谢谢大佬

非周期性带电体系别用CASTEP做。周期边界条件下处理带电体系需要做相应的修正才能得到合理结果，CASTEP没有任何手段能修正，另外处理分子体系CASTEP要留出足够大的真空区域，而平面波方法计算量和晶格大小有关，所以效率较低。

作者
Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-11 13:01
本帖最后由边锋小奶爸于 2020-8-11 13:10 编辑

卡开发发发表于 2020-8-11 00:04
非周期性带电体系别用CASTEP做。周期边界条件下处理带电体系需要做相应的修正才能得到合理结果，CASTEP没 ...

首先感谢大佬的指点。其次，如果我想用MS软件计算周期性带电体系，即草酸根离子在晶体表面的吸附，按您-“CASTEP没有任何手段能修正带电体系”的说法，那是不是不能使用CASTEP。如果这样，MS中有其他模块能得出较准确的结果吗，dmol3行吗。多谢大佬！

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-11 15:21

边锋小奶爸发表于 2020-8-11 13:01
首先感谢大佬的指点。其次，如果我想用MS软件计算周期性带电体系，即草酸根离子在晶体表面的吸附，按您- ...

DMol3要做带电的只能放弃周期性。要么可以考虑加反电荷的离子使得体系电中性，但模型上面怎么处理比较合理应该做些思考。

作者
Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-11 15:32

卡开发发发表于 2020-8-11 15:21
DMol3要做带电的只能放弃周期性。要么可以考虑加反电荷的离子使得体系电中性，但模型上面怎么处理比较合 ...

好的，谢谢大佬。

作者
Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-11 15:41

卡开发发发表于 2020-8-11 15:21
DMol3要做带电的只能放弃周期性。要么可以考虑加反电荷的离子使得体系电中性，但模型上面怎么处理比较合 ...

大佬，我再问下。如果放弃周期性的话，能不能先用castep计算出最佳表面原子层的数量，再用选出的层面去做dmol3体系下草酸根离子的吸附。这样做算合理吗。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-11 17:05

边锋小奶爸发表于 2020-8-11 15:41
大佬，我再问下。如果放弃周期性的话，能不能先用castep计算出最佳表面原子层的数量，再用选出的层面去做 ...

CASTEP处理带电也能考虑用反电荷的离子来电中性，这样就可以做了啊。不过表面体系，CASTEP很慢。

作者
Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-11 18:39

卡开发发发表于 2020-8-11 17:05
CASTEP处理带电也能考虑用反电荷的离子来电中性，这样就可以做了啊。不过表面体系，CASTEP很慢。

好的，谢谢大佬！

作者
Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-19 15:18

卡开发发发表于 2020-8-11 17:05
CASTEP处理带电也能考虑用反电荷的离子来电中性，这样就可以做了啊。不过表面体系，CASTEP很慢。

大佬，隔这么久还打扰您不好意思。就是关于添加反电荷电子的位置我研究了下，还是不太清楚，可不可以问下您有没有相关文献拿来学习一下，我自己没有找到。多谢。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-8-19 15:26

边锋小奶爸发表于 2020-8-19 15:18
大佬，隔这么久还打扰您不好意思。就是关于添加反电荷电子的位置我研究了下，还是不太清楚，可不可以问下 ...

不是反电荷电子，是反电荷离子。比如你真实体系用是酸性的，那就很可能是H(+)，如果加入的是盐就可能是Na(+)，K(+)，NH4(+)这些。这样就能维持体系电中性。

作者
Author: 边锋小奶爸 时间: 2020-8-19 15:48

卡开发发发表于 2020-8-19 15:26
不是反电荷电子，是反电荷离子。比如你真实体系用是酸性的，那就很可能是H(+)，如果加入的是盐就可能是Na ...

好的，谢谢大佬，我继续研究研究。

作者
Author: gch123 时间: 2020-9-4 10:50
楼主，您好

我最近也在进行带电离子的吸附研究，想请问一下您加反电荷离子的位置是怎么确定的呢？或者有相关的文献能推荐一下吗？感谢

作者
Author: gch123 时间: 2020-9-4 15:31
楼主，您好

我最近也在计算离子的吸附，请问一下您对于电荷是怎么处理的，加了反电荷离子吗？还是直接在charge里进行设置？感谢

作者
Author: gch123 时间: 2020-9-6 14:16

卡开发发发表于 2020-8-11 17:05
CASTEP处理带电也能考虑用反电荷的离子来电中性，这样就可以做了啊。不过表面体系，CASTEP很慢。

卡老师，您好，我也正在做离子的吸附，对于添加反电荷的离子来使电中性，这个添加位置有什么需要注意的吗？或者有对这方面介绍的文献吗？我看文章中有用castep和vasp计算离子体系，都没有提到电荷的处理

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-9-6 15:33

gch123 发表于 2020-9-6 14:16
卡老师，您好，我也正在做离子的吸附，对于添加反电荷的离子来使电中性，这个添加位置有什么需要注意的吗 ...

位置的话可以按照阴阳离子共同吸附来处理，当然这严格来说也只能算是近似模型，但从实际出发还算比较合理。周期边界下处理带电系统一般都要进行一些特定的处理才能得到可靠的结果。

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