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标题: 对体系中的离子进行位置限制问题 [打印本页]

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-8-10 22:03
标题: 对体系中的离子进行位置限制问题
我想对体系中的的一个Ni2+离子和两个CL-离子进行位置限制，使用gmx make_ndx对Ni与CL建立了索引组，用gmx genrest产生位置限制，但是进行npt模拟时出现如下报错，请老师指点。ions.itp与ffnonbond.itp对Ni增加的参数如下。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-11 06:47
position_restraint字段里的原子序号是对于它上面的moleculetype里面的原子序号而言的，而不是全局的序号

另外，做这个限制意义不明。如果是维持它们的距离，不应当做位置限制，而是做距离限制

作者
Author: 孙宝刚 时间: 2020-8-11 08:52

sobereva 发表于 2020-8-11 06:47
position_restraint字段里的原子序号是对于它上面的moleculetype里面的原子序号而言的，而不是全局的序号
...

对离子进行限制是要用ions.itp里面的序号吗。但是在ions.itp中所有离子的序号都为1，该怎么选择呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-12 07:37

孙宝刚发表于 2020-8-11 08:52
对离子进行限制是要用ions.itp里面的序号吗。但是在ions.itp中所有离子的序号都为1，该怎么选择呢。

所以你就只能写1

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