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标题: 能量最小化后体系结构胡乱成键 [打印本页]

作者
Author: 木林森 时间: 2020-8-10 15:37
标题: 能量最小化后体系结构胡乱成键
初始结构建好后进行能量最小化，可以跑起来，最终也收敛了，但em的结构与初始结构相比，出现胡乱成键的现象，有人知道这是怎么回事吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 6)
初始结构
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em后结构
(, 下载次数 Times of downloads: 27)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-10 19:19
看不清楚哪里乱连。如果坐标合理，只是VMD判断的问题，直接无视，或者根据此文做法恰当处理
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

如果结构都不合理，8成是拓扑文件、参数有问题

作者
Author: 木林森 时间: 2020-8-11 15:44

sobereva 发表于 2020-8-10 19:19
看不清楚哪里乱连。如果坐标合理，只是VMD判断的问题，直接无视，或者根据此文做法恰当处理
谈谈VMD可视化 ...

好的，谢谢sob老师，我再继续检查检查

作者
Author: liuxySDU 时间: 2023-9-15 16:11

木林森发表于 2020-8-11 15:44
好的，谢谢sob老师，我再继续检查检查

老师您好，我同样遇到了能量最小化后成键混乱的问题，可以请教一下您的问题是如何解决的吗

作者
Author: snljty2 时间: 2023-9-15 18:12

liuxySDU 发表于 2023-9-15 16:11
老师您好，我同样遇到了能量最小化后成键混乱的问题，可以请教一下您的问题是如何解决的吗

2楼的回复写的很清楚了。

作者
Author: liuxySDU 时间: 2023-9-15 22:35

snljty2 发表于 2023-9-15 18:12
2楼的回复写的很清楚了。

好的，感谢老师回复！我仔细看看

作者
Author: 计算化学新手 时间: 2025-4-4 16:38

snljty2 发表于 2023-9-15 18:12
2楼的回复写的很清楚了。

(, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 5)
请问，老师，比如gview  ，只是像单纯把这个结构优化后胡乱成键的结构改为自己想要的目的成键结构，但是他再经过频率计算out文件里的热力学数据是不变的，那么怎么才能认为什么时候其out文件里的热力学数据是正确的。还是就算他看起来胡乱成键，但是他得出的热力学数据是正确的、没问题的。

比如以下结构，左图是结构优化和频率计算之前  右图是之后，成键看起来很不合理：C-F断了  F-K键相连了  等，那这种得出的out文件中的热力学数据还正确吗？       还是结构优化与频率计算后得出的结构必须和左图一样，才能认为他的热力学数据才是正确的？          如果都不是，那怎么样才能认为他得出的热力学数据是正确的？ (, 下载次数 Times of downloads: 6)

我看有老师是说  ”成不成键确实无所谓“  “不必在两原子之间是否、如何成键，更应该关注原子间的距离”  ，那什么时候才能认为得出的热力学数据是正确的。

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