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标题: 求助Gromacs是否可以改变酸性条件 [打印本页]

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Author: 孙宝刚 时间: 2020-8-9 20:40
标题: 求助Gromacs是否可以改变酸性条件
本帖最后由孙宝刚于 2020-8-9 21:46 编辑

有几个Gromacs问题想请教老师：
1.水溶液是否能改变酸性条件（加入H离子）。
2.向水溶液中放入Ni2+，可以分析水与Ni2+的配位情况吗，我想看一下改变酸性条件Ni2+与水的配位是否会有变化。
3.目前是否有NiCl+、NiCL2、的力场参数。
4.有机物分子，酯类用什么力场合适。charmm还是oplss

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-10 05:02
1 没什么实际意义
2 可以分析。但一般酸性条件下H+浓度太低，分析不出来什么
3 Merz搞过二价Ni参数（J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2733-2748），结合Cl-的参数可以模拟，但对于NiCl+、NiCl2描述程度好坏不好说
4 不存在OPLSS力场。GAFF、OPLS-AA、GROMOS、CGenFF都能用。我喜欢GAFF
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-8-10 18:42

sobereva 发表于 2020-8-10 05:02
1 没什么实际意义
2 可以分析。但一般酸性条件下H+浓度太低，分析不出来什么
3 Merz搞过二价Ni参数（J. C ...

对于问题三，我需要先建立NiCl+离子再整体放入体系，还是直接将Ni2+与Cl-直接放在溶液中（距离放的很近）。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-11 06:26

孙宝刚发表于 2020-8-10 18:42
对于问题三，我需要先建立NiCl+离子再整体放入体系，还是直接将Ni2+与Cl-直接放在溶液中（距离放的很近） ...

都行

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-8-11 08:53

sobereva 发表于 2020-8-11 06:26
都行

将Ni2+与CL-放在一起，在一定程度可以表示Ni2+会与几个CL-进行配位吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-11 09:10

孙宝刚发表于 2020-8-11 08:53
将Ni2+与CL-放在一起，在一定程度可以表示Ni2+会与几个CL-进行配位吗。

力场得当就可以

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-8-11 09:50

sobereva 发表于 2020-8-11 09:10
力场得当就可以

好的谢谢老师。

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-8-16 13:57

sobereva 发表于 2020-8-11 09:10
力场得当就可以

请教老师一下，我向水溶液中放入10个CO2+，20个NA+和40个CL-，进行了模拟。模拟后确实有的CL与CO距离变近，但是该怎么分析他们是形成配位以CoClx 的离子形式存在的呢。不知道下一步该怎么做了，请老师指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-17 08:30

孙宝刚发表于 2020-8-16 13:57
请教老师一下，我向水溶液中放入10个CO2+，20个NA+和40个CL-，进行了模拟。模拟后确实有的CL与CO距离变近 ...

自己写VMD的tcl脚本，循环所有Co，统计它附近特定距离以内的Cl数，从而统计形成CoClx的数目就完了

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-8-20 15:54

sobereva 发表于 2020-8-17 08:30
自己写VMD的tcl脚本，循环所有Co，统计它附近特定距离以内的Cl数，从而统计形成CoClx的数目就完了

老师，我想问一下我想模拟一下NiCL-这个离子，可不可以自己建立一个离子A，参数σ=σ（Ni2+）+σ（CL-）
ε=ε（Ni2+）+ε（CL-）。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 04:05

孙宝刚发表于 2020-8-20 15:54
老师，我想问一下我想模拟一下NiCL-这个离子，可不可以自己建立一个离子A，参数σ=σ（Ni2+）+σ（CL-）
...

范德华参数是对于原子而言的，这么做没意义。

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