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标题: 用脚本在不同版本gromacs下生成跑remd所用tpr，514无法生成而2018.4可以生成的问题 [打印本页]

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Author: 弓烨弘 时间: 2020-8-10 14:12
标题: 用脚本在不同版本gromacs下生成跑remd所用tpr，514无法生成而2018.4可以生成的问题
本帖最后由弓烨弘于 2020-8-10 14:16 编辑

用脚本在不同版本gromacs下生成跑remd所用tpr，514无法生成而2018.4可以生成的问题 2018.4可以正常生成，而514提示Fatal error:
Invalid T coupling input: 3 groups, 1 ref-t values and 3 tau-t values
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

使用的命令是./do_tpr_remd.sh < temperature.txt

mdp的内容是define =
integrator = md
dt       = 0.002 ; ps
nstcomm = 100
nsteps    = 250000000
comm-grps  = system
comm-mode  = Linear
energygrps =
;
nstxout = 250000
nstvout = 250000
nstfout = 0
nstlog  = 250000
nstenergy = 50000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = Protein mol
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = Cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2 0.2 0.2
tc_grps = Protein mol Water_and_ions
ref_t                   = 430.79 430.79 430.79
;
Pcoupl    = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = all-bonds
constraint-algorithm    = Lincs
lincs-order             = 4
lincs-iter             = 1
;
Velocity generation
gen_vel = yes
gen_temp                = 430.79
gen_seed = -1

txt文件的内容是
0       310.00
1       312.26
2       314.54
3       316.82
4       319.12
5       321.40
6       323.73
7       326.07
8       328.42
9       330.78
10       333.16
11       335.54
12       337.94
13       340.36
14       342.79
15       345.24
16       347.70
17       350.17
18       352.65
19       354.90
20       357.42
21       359.94
22       362.48
23       365.03
24       367.60
25       370.19
26       372.79
27       375.40
28       378.03
29       380.67
30       383.33
31       385.99
32       388.68
33       391.38
34       394.10
35       396.83
36       399.58
37       402.34
38       405.12
39       407.91
40       410.72
41       413.55
42       416.39
43       419.25
44       422.06
45       424.94
46       427.87
47       430.79

sh的内容是
while read replica temp
do
name=tmp.$$
( grep -B 1000 ref_t md.mdp | grep -v ref_t ; echo "ref_t                   = $temp $temp $temp" ;\
grep -A 1000 ref_t md.mdp | grep -v ref_t ) > $name
mv $name md.mdp
( grep -B 1000 gen_temp md.mdp | grep -v gen_temp ; echo "gen_temp                = $temp" ;\
grep -A 1000 gen_temp md.mdp | grep -v gen_temp ) > $name
mv $name md.mdp
# See if we have input coordinates
coordinates=conf.gro
if [ -f remdrun${replica}.gro ] ; then
  coordinates=remdrun${replica}.gro
fi
gmx grompp -f md.mdp -c ../pr.gro -p ../topol.top -o topol${replica}.tpr
done

rm -rf \#*

感觉自己撞到了墙上，因为计算资源的问题必须使用514，求助各位大神，求助各位大神，求助各位大神～

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-11 06:42
看起来像bug，ref_t里的三个数只读了一个

怎么解决不好说。试试自己机子上装个5.1.4，看看能否生成tpr，能的话直接放到服务器上用。

作者
Author: 弓烨弘 时间: 2020-8-11 09:11
感谢大神

这个问题确实是如你所说的，ref_t写了三个但是gromacs只能读一个，2018就没有这个问题。这个报错就是在我自己机子上及服务器上重复都出现的，我再试试能不能克服！感谢！！！

作者
Author: 弓烨弘 时间: 2020-8-11 09:44

sobereva 发表于 2020-8-11 06:42
看起来像bug，ref_t里的三个数只读了一个

怎么解决不好说。试试自己机子上装个5.1.4，看看能否生成tpr， ...

您好我想再追问一下～
gromacs官方文档里有这么一句：Execution Steps
1.make a set of .mdp files, each specifying a different temperature being used. Number the output .tpr files according to index, from 0 to whatever (i.e., if have 10 different temperatures have prefix_0.tpr, prefix_1.tpr ... prefix_9.tpr).
如果脚本改不好，用笨办法的话，设置和副本数相同多的mdp，然后每个mdp文件对应更改温度相关的项目，能通过这样的笨方法达到和脚本同样的效果，成功生成若干tpr用作remd计算吗

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