计算化学公社

标题: 用gaussian计算结构优化，60个原子，包含92U原子，求最佳计算方法和基组。 [打印本页]

作者
Author: 丨小桉柠 时间: 2020-8-10 12:33
标题: 用gaussian计算结构优化，60个原子，包含92U原子，求最佳计算方法和基组。
本帖最后由丨小桉柠于 2020-8-17 18:34 编辑

计算结构优化，求推荐比较适合的计算方法和基组。
U原子加雁势，这样添加相对论效应。试过SDD雁势，
其他的原子用过6-31G(d) 6-311G**基组。
def2-TZVP < def2-TZVPP ≈ pcseg-2 正在用着三个基组计算，时间有点长。
计算资源nodes=2:ppn=20，因为不懂还是用过nodes=4:ppn=40也能用。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-8-10 12:39
高斯不要跨节点并行，效率比较低

认真阅读：谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336

作者
Author: 丨小桉柠 时间: 2020-8-10 12:42

hebrewsnabla 发表于 2020-8-10 12:39
高斯不要跨节点并行，效率比较低

好的，谢谢。那节点设置为1，是不是核数越大算的越快？还有单个节点的核数是不是受计算机限制呀？

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-8-10 12:48

丨小桉柠发表于 2020-8-10 12:42
好的，谢谢。那节点设置为1，是不是核数越大算的越快？还有单个节点的核数是不是受计算机限制呀？

是，是

作者
Author: 丨小桉柠 时间: 2020-8-10 12:54

hebrewsnabla 发表于 2020-8-10 12:48
是，是

好。十分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-11 06:35
没有特殊前提的情况下，U用SDD，其它用6-31G*，更好点用6-311G*。泛函用PBE0-D3(BJ)
是赝势不是雁势

作者
Author: 丨小桉柠 时间: 2020-8-16 15:41

sobereva 发表于 2020-8-11 06:35
没有特殊前提的情况下，U用SDD，其它用6-31G*，更好点用6-311G*。泛函用PBE0-D3(BJ)
是赝势不是雁势

十分感谢老师的指导。赝势，之前是输入法找不到先用雁代替了一下。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-8-16 22:54
看你这个结构是个盐，实验应该是在介电常数相对比较高的溶剂里做的吧？记得考虑溶剂效应
另外如果实验用的溶剂里ClO4-会完全电离开，那么去掉ClO4-单算那个阳离子会比较靠谱，结构优化收敛也会快一些
再就是不知道这个体系是不是强相关体系，留意一下DFT的HOMO-LUMO gap，如果特别小的话，说明可能是强相关体系，DFT结果未必靠谱

作者
Author: 丨小桉柠 时间: 2020-8-17 15:29

wzkchem5 发表于 2020-8-16 22:54
看你这个结构是个盐，实验应该是在介电常数相对比较高的溶剂里做的吧？记得考虑溶剂效应
另外如果实验用的 ...

感谢指导，由于我是新人，我还需要具体研究一下，对一些概念还不是很清楚。我还需要补一补。老师的建议我会认真考虑一下。

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